Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 MPPED1-203ENST00000443721 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 SMARCB1-202ENST00000344921 1728 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 TMEM198B-205ENST00000487582 1581 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 MIPEPP3-201ENST00000412105 444 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 AC098590.1-201ENST00000468126 897 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 RPS2P52-201ENST00000469610 820 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 PDZRN4-202ENST00000402685 3347 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 CFC1-201ENST00000259216 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 CFC1B-201ENST00000281882 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 CD58-201ENST00000369487 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 CD58-202ENST00000369489 1098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 UNC93B5-201ENST00000530315 699 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 CLN6-207ENST00000566347 981 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 SPIRE2-202ENST00000393062 2172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 SLC25A24P1-201ENST00000411846 1569 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 DYNC1I1-211ENST00000537881 2146 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 HAUS4-203ENST00000347758 1428 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 AC007405.3-201ENST00000429172 561 ntTSL 3 BASIC17.86■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 BEAN1-AS1-201ENST00000564618 533 ntTSL 4 BASIC17.86■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 AC092118.2-201ENST00000613495 667 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 MMP23B-201ENST00000356026 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 ORAI1-202ENST00000617316 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 ZNF37BP-201ENST00000435805 1695 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 AC092490.1-203ENST00000514568 1972 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 ADCK2-203ENST00000476491 2092 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 HLA-DPB1-211ENST00000418931 1560 ntAPPRIS P2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 KRT18P29-201ENST00000397031 1267 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 C14orf28-204ENST00000557112 1097 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 C17orf50-201ENST00000603305 569 ntTSL 3 BASIC17.85■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 C17orf50-203ENST00000605587 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 H2AFX-202ENST00000530167 1614 ntAPPRIS P1 BASIC17.85■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 TOP1MT-201ENST00000329245 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 CBWD6-213ENST00000613716 1820 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 SCLY-201ENST00000254663 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 FAM83D-201ENST00000619304 2475 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 FAM66C-208ENST00000541558 2087 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 GCSHP5-201ENST00000443090 522 ntBASIC17.84■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 AC008667.2-201ENST00000504413 469 ntTSL 3 BASIC17.84■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 AL049874.3-201ENST00000557618 868 ntTSL 3 BASIC17.84■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 AC142381.4-202ENST00000563973 229 ntBASIC17.84■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 C19orf25-213ENST00000592872 1287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 FAHD1-202ENST00000382668 1845 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 DRD2-202ENST00000362072 2789 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 CTGF-201ENST00000367976 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 PML-217ENST00000567543 1404 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 AC026310.3-201ENST00000625186 2373 ntBASIC17.84■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 NPDC1-202ENST00000371601 1494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 MAGI2-212ENST00000626691 4599 ntTSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 PSPN-201ENST00000245810 471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 EP300-AS1-201ENST00000420537 457 ntTSL 3 BASIC17.84■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 ZNF263-205ENST00000574253 1139 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 IGFBP1-203ENST00000468955 1369 ntTSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 DPP7-201ENST00000371579 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 TLE3-216ENST00000559191 1575 ntTSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 DACT1-204ENST00000541264 2610 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 CACNA1H-202ENST00000358590 8069 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 POC1B-209ENST00000549035 2038 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 RARRES2-201ENST00000223271 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 NUDT22-201ENST00000279206 1094 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 AC007285.1-201ENST00000422239 893 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 CIRBP-211ENST00000586773 942 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 CDCA4-202ENST00000392590 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 PDK3-201ENST00000379162 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
USF3Q68DE3 GGTLC1-201ENST00000278765 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 EFS-203ENST00000429593 2610 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 RARRES2-202ENST00000466675 1618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 RARRES2P4-201ENST00000514074 484 ntBASIC17.83■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 PWWP2A-205ENST00000523662 1819 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 TMEM179B-205ENST00000533861 797 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 STK11-205ENST00000586243 2777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 AP2S1-207ENST00000599990 829 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 ATP6V0E2-211ENST00000606024 893 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 AC003102.1-202ENST00000563394 1796 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 SMUG1-202ENST00000337581 1571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 TTC9B-201ENST00000311308 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 UPK3B-203ENST00000394849 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 AKAIN1-201ENST00000434239 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 SGO1-AS1-202ENST00000448208 819 ntTSL 3 BASIC17.82■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 AL359182.2-201ENST00000457720 606 ntTSL 3 BASIC17.82■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 RAP1B-220ENST00000539091 977 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 LYRM1-205ENST00000562740 931 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 UCHL5-205ENST00000367454 1815 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 MXRA8-203ENST00000445648 2001 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 AC138028.5-201ENST00000566114 558 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 ETHE1-205ENST00000600651 1052 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 PTMS-207ENST00000619580 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 IRX4-207ENST00000613726 2403 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 ACAT1-201ENST00000265838 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.8 ms