Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 RANBP10-202ENST00000448631 2232 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
USP4Q13107 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
USP4Q13107 MFSD6L-201ENST00000329805 2188 ntAPPRIS P1 BASIC21.77■■□□□ 1.08
USP4Q13107 MANEAL-203ENST00000397631 2327 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
USP4Q13107 GAS2L1-207ENST00000611648 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
USP4Q13107 MED10-201ENST00000255764 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
USP4Q13107 MCHR1-202ENST00000381433 1219 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
USP4Q13107 AC106738.2-202ENST00000558156 533 ntTSL 4 BASIC21.77■■□□□ 1.08
USP4Q13107 MIR4758-201ENST00000577688 71 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
USP4Q13107 FAM19A5-202ENST00000358295 2638 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
USP4Q13107 PEX6-201ENST00000244546 2696 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
USP4Q13107 DTNB-207ENST00000405222 2273 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
USP4Q13107 PAQR4-201ENST00000293978 2644 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP4Q13107 SERPINB5-201ENST00000382771 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP4Q13107 MGAT4D-208ENST00000515354 1806 ntTSL 3 BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP4Q13107 MPST-202ENST00000397225 2116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP4Q13107 ASIP-201ENST00000374954 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP4Q13107 WIPF1-207ENST00000410117 777 ntTSL 3 BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP4Q13107 AL121761.1-202ENST00000412571 415 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP4Q13107 AP000282.1-201ENST00000454622 682 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP4Q13107 FADS3-204ENST00000525588 1254 ntTSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP4Q13107 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP4Q13107 CIRBP-211ENST00000586773 942 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP4Q13107 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP4Q13107 C12orf42-208ENST00000548883 1336 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP4Q13107 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP4Q13107 PLPP5-203ENST00000424479 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP4Q13107 RALGPS1-207ENST00000394022 1672 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
USP4Q13107 LTK-201ENST00000263800 3046 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
USP4Q13107 COMMD5-207ENST00000543949 1571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.75■■□□□ 1.07
USP4Q13107 RNPEP-201ENST00000295640 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
USP4Q13107 LAMP5-AS1-201ENST00000443469 1928 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
USP4Q13107 IL15RA-206ENST00000397248 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
USP4Q13107 CPNE2-201ENST00000290776 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
USP4Q13107 TSPY20P-201ENST00000450910 630 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
USP4Q13107 AC025754.1-201ENST00000507566 407 ntTSL 3 BASIC21.75■■□□□ 1.07
USP4Q13107 FAM66A-201ENST00000525829 921 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
USP4Q13107 VPS13B-204ENST00000441350 1626 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
USP4Q13107 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
USP4Q13107 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
USP4Q13107 POFUT1-201ENST00000375730 1507 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
USP4Q13107 DNAJC25-201ENST00000313525 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
USP4Q13107 CENPN-201ENST00000299572 1398 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
USP4Q13107 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
USP4Q13107 SCARB1-211ENST00000546215 1597 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
USP4Q13107 TSPAN3-202ENST00000346495 1647 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
USP4Q13107 RARRES2-202ENST00000466675 1618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
USP4Q13107 GRK4-201ENST00000345167 2013 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
USP4Q13107 HPS6-201ENST00000299238 2649 ntAPPRIS P1 BASIC21.74■■□□□ 1.07
USP4Q13107 MIR4651-201ENST00000582622 73 ntBASIC21.74■■□□□ 1.07
USP4Q13107 AL591742.1-201ENST00000604433 565 ntBASIC21.74■■□□□ 1.07
USP4Q13107 AC092118.2-201ENST00000613495 667 ntBASIC21.74■■□□□ 1.07
USP4Q13107 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
USP4Q13107 FAM66C-208ENST00000541558 2087 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
USP4Q13107 PATZ1-201ENST00000215919 2516 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
USP4Q13107 RBM38-203ENST00000356208 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
USP4Q13107 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.74■■□□□ 1.07
USP4Q13107 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC21.74■■□□□ 1.07
USP4Q13107 DUX4-204ENST00000569241 1574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
USP4Q13107 IGFBP1-203ENST00000468955 1369 ntTSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
USP4Q13107 ALG1-202ENST00000544428 1419 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
USP4Q13107 CHRAC1-203ENST00000519533 1678 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
USP4Q13107 NARF-202ENST00000345415 1487 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
USP4Q13107 PPP1CA-202ENST00000358239 1054 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
USP4Q13107 MAD2L2-204ENST00000376667 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
USP4Q13107 PPP1R14BP2-201ENST00000426284 444 ntBASIC21.73■■□□□ 1.07
USP4Q13107 TPT1-AS1-210ENST00000520590 873 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
USP4Q13107 CD44-222ENST00000526025 1052 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
USP4Q13107 AP000785.1-201ENST00000527314 613 ntTSL 4 BASIC21.73■■□□□ 1.07
USP4Q13107 RAP1B-220ENST00000539091 977 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
USP4Q13107 YY1AP1-214ENST00000407221 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
USP4Q13107 NSMF-201ENST00000265663 2981 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
USP4Q13107 NSMF-206ENST00000371475 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
USP4Q13107 C1QTNF1-201ENST00000311661 2624 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
USP4Q13107 AC026471.6-201ENST00000622954 1905 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
USP4Q13107 MTAP-204ENST00000460874 1434 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
USP4Q13107 SCLY-201ENST00000254663 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
USP4Q13107 SCO2-201ENST00000252785 992 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
USP4Q13107 HSD17B10-202ENST00000375298 823 ntTSL 3 BASIC21.72■■□□□ 1.07
USP4Q13107 EMC6-202ENST00000397133 762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
USP4Q13107 CTCF-202ENST00000401394 2978 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
USP4Q13107 RAMP1-202ENST00000403885 650 ntTSL 3 BASIC21.72■■□□□ 1.07
USP4Q13107 ZNF295-AS1-201ENST00000412906 952 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
USP4Q13107 ZNF263-205ENST00000574253 1139 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
USP4Q13107 PTGIR-205ENST00000597185 775 ntTSL 3 BASIC21.72■■□□□ 1.07
USP4Q13107 AC244517.4-202ENST00000624089 484 ntTSL 3 BASIC21.72■■□□□ 1.07
USP4Q13107 AC068987.5-201ENST00000642069 987 ntAPPRIS P1 BASIC21.72■■□□□ 1.07
USP4Q13107 TMEM176B-203ENST00000434545 1303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
USP4Q13107 SOS2-201ENST00000216373 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
USP4Q13107 LRRC3B-201ENST00000396641 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
USP4Q13107 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
USP4Q13107 ZNF410-206ENST00000540593 1722 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
USP4Q13107 GNA11-201ENST00000078429 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP4Q13107 FITM1-201ENST00000267426 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP4Q13107 CHPF-202ENST00000373891 1079 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP4Q13107 NUDT8-202ENST00000376693 728 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP4Q13107 LINC01637-201ENST00000444039 684 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP4Q13107 RARRES2P4-201ENST00000514074 484 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
USP4Q13107 AL772284.2-201ENST00000620151 1147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP4Q13107 TMEM191A-211ENST00000637163 1067 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
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