Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 MOK-228ENST00000523231 1114 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 AC091551.1-201ENST00000590722 1228 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 CD177P1-201ENST00000606252 935 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 SERPINB6-204ENST00000380529 1370 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 NDUFV3-202ENST00000354250 1575 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 GAL3ST4-204ENST00000423751 1695 ntTSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
COL6A1P12109 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 FBXO28-202ENST00000424254 1334 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 PHOSPHO1-206ENST00000514112 1587 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 MAST1-208ENST00000591495 1496 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 PSMG1-202ENST00000380900 907 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 C4orf48-202ENST00000409860 477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 DMRT2-206ENST00000412350 1244 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 BAALC-AS1-206ENST00000521383 736 ntTSL 3 BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 MIEF2-207ENST00000578621 540 ntTSL 4 BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 UBL5-202ENST00000586895 432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 CDC123-201ENST00000281141 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 CYP21A1P-202ENST00000354927 1481 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 CAMKMT-201ENST00000378494 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 SUGCT-202ENST00000401647 1369 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 C1QBP-201ENST00000225698 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 BSX-201ENST00000343035 830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 SPATA25-201ENST00000372519 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 AC239809.2-201ENST00000415381 517 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 TMPOP1-202ENST00000424642 1267 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 THEM4-205ENST00000489410 643 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 CNOT8-224ENST00000523698 862 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 TMEM191C-212ENST00000536718 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 AC110285.5-201ENST00000611501 352 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 TMEM191B-203ENST00000613597 366 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 AC105020.6-201ENST00000621523 1217 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 HOXA11-AS-204ENST00000522674 1549 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 PYCR1-216ENST00000619204 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 BIRC7-202ENST00000342412 1302 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 DDRGK1-201ENST00000354488 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 GORASP1-220ENST00000479927 1345 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 IKBIP-203ENST00000393042 1368 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 ALG5-202ENST00000443765 1119 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 LINC00969-218ENST00000452844 583 ntTSL 3 BASIC23.05■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 LINC00969-221ENST00000457233 1279 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 AC022211.2-202ENST00000582668 546 ntTSL 4 BASIC23.05■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 AL353708.3-201ENST00000610272 989 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 DYNC1I1-211ENST00000537881 2146 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 SLC2A7-201ENST00000400906 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 LRRC3B-201ENST00000396641 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 CDKN2A-205ENST00000479692 544 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 SLC25A11-202ENST00000544061 952 ntTSL 3 BASIC23.04■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 CBLN3-202ENST00000555436 718 ntTSL 3 BASIC23.04■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 RARRES2P10-201ENST00000564312 460 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 RN7SL850P-201ENST00000579959 291 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 NT5C-211ENST00000582170 653 ntTSL 3 BASIC23.04■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 AC007786.1-201ENST00000587859 709 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 AC091729.3-201ENST00000423008 1401 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 CEACAM3-202ENST00000357396 1316 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 TPD52L1-201ENST00000304877 1468 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 GPR6-202ENST00000414000 1945 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 CASP6-201ENST00000265164 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 WDR86-207ENST00000621812 1542 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 LRP5L-203ENST00000444995 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 MADCAM1-201ENST00000215637 1572 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 KRAS-201ENST00000256078 1119 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 NDUFB1-201ENST00000329559 528 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 H2AFB2-201ENST00000354514 348 ntAPPRIS P1 BASIC23.03■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 AL133410.2-201ENST00000425499 696 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 AC007322.3-201ENST00000426526 701 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 RNF135-204ENST00000443677 1261 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 PENK-204ENST00000518770 863 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 C12orf76-208ENST00000551185 496 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 AL353593.2-202ENST00000602947 550 ntTSL 4 BASIC23.03■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 TRAPPC6A-201ENST00000006275 805 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 HPCAL1-201ENST00000307845 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 PADI2-201ENST00000375481 1607 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 ZNF302-215ENST00000627982 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 LINC01743-201ENST00000366308 964 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 ACP1-205ENST00000407983 703 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 METTL21A-206ENST00000432416 869 ntTSL 3 BASIC23.02■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 PRKY-204ENST00000533551 1019 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 LINC02167-201ENST00000562769 594 ntTSL 3 BASIC23.02■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.1 ms