Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 THEM6-201ENST00000336138 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 CYB5R2-212ENST00000533558 1658 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 GAS8-202ENST00000536122 1687 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 HHIPL1-202ENST00000357223 2241 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 IVD-206ENST00000487418 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 AL121761.1-202ENST00000412571 415 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 AC091799.1-201ENST00000422823 811 ntBASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 NAT16-202ENST00000443096 1286 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 CMTM8-202ENST00000458535 996 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 TERF1P5-201ENST00000477545 1207 ntBASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 DUX4L16-201ENST00000555130 1264 ntBASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 AL137784.2-201ENST00000607332 1000 ntBASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 AC243773.2-201ENST00000616341 490 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 FDXR-219ENST00000583917 1762 ntTSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 SCARB1-211ENST00000546215 1597 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 SLC35A3-210ENST00000638371 2298 ntTSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 CD7-207ENST00000584284 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 PAQR6-213ENST00000612424 2037 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 GPAA1-202ENST00000361036 1840 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 MAPRE3-203ENST00000405074 1801 ntTSL 3 BASIC23.89■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 SLC9A3R1-201ENST00000262613 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 TNFRSF18-203ENST00000379268 1179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 BMP1-204ENST00000397814 836 ntTSL 4 BASIC23.89■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 AC009086.2-201ENST00000449759 610 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.89■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 C17orf49-202ENST00000546495 996 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 AC092143.4-201ENST00000570217 559 ntTSL 4 BASIC23.89■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 AC005697.1-201ENST00000582441 582 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.89■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 AP2S1-207ENST00000599990 829 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 AC092666.2-201ENST00000613287 246 ntBASIC23.89■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 CD99-212ENST00000624481 1089 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 USP39-203ENST00000409470 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 RABL2B-206ENST00000395598 2169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 LINC01184-201ENST00000499346 1380 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 GNA11-201ENST00000078429 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 PKIB-206ENST00000392490 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 GNB2-206ENST00000424361 1478 ntTSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 TUBA1A-201ENST00000295766 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 IRAK3-203ENST00000545837 1579 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 GGTLC1-202ENST00000286890 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 RHOD-201ENST00000308831 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 YIF1A-205ENST00000471387 854 ntTSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 AC037459.4-201ENST00000517384 585 ntTSL 4 BASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 SLC35A2-211ENST00000634461 533 ntTSL 4 BASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 ORAI3-201ENST00000318663 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 FOXD4L3-201ENST00000342833 2039 ntAPPRIS P1 BASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 AC121338.2-201ENST00000622535 1744 ntBASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 THOC3-201ENST00000265097 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 NUF2-208ENST00000524800 1845 ntTSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 ARL6IP4-205ENST00000412505 818 ntTSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 MELTF-AS1-202ENST00000415244 951 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 PTPA-214ENST00000423100 988 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 FGF12-AS2-201ENST00000443165 580 ntTSL 4 BASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 ZFPL1-203ENST00000525509 478 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 AL845552.2-201ENST00000553301 553 ntTSL 4 BASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 AL032819.3-201ENST00000640283 925 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 CCDC74A-201ENST00000295171 1543 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 CCDC74B-201ENST00000310463 1549 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 DTX3-201ENST00000337737 2029 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 SLC16A10-202ENST00000368851 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 CCNYL1-202ENST00000339882 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 GAS2L1P2-201ENST00000436355 1356 ntBASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 ARNTL2-209ENST00000546179 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 PKMYT1-213ENST00000574385 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 TMPRSS5-202ENST00000536856 1811 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 KCNQ1-202ENST00000335475 2159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 BID-215ENST00000622694 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 CERKL-203ENST00000374969 1330 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 ITGBL1-206ENST00000618057 2368 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 TMC7-205ENST00000569532 2738 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 CNN2P6-201ENST00000439038 900 ntBASIC23.86■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 SEPT4-215ENST00000580809 952 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 GPX1-204ENST00000620890 897 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 WWTR1-AS1-202ENST00000479752 1700 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 ECE2-203ENST00000359140 3147 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 ZDHHC5-204ENST00000527985 2817 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 SMTNL2-202ENST00000389313 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 FGFR2-211ENST00000369059 3003 ntTSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 ZNF48-201ENST00000320159 3234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 NUDT10-201ENST00000356450 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 PARD3-202ENST00000346874 5894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 AC105001.1-201ENST00000506149 821 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 RAP1B-220ENST00000539091 977 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 TMCO6-203ENST00000394671 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 SAMD10-201ENST00000369886 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 CNTNAP3B-212ENST00000617422 2170 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 TRIB3-201ENST00000217233 2499 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 S1PR5-202ENST00000439028 2191 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 CITED1-201ENST00000246139 1231 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 PLAC9-202ENST00000372267 472 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.84■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 DLX3-202ENST00000512495 834 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 ELAC1-204ENST00000591429 975 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 AC080038.1-201ENST00000611274 1154 ntBASIC23.84■■□□□ 1.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.2 ms