Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 PRSS3-201ENST00000342836 1144 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 CDKN2A-205ENST00000479692 544 ntTSL 5 BASIC27.63■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 MAX-217ENST00000557277 728 ntTSL 3 BASIC27.63■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 AL049637.2-201ENST00000641778 930 ntBASIC27.63■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 AC116050.2-201ENST00000612102 1779 ntBASIC27.63■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 TPM1-208ENST00000404484 1568 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 FDFT1-209ENST00000525900 1596 ntTSL 5 BASIC27.62■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 TOR2A-203ENST00000373284 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 S100A14-203ENST00000368701 1080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 TMEM191C-212ENST00000536718 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.62■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 JOSD2-202ENST00000595669 733 ntTSL 2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 TMEM191B-203ENST00000613597 366 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.62■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 FNIP1-204ENST00000511848 1720 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 AC133555.3-201ENST00000549950 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC27.62■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 AC106782.1-201ENST00000550538 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC27.62■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 VRK2-201ENST00000340157 1888 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 CEACAM3-202ENST00000357396 1316 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 ZNF534-201ENST00000301085 1525 ntTSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 SMIM1-201ENST00000444870 546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 LINC00654-202ENST00000589201 579 ntTSL 3 BASIC27.61■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 FN3K-201ENST00000300784 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 ARHGAP8-204ENST00000389774 1725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 CLN8-213ENST00000637156 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.61■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 LIME1-201ENST00000309546 1178 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 AC027682.2-201ENST00000563083 336 ntTSL 5 BASIC27.6■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 AC091551.1-201ENST00000590722 1228 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.6■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 FLT3LG-211ENST00000600429 984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 AC010331.1-201ENST00000611423 582 ntBASIC27.6■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 GTF2IRD2B-206ENST00000614064 573 ntTSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 ACAA1-202ENST00000333167 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 EIPR1-206ENST00000443925 1771 ntTSL 3 BASIC27.6■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.6■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 SYT7-203ENST00000539008 2061 ntTSL 5 BASIC27.6■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 SPAST-204ENST00000621856 1715 ntTSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 DUSP2-201ENST00000288943 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 ZNF622-201ENST00000308683 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 PLPP7-202ENST00000372264 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 PLPP2-201ENST00000269812 1228 ntTSL 3 BASIC27.6■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 NTSR2-201ENST00000306928 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 AC026412.1-201ENST00000507290 1033 ntTSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 TPD52L1-207ENST00000527711 999 ntTSL 2 BASIC27.6■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 FOXN3-AS1-201ENST00000555562 1077 ntTSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 AC012306.2-201ENST00000609350 630 ntBASIC27.6■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC27.59■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 ANKRD44-204ENST00000409919 1622 ntTSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 SHISA4-201ENST00000362011 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 DPF1-209ENST00000456296 1562 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.59■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 MIR1224-201ENST00000408193 85 ntBASIC27.59■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 LINC00969-218ENST00000452844 583 ntTSL 3 BASIC27.59■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 AC008443.1-203ENST00000505151 886 ntTSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 MOK-228ENST00000523231 1114 ntTSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 BCL2L10-202ENST00000561198 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 AC113410.3-201ENST00000623366 203 ntBASIC27.59■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC27.59■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 SSTR3-202ENST00000617123 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 KLHL35-201ENST00000376292 1500 ntTSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 AC133065.2-201ENST00000573379 2147 ntTSL 2 BASIC27.58■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 GMPPA-205ENST00000373917 1630 ntTSL 5 BASIC27.58■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC27.58■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 CXCL14-201ENST00000337225 1971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 C7orf49-213ENST00000617987 1727 ntTSL 5 BASIC27.58■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 CCDC106-207ENST00000591578 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 DEDD2-201ENST00000336034 1882 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 ZNF410-206ENST00000540593 1722 ntTSL 2 BASIC27.58■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 OR10H2-201ENST00000305899 1041 ntAPPRIS P1 BASIC27.58■■■□□ 2
COL18A1P39060 EPHA5-AS1-202ENST00000509473 1177 ntTSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2
COL18A1P39060 LINC02256-201ENST00000561999 366 ntTSL 3 BASIC27.58■■■□□ 2
COL18A1P39060 SNX21-213ENST00000614929 587 ntTSL 5 BASIC27.58■■■□□ 2
COL18A1P39060 HPCAL1-201ENST00000307845 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
COL18A1P39060 ACY1-207ENST00000476854 1319 ntTSL 3 BASIC27.57■■■□□ 2
COL18A1P39060 CAV3-201ENST00000343849 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
COL18A1P39060 MOK-233ENST00000524214 1539 ntTSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
COL18A1P39060 DDAH1-205ENST00000539042 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
COL18A1P39060 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
COL18A1P39060 TSTD1-201ENST00000318289 626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
COL18A1P39060 USF2-203ENST00000379134 648 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
COL18A1P39060 AC239809.2-201ENST00000415381 517 ntBASIC27.57■■■□□ 2
COL18A1P39060 IRF3-222ENST00000599144 1117 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
COL18A1P39060 TSPAN3-210ENST00000561277 1592 ntTSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
COL18A1P39060 EIF2B4-201ENST00000347454 1792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
COL18A1P39060 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
COL18A1P39060 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
COL18A1P39060 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
COL18A1P39060 RBM42-204ENST00000589559 1328 ntTSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
COL18A1P39060 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
COL18A1P39060 NEURL3-204ENST00000451794 1461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.56■■■□□ 2
COL18A1P39060 CHRNA10-204ENST00000534359 1474 ntTSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
COL18A1P39060 TSPAN4-209ENST00000409543 1031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.56■■■□□ 2
COL18A1P39060 AL390728.5-201ENST00000428687 706 ntTSL 3 BASIC27.56■■■□□ 2
COL18A1P39060 AC136628.4-201ENST00000520758 535 ntTSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
COL18A1P39060 MCRIP1-203ENST00000538396 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.8 ms