Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

Predictions only

Length 1,684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 RGCC-201ENST00000379359 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 AC073050.1-201ENST00000442316 462 ntTSL 3 BASIC27.93■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 OCIAD2-205ENST00000508632 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 DEDD2-205ENST00000596251 1183 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 NIPAL4-202ENST00000435489 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.93■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 MAST1-208ENST00000591495 1496 ntTSL 5 BASIC27.92■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC27.92■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 EXOC3-AS1-202ENST00000623673 1663 ntBASIC27.92■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 AC004889.1-203ENST00000464929 819 ntTSL 5 BASIC27.92■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 OR2A1-AS1-207ENST00000486094 819 ntBASIC27.92■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 AC007128.1-201ENST00000424460 1853 ntTSL 5 BASIC27.92■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 ANKRD19P-205ENST00000473204 2370 ntTSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 ABHD14A-201ENST00000273596 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 DUSP15-205ENST00000398084 1256 ntTSL 5 BASIC27.91■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 GPR35-203ENST00000407714 1258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 UBE2SP1-201ENST00000450587 669 ntBASIC27.91■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 AC108693.2-201ENST00000492981 303 ntTSL 3 BASIC27.91■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 TMEM9B-203ENST00000528117 949 ntTSL 2 BASIC27.91■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 AL356020.1-201ENST00000554235 1076 ntTSL 5 BASIC27.91■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 AL356652.1-201ENST00000615962 565 ntBASIC27.91■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 C20orf204-205ENST00000636176 961 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC27.91■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 WT1-211ENST00000639907 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.91■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC27.91■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 ASB18-201ENST00000409749 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 MAP1LC3A-201ENST00000360668 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 ARL6IP4-220ENST00000543566 1591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 ACY1-207ENST00000476854 1319 ntTSL 3 BASIC27.91■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 MCAT-202ENST00000327555 1134 ntTSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 RPPH1-201ENST00000516869 333 ntBASIC27.91■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 METTL23-208ENST00000588822 1049 ntTSL 3 BASIC27.91■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 BORCS8-MEF2B-202ENST00000444486 1492 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.91■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 POTEC-204ENST00000620346 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 GLYCTK-205ENST00000473032 935 ntTSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 CLDND1-201ENST00000341181 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC27.9■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 ANKHD1-205ENST00000394723 2135 ntTSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 HSDL1-202ENST00000434463 1493 ntTSL 2 BASIC27.89■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 TPST1-201ENST00000304842 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 MRPL15-201ENST00000260102 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 C6orf132-202ENST00000356542 894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.89■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 CCDC103-202ENST00000410006 921 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.89■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 ZPBP-203ENST00000419417 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 C1QBPP2-201ENST00000528754 825 ntBASIC27.89■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 ABHD1-201ENST00000316470 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 ZGPAT-204ENST00000369967 1890 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.89■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 KLHL35-201ENST00000376292 1500 ntTSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 VKORC1L1-202ENST00000434382 1541 ntTSL 2 BASIC27.89■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 ADCK2-203ENST00000476491 2092 ntTSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 PEX7-202ENST00000367756 680 ntTSL 3 BASIC27.88■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 CALML5-201ENST00000380332 859 ntAPPRIS P1 BASIC27.88■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 AC012618.2-201ENST00000428058 849 ntBASIC27.88■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 ZNF534-201ENST00000301085 1525 ntTSL 2 BASIC27.88■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 SYT7-209ENST00000542836 1362 ntTSL 5 BASIC27.88■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 GOLGA2P6-201ENST00000340929 2049 ntBASIC27.88■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 GNB2-206ENST00000424361 1478 ntTSL 5 BASIC27.88■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 BOLA1-203ENST00000369153 1096 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.87■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 RNF5-203ENST00000375094 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 AVP-201ENST00000380293 619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 AC073896.1-201ENST00000549318 937 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.87■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 AC007114.1-201ENST00000576871 713 ntTSL 2 BASIC27.87■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 SERPINB6-204ENST00000380529 1370 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.87■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 ACADS-202ENST00000411593 1398 ntTSL 2 BASIC27.87■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.87■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 BCAT2-207ENST00000597011 1579 ntTSL 5 BASIC27.87■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 MXRA8-203ENST00000445648 2001 ntTSL 2 BASIC27.87■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 NFS1-214ENST00000541387 1436 ntTSL 2 BASIC27.87■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 UBE2C-201ENST00000243893 476 ntTSL 2 BASIC27.87■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 CSF1-205ENST00000420111 1083 ntTSL 5 BASIC27.87■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 LINC01881-205ENST00000456398 1235 ntTSL 5 BASIC27.87■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 MRPL2-207ENST00000487429 905 ntTSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 MIR381HG-201ENST00000553692 425 ntTSL 3 BASIC27.87■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 AL354712.1-201ENST00000563570 477 ntTSL 3 BASIC27.87■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 MFF-203ENST00000349901 1716 ntTSL 2 BASIC27.87■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 MEF2B-203ENST00000410050 1429 ntTSL 5 BASIC27.86■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 CAVIN3-201ENST00000303927 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 KRT17P3-201ENST00000420566 1262 ntBASIC27.86■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 ZNF529-AS1-202ENST00000475219 1033 ntTSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 PTGIR-202ENST00000594275 699 ntTSL 3 BASIC27.86■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 PTGIR-206ENST00000598865 724 ntTSL 3 BASIC27.86■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 TACO1-201ENST00000258975 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 TCP11-203ENST00000373974 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.86■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 SPOP-206ENST00000504102 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 DDX31-206ENST00000480876 1333 ntTSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 ATP8A1-207ENST00000510289 2238 ntTSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC27.85■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 TANGO2-212ENST00000434570 2180 ntTSL 2 BASIC27.85■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 NDUFV3-202ENST00000354250 1575 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 TPM1-208ENST00000404484 1568 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.6 ms