Protein–RNA interactions for Protein: P20849

COL9A1, Collagen alpha-1(IX) chain, humanhuman

Predictions only

Length 921 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A1P20849 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 GCHFR-201ENST00000260447 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 IFI6-203ENST00000362020 828 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 MRPS26-201ENST00000380325 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 SLC39A13-212ENST00000531974 856 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 RAB6A-207ENST00000541588 758 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 BDKRB1-204ENST00000611804 1085 ntAPPRIS P1 BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 Six3os1_6.1-201ENST00000620790 196 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 SPR-201ENST00000234454 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 ASCL2-201ENST00000331289 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 MRPL4-202ENST00000307422 1320 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 TERF1P1-201ENST00000311003 1181 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 FHL3-201ENST00000373016 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 SMARCB1-204ENST00000407422 1643 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 AL807752.2-201ENST00000435463 301 ntTSL 3 BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 AC004889.1-203ENST00000464929 819 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 OR2A1-AS1-207ENST00000486094 819 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 BAALC-AS1-206ENST00000521383 736 ntTSL 3 BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 NDUFS3-213ENST00000534716 1263 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 ASGR1-204ENST00000572879 797 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 AC026471.5-201ENST00000615068 467 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 AC000035.1-201ENST00000634116 343 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 ASAH1-251ENST00000637561 929 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 MRAS-202ENST00000423968 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 NFIX-205ENST00000585575 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 SMPD5-201ENST00000528912 1390 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 HRAS-201ENST00000311189 894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 CRYGFP-201ENST00000418459 633 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 POM121L13P-201ENST00000422362 380 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 ISOC2-202ENST00000425675 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 UBE2E1-AS1-201ENST00000426702 778 ntTSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 UNC5B-AS1-201ENST00000447119 647 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 ATPIF1-203ENST00000468425 539 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 LY6E-205ENST00000519611 635 ntTSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 LY6E-212ENST00000522024 868 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 SSSCA1-206ENST00000531405 879 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 AP003071.4-201ENST00000562276 1284 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 AC124016.1-201ENST00000609552 612 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 COLCA2-205ENST00000614153 1264 ntTSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 SPINK2-207ENST00000631082 392 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 KPTN-201ENST00000338134 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 TLE3-216ENST00000559191 1575 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 CBLC-202ENST00000341505 1441 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 TANGO2-202ENST00000398042 2011 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 TOP1MT-201ENST00000329245 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 BSX-201ENST00000343035 830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 TPPP3-202ENST00000393957 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 KCNIP3-205ENST00000468529 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 CHCHD6-204ENST00000508789 1159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 AC004080.2-201ENST00000523331 556 ntTSL 4 BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 SIVA1-203ENST00000535554 1244 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 KRTCAP3-207ENST00000543753 956 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 AL162412.1-201ENST00000567129 965 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 HPCAL1-201ENST00000307845 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 CERS4-208ENST00000559336 1515 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.02
COL9A1P20849 CDK5-204ENST00000485972 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 ABHD14A-201ENST00000273596 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 MOK-228ENST00000523231 1114 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 CNOT8-224ENST00000523698 862 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 TRMT112-203ENST00000535750 823 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 DYNLL1-205ENST00000548342 662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 MMP25-AS1-204ENST00000572574 794 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 ANAPC11-212ENST00000577425 603 ntTSL 3 BASIC21.39■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 AC023511.2-201ENST00000618803 211 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 TMEM53-205ENST00000372244 1472 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 AC068473.1-201ENST00000317008 1111 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 FAM26F-202ENST00000368605 1117 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 FBXL8-203ENST00000518148 1054 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 EEF2KMT-206ENST00000587133 873 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 AC091551.1-201ENST00000590722 1228 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 CCDC106-206ENST00000591241 1153 ntTSL 3 BASIC21.38■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.8 ms