Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.05■■■■□ 3.2
CUX1P39880 MOK-226ENST00000522874 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.05■■■■□ 3.2
CUX1P39880 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.05■■■■□ 3.2
CUX1P39880 LIME1-201ENST00000309546 1178 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.05■■■■□ 3.2
CUX1P39880 TPD52L1-207ENST00000527711 999 ntTSL 2 BASIC35.05■■■■□ 3.2
CUX1P39880 BCL2L10-202ENST00000561198 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.05■■■■□ 3.2
CUX1P39880 AC012306.2-201ENST00000609350 630 ntBASIC35.05■■■■□ 3.2
CUX1P39880 AC113410.3-201ENST00000623366 203 ntBASIC35.05■■■■□ 3.2
CUX1P39880 DPF1-209ENST00000456296 1562 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.05■■■■□ 3.2
CUX1P39880 PEX5-204ENST00000412720 2105 ntTSL 2 BASIC35.04■■■■□ 3.2
CUX1P39880 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC35.04■■■■□ 3.2
CUX1P39880 GCFC2-207ENST00000470503 1066 ntTSL 1 (best) BASIC35.04■■■■□ 3.2
CUX1P39880 SERP1-205ENST00000487153 657 ntTSL 4 BASIC35.04■■■■□ 3.2
CUX1P39880 SIVA1-203ENST00000535554 1244 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC35.04■■■■□ 3.2
CUX1P39880 CDKN2A-213ENST00000579122 666 ntTSL 3 BASIC35.04■■■■□ 3.2
CUX1P39880 REXO1L12P-201ENST00000622156 912 ntBASIC35.04■■■■□ 3.2
CUX1P39880 TOR2A-203ENST00000373284 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.03■■■■□ 3.2
CUX1P39880 ANXA2-201ENST00000332680 1444 ntTSL 1 (best) BASIC35.03■■■■□ 3.2
CUX1P39880 TNFRSF18-204ENST00000486728 727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.03■■■■□ 3.2
CUX1P39880 EPHA5-AS1-202ENST00000509473 1177 ntTSL 1 (best) BASIC35.03■■■■□ 3.2
CUX1P39880 AC021087.1-201ENST00000512642 522 ntTSL 2 BASIC35.03■■■■□ 3.2
CUX1P39880 TMEM191C-212ENST00000536718 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.03■■■■□ 3.2
CUX1P39880 FLT3LG-211ENST00000600429 984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.03■■■■□ 3.2
CUX1P39880 TMEM191B-203ENST00000613597 366 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.03■■■■□ 3.2
CUX1P39880 PLSCR3-201ENST00000324822 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.03■■■■□ 3.2
CUX1P39880 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC35.02■■■■□ 3.2
CUX1P39880 GMPPA-205ENST00000373917 1630 ntTSL 5 BASIC35.02■■■■□ 3.2
CUX1P39880 AC239809.2-201ENST00000415381 517 ntBASIC35.02■■■■□ 3.2
CUX1P39880 LINC00654-202ENST00000589201 579 ntTSL 3 BASIC35.02■■■■□ 3.2
CUX1P39880 AC008750.8-201ENST00000600067 551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.02■■■■□ 3.2
CUX1P39880 CLDND2-203ENST00000601435 575 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC35.02■■■■□ 3.2
CUX1P39880 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.02■■■■□ 3.2
CUX1P39880 ZNF534-201ENST00000301085 1525 ntTSL 2 BASIC35.02■■■■□ 3.2
CUX1P39880 KLHL35-201ENST00000376292 1500 ntTSL 1 (best) BASIC35.02■■■■□ 3.2
CUX1P39880 AC026412.1-201ENST00000507290 1033 ntTSL 1 (best) BASIC35.01■■■■□ 3.2
CUX1P39880 AL355075.4-201ENST00000554988 638 ntBASIC35.01■■■■□ 3.2
CUX1P39880 AC027682.2-201ENST00000563083 336 ntTSL 5 BASIC35.01■■■■□ 3.2
CUX1P39880 C2orf69P4-201ENST00000565394 541 ntBASIC35.01■■■■□ 3.2
CUX1P39880 ICAM2-207ENST00000579687 1154 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC35.01■■■■□ 3.2
CUX1P39880 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.01■■■■□ 3.2
CUX1P39880 CLN8-213ENST00000637156 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.01■■■■□ 3.2
CUX1P39880 FN3K-201ENST00000300784 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.01■■■■□ 3.19
CUX1P39880 ARHGAP8-204ENST00000389774 1725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC35.01■■■■□ 3.19
CUX1P39880 SLX1A-201ENST00000251303 1091 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC35.01■■■■□ 3.19
CUX1P39880 TCTEX1D2-201ENST00000325318 673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.01■■■■□ 3.19
CUX1P39880 SLX1B-201ENST00000330181 1165 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC35.01■■■■□ 3.19
CUX1P39880 LINC02256-201ENST00000561999 366 ntTSL 3 BASIC35.01■■■■□ 3.19
CUX1P39880 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC35.01■■■■□ 3.19
CUX1P39880 FDFT1-209ENST00000525900 1596 ntTSL 5 BASIC35■■■■□ 3.19
CUX1P39880 TSPAN3-210ENST00000561277 1592 ntTSL 5 BASIC35■■■■□ 3.19
