Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 RBAK-202ENST00000396912 6551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
LIG1P18858 SLC16A3-201ENST00000392339 2074 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
LIG1P18858 SLC16A3-202ENST00000392341 2086 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
LIG1P18858 SLC44A3-203ENST00000446120 2094 ntTSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
LIG1P18858 EGFL7-201ENST00000308874 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
LIG1P18858 UBE2I-205ENST00000402301 1708 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
LIG1P18858 ARMC9-201ENST00000349938 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
LIG1P18858 IRF7-201ENST00000330243 1992 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
LIG1P18858 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
LIG1P18858 MOSPD3-202ENST00000379527 1016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
LIG1P18858 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC23.82■■□□□ 1.4
LIG1P18858 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC23.82■■□□□ 1.4
LIG1P18858 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC23.82■■□□□ 1.4
LIG1P18858 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
LIG1P18858 ANKRD20A6P-201ENST00000618763 204 ntBASIC23.82■■□□□ 1.4
LIG1P18858 CCNE1-201ENST00000262643 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
LIG1P18858 DTX3-201ENST00000337737 2029 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
LIG1P18858 PLCD1-201ENST00000334661 2769 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
LIG1P18858 GRIK4-205ENST00000527524 5861 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
LIG1P18858 SENP5-204ENST00000445299 2491 ntTSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
LIG1P18858 ZGPAT-204ENST00000369967 1890 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
LIG1P18858 SLC43A3-225ENST00000533524 1879 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
LIG1P18858 RUSC1-AS1-203ENST00000450199 1636 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
LIG1P18858 PANK1-201ENST00000307534 6976 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
LIG1P18858 GSG1L-202ENST00000395724 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
LIG1P18858 CCDC91-207ENST00000539107 2440 ntTSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
LIG1P18858 CYP1B1-207ENST00000614273 2174 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
LIG1P18858 SDHAF3-202ENST00000432641 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
LIG1P18858 NDUFB2-212ENST00000476279 1666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
LIG1P18858 MFSD14C-201ENST00000375223 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
LIG1P18858 AL583722.4-201ENST00000555524 716 ntTSL 3 BASIC23.81■■□□□ 1.4
LIG1P18858 PYCARD-AS1-201ENST00000561916 1095 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
LIG1P18858 PCDHAC2-203ENST00000615316 3011 ntBASIC23.81■■□□□ 1.4
LIG1P18858 TAF6L-201ENST00000294168 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
LIG1P18858 IQCJ-SCHIP1-204ENST00000485419 2445 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
LIG1P18858 UQCR11-203ENST00000591899 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
LIG1P18858 NXN-201ENST00000336868 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
LIG1P18858 PAQR9-201ENST00000340634 2452 ntAPPRIS P1 BASIC23.81■■□□□ 1.4
LIG1P18858 AC027702.1-201ENST00000563810 1770 ntBASIC23.8■■□□□ 1.4
LIG1P18858 BRICD5-201ENST00000328540 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
LIG1P18858 DHRS2-202ENST00000344777 1678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
LIG1P18858 HAND1-201ENST00000231121 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
LIG1P18858 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
LIG1P18858 CDKN2AIPNL-201ENST00000395009 800 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
LIG1P18858 GDNF-204ENST00000427982 856 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
LIG1P18858 ZNF696-205ENST00000521537 705 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
LIG1P18858 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
LIG1P18858 RAB43-208ENST00000615093 783 ntTSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
LIG1P18858 PDCD2-204ENST00000453163 2657 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
LIG1P18858 HNRNPUL2-201ENST00000301785 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
LIG1P18858 MRAS-202ENST00000423968 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
LIG1P18858 LGR4-202ENST00000389858 5163 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
LIG1P18858 TCP11-203ENST00000373974 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIG1P18858 LRRC4B-201ENST00000389201 2958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIG1P18858 BRD9-202ENST00000467963 2156 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIG1P18858 AR-204ENST00000504326 3615 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIG1P18858 REV1-201ENST00000258428 4751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIG1P18858 GALK1-201ENST00000225614 1445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIG1P18858 HACD1-201ENST00000326961 773 ntTSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIG1P18858 EIF6-203ENST00000374450 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIG1P18858 C16orf86-201ENST00000403458 1267 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIG1P18858 ELANE-202ENST00000590230 1028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIG1P18858 SLC12A5-217ENST00000626937 1224 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIG1P18858 UBTD2-201ENST00000393792 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIG1P18858 VPS13B-204ENST00000441350 1626 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIG1P18858 DEDD2-201ENST00000336034 1882 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIG1P18858 BX005040.4-201ENST00000637145 1518 ntBASIC23.79■■□□□ 1.4
LIG1P18858 YIPF2-201ENST00000253031 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIG1P18858 ASAP2-202ENST00000315273 5582 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
LIG1P18858 SMPD5-201ENST00000528912 1390 ntTSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
LIG1P18858 SLC46A3-202ENST00000380814 2121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
LIG1P18858 SNX32-201ENST00000308342 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
LIG1P18858 PRELID3B-201ENST00000355937 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
LIG1P18858 PPCS-202ENST00000372560 793 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
LIG1P18858 AC092675.2-201ENST00000413274 541 ntTSL 4 BASIC23.78■■□□□ 1.4
LIG1P18858 Z97653.1-201ENST00000567096 446 ntTSL 3 BASIC23.78■■□□□ 1.4
LIG1P18858 AC145207.2-202ENST00000576554 565 ntTSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
LIG1P18858 LTBP3-201ENST00000301873 4443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
LIG1P18858 S1PR5-204ENST00000617721 1698 ntTSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
LIG1P18858 PABPC4-204ENST00000372862 2470 ntTSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
LIG1P18858 MYO1C-203ENST00000438665 4898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
LIG1P18858 TBL1Y-201ENST00000346432 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
LIG1P18858 SAE1-203ENST00000413379 2313 ntTSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
LIG1P18858 AC121338.2-201ENST00000622535 1744 ntBASIC23.78■■□□□ 1.4
LIG1P18858 UAP1-201ENST00000271469 2377 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
LIG1P18858 RNH1-222ENST00000533410 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIG1P18858 DR1-201ENST00000370267 1647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIG1P18858 OBSL1-214ENST00000603926 5520 ntTSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIG1P18858 SLC16A5-201ENST00000329783 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIG1P18858 CTU2-210ENST00000567949 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIG1P18858 ADAP1-218ENST00000617043 1946 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIG1P18858 SPOCK3-204ENST00000502330 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIG1P18858 AC016065.1-201ENST00000500118 2413 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIG1P18858 URAD-201ENST00000332715 931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIG1P18858 FRMD8-208ENST00000531296 366 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIG1P18858 CCDC92B-201ENST00000575506 885 ntBASIC23.77■■□□□ 1.4
LIG1P18858 IRF7-205ENST00000397574 1968 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIG1P18858 COCH-205ENST00000475087 1997 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIG1P18858 MAMSTR-202ENST00000356751 1825 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIG1P18858 EBF1-202ENST00000380654 2345 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.4 ms