Protein–RNA interactions for Protein: Q4G0X9

CCDC40, Coiled-coil domain-containing protein 40, humanhuman

Predictions only

Length 1,142 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC40Q4G0X9 FAM219A-205ENST00000379084 893 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 AGAP1-IT1-201ENST00000440498 664 ntTSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 PAQR6-215ENST00000623241 1961 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 VEGFA-204ENST00000372064 2909 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 LAYN-204ENST00000525126 1763 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 GATA6-AS1-202ENST00000583490 1788 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 ERLEC1-202ENST00000378239 2271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 PHOX2B-201ENST00000226382 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 DISC1-213ENST00000537876 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 ME3-212ENST00000543262 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 COCH-201ENST00000216361 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 CERKL-204ENST00000374970 1392 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 LZTS3-201ENST00000329152 5257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 AC090360.1-201ENST00000569722 2218 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 CELF2-211ENST00000632065 1952 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 SPTBN4-201ENST00000338932 8686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 ZXDC-201ENST00000336332 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 ZNF513-202ENST00000407879 2077 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 SCO2-201ENST00000252785 992 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 DTYMK-201ENST00000305784 1232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 EFCAB6-202ENST00000356087 1129 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 MRPL14-201ENST00000372014 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 AC073343.2-201ENST00000413182 548 ntTSL 4 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 IGFALS-203ENST00000568221 730 ntTSL 4 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 GLI4-201ENST00000340042 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 TEX22-201ENST00000451127 2571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 T-202ENST00000366871 2250 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 DTX3-201ENST00000337737 2029 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 GUCY1A3-210ENST00000513574 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 ZNF800-208ENST00000619291 2099 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 RXFP3-201ENST00000330120 1852 ntAPPRIS P1 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 FAM19A4-201ENST00000295569 2292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 AC132008.2-203ENST00000418868 1552 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 ACYP2-201ENST00000303536 789 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 MAD2L2-204ENST00000376667 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 AC011446.1-201ENST00000591825 458 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 AC104187.1-201ENST00000607510 612 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 FEZF1-203ENST00000442488 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 DNAAF3-201ENST00000391720 2169 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 GAS2-202ENST00000454584 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 RCN3-201ENST00000270645 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 GATA1-202ENST00000376670 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 TUSC3-203ENST00000503731 1498 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 UGP2-201ENST00000337130 2338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 ME2-216ENST00000639850 2331 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 SOX4-201ENST00000244745 5852 ntAPPRIS P1 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 NRXN1-202ENST00000342183 3315 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 AOC1-202ENST00000416793 2453 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 CLPB-202ENST00000340729 2071 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 UBA5-211ENST00000493720 2058 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 CEBPA-201ENST00000498907 2631 ntAPPRIS P1 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 TNIP2-203ENST00000503235 1653 ntTSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 PALM-202ENST00000338448 2725 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 JSRP1-201ENST00000300961 1138 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 CYB5R4-201ENST00000369679 768 ntTSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 AC010141.2-201ENST00000452426 721 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 LGR4-203ENST00000480977 492 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 AP002748.1-201ENST00000504911 580 ntTSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 CCDC92B-201ENST00000575506 885 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 TERF1P2-201ENST00000583350 1212 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 PACSIN3-201ENST00000298838 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 LAYN-202ENST00000375615 1836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 PEX11G-203ENST00000593942 1345 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 C10orf95-201ENST00000625129 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 NEUROG1-201ENST00000314744 1668 ntAPPRIS P1 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 JADE2-204ENST00000402835 2797 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 SLC35E4-202ENST00000406566 2081 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 NAA20-201ENST00000310450 920 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 BCKDHB-203ENST00000369760 743 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 AC004528.2-201ENST00000610701 440 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 RAB43-208ENST00000615093 783 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 AC120498.10-201ENST00000621827 505 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 SNX27-204ENST00000458013 6403 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 CATSPER2-201ENST00000321596 1820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 EED-201ENST00000263360 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
CCDC40Q4G0X9 MTMR9LP-204ENST00000441044 2624 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC40Q4G0X9 CAV2-201ENST00000222693 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC40Q4G0X9 AC093627.4-202ENST00000479592 591 ntTSL 4 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC40Q4G0X9 AC093817.1-201ENST00000507296 812 ntTSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC40Q4G0X9 KRT18P14-201ENST00000534205 1250 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC40Q4G0X9 PHOSPHO1-206ENST00000514112 1587 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC40Q4G0X9 AP000547.3-201ENST00000592918 1576 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC40Q4G0X9 EXOC3-AS1-202ENST00000623673 1663 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC40Q4G0X9 TTYH1-202ENST00000376530 1885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC40Q4G0X9 IRF7-204ENST00000397570 1943 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC40Q4G0X9 CD7-207ENST00000584284 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC40Q4G0X9 ZNF688-201ENST00000223459 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC40Q4G0X9 MANEAL-202ENST00000373045 2685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC40Q4G0X9 TMEM129-201ENST00000303277 2678 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC40Q4G0X9 GPR108-201ENST00000264080 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC40Q4G0X9 TMEM11-201ENST00000317635 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC40Q4G0X9 ADAM9-203ENST00000466936 2053 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC40Q4G0X9 FEM1AP1-201ENST00000431297 1995 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC40Q4G0X9 KCNK6-201ENST00000263372 5722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC40Q4G0X9 PLCL1-201ENST00000428675 5125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC40Q4G0X9 NRN1-203ENST00000616243 1556 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC40Q4G0X9 SCARB2-219ENST00000639738 1517 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.6 ms