CUX1P39880 CEACAM3-202ENST00000357396 1316 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35■■■■□ 3.19
CUX1P39880 SLC1A7-201ENST00000371491 1306 ntTSL 1 (best) BASIC35■■■■□ 3.19
CUX1P39880 B4GALNT1-203ENST00000449184 1633 ntTSL 2 BASIC35■■■■□ 3.19
CUX1P39880 RALGPS1-207ENST00000394022 1672 ntTSL 2 BASIC35■■■■□ 3.19
CUX1P39880 CAV3-201ENST00000343849 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35■■■■□ 3.19
CUX1P39880 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35■■■■□ 3.19
CUX1P39880 AC087499.1-201ENST00000418141 1075 ntBASIC35■■■■□ 3.19
CUX1P39880 AC090877.2-202ENST00000560363 574 ntTSL 2 BASIC35■■■■□ 3.19
CUX1P39880 AL023875.1-201ENST00000640777 796 ntBASIC35■■■■□ 3.19
CUX1P39880 PAGR1-201ENST00000320330 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35■■■■□ 3.19
CUX1P39880 ACAA1-202ENST00000333167 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.99■■■■□ 3.19
CUX1P39880 LAG3-202ENST00000441671 1576 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.99■■■■□ 3.19
CUX1P39880 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.99■■■■□ 3.19
CUX1P39880 PTS-201ENST00000280362 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.99■■■■□ 3.19
CUX1P39880 USF2-203ENST00000379134 648 ntTSL 1 (best) BASIC34.99■■■■□ 3.19
CUX1P39880 TSPAN4-209ENST00000409543 1031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.99■■■■□ 3.19
CUX1P39880 ABHD17AP6-201ENST00000458502 1044 ntBASIC34.99■■■■□ 3.19
CUX1P39880 TK2-204ENST00000525974 1178 ntTSL 2 BASIC34.99■■■■□ 3.19
CUX1P39880 FAM181A-203ENST00000556222 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.99■■■■□ 3.19
CUX1P39880 FBXO17-202ENST00000595329 1299 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.99■■■■□ 3.19
CUX1P39880 DHRS11-210ENST00000611337 1341 ntTSL 5 BASIC34.99■■■■□ 3.19
CUX1P39880 EIF2B4-201ENST00000347454 1792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.99■■■■□ 3.19
CUX1P39880 POTED-202ENST00000620442 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.99■■■■□ 3.19
CUX1P39880 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC34.98■■■■□ 3.19
CUX1P39880 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC34.98■■■■□ 3.19
CUX1P39880 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC34.98■■■■□ 3.19
CUX1P39880 COL11A2-204ENST00000395194 1194 ntTSL 1 (best) BASIC34.98■■■■□ 3.19
CUX1P39880 LINC00969-218ENST00000452844 583 ntTSL 3 BASIC34.98■■■■□ 3.19
CUX1P39880 MOK-228ENST00000523231 1114 ntTSL 1 (best) BASIC34.98■■■■□ 3.19
CUX1P39880 NUBP2-206ENST00000565134 815 ntTSL 5 BASIC34.98■■■■□ 3.19
CUX1P39880 AC020913.2-201ENST00000601929 629 ntTSL 5 BASIC34.98■■■■□ 3.19
CUX1P39880 DDRGK1-201ENST00000354488 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.98■■■■□ 3.19
CUX1P39880 HPCAL1-201ENST00000307845 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.98■■■■□ 3.19
CUX1P39880 RNF5-203ENST00000375094 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.97■■■■□ 3.19
CUX1P39880 AC008443.1-203ENST00000505151 886 ntTSL 2 BASIC34.97■■■■□ 3.19
CUX1P39880 KRT18P21-201ENST00000515767 1272 ntBASIC34.97■■■■□ 3.19
CUX1P39880 MCRIP1-203ENST00000538396 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.97■■■■□ 3.19
CUX1P39880 ZDHHC24-203ENST00000526986 1424 ntTSL 1 (best) BASIC34.97■■■■□ 3.19
CUX1P39880 SEC11A-201ENST00000268220 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.97■■■■□ 3.19
CUX1P39880 AC116050.2-201ENST00000612102 1779 ntBASIC34.97■■■■□ 3.19
CUX1P39880 SSTR3-202ENST00000617123 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.97■■■■□ 3.19
CUX1P39880 RBBP7-202ENST00000380084 2036 ntTSL 2 BASIC34.97■■■■□ 3.19
CUX1P39880 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC34.97■■■■□ 3.19
CUX1P39880 EEFSEC-201ENST00000254730 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.96■■■■□ 3.19
CUX1P39880 H3F3A-204ENST00000366816 799 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC34.96■■■■□ 3.19
CUX1P39880 GGT1-206ENST00000404223 952 ntTSL 2 BASIC34.96■■■■□ 3.19
CUX1P39880 FBXO28-202ENST00000424254 1334 ntTSL 1 (best) BASIC34.96■■■■□ 3.19
CUX1P39880 MUC1-211ENST00000438413 927 ntTSL 1 (best) BASIC34.96■■■■□ 3.19
CUX1P39880 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.96■■■■□ 3.19
CUX1P39880 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC34.96■■■■□ 3.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34 ms