Protein–RNA interactions for Protein: P49711

CTCF, Transcriptional repressor CTCF, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 727 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CTCFP49711 AL136307.1-201ENST00000454882 411 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CTCFP49711 HOXB-AS3-204ENST00000466037 522 ntTSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CTCFP49711 THEM4-205ENST00000489410 643 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CTCFP49711 NMU-205ENST00000511469 756 ntTSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CTCFP49711 DYNLL1-205ENST00000548342 662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CTCFP49711 RBM42-202ENST00000586618 771 ntTSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CTCFP49711 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CTCFP49711 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CTCFP49711 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CTCFP49711 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CTCFP49711 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CTCFP49711 INPP1-201ENST00000322522 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CTCFP49711 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CTCFP49711 PTGER3-203ENST00000354608 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CTCFP49711 PAX3-201ENST00000258387 958 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CTCFP49711 RAP1B-203ENST00000378985 1017 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CTCFP49711 C2orf50-202ENST00000405022 980 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CTCFP49711 AC009487.1-202ENST00000437683 402 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CTCFP49711 UNC5B-AS1-201ENST00000447119 647 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CTCFP49711 KRT18P56-201ENST00000507275 550 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
CTCFP49711 CHCHD6-204ENST00000508789 1159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CTCFP49711 RAP1B-221ENST00000540209 1264 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CTCFP49711 FAM21FP-204ENST00000608637 956 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
CTCFP49711 ATRAID-208ENST00000611786 1256 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CTCFP49711 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CTCFP49711 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CTCFP49711 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
CTCFP49711 CD247-201ENST00000362089 1609 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CTCFP49711 NIPAL4-202ENST00000435489 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CTCFP49711 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CTCFP49711 YBX1-201ENST00000321358 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CTCFP49711 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CTCFP49711 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CTCFP49711 CEACAM3-202ENST00000357396 1316 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CTCFP49711 KHDC1-201ENST00000257765 1134 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CTCFP49711 TERF1P1-201ENST00000311003 1181 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
CTCFP49711 TBC1D7-205ENST00000379307 1084 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CTCFP49711 NFU1-202ENST00000394305 1058 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CTCFP49711 IMMP2L-207ENST00000452895 833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CTCFP49711 PACRGL-207ENST00000502938 810 ntTSL 4 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CTCFP49711 SMIM20-201ENST00000506197 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CTCFP49711 TMEM64-204ENST00000519519 873 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CTCFP49711 AC011247.3-202ENST00000605062 570 ntTSL 4 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CTCFP49711 KHDC1-207ENST00000610435 1101 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CTCFP49711 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CTCFP49711 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CTCFP49711 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CTCFP49711 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CTCFP49711 SLC35B2-205ENST00000538577 1909 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CTCFP49711 TSPY8-202ENST00000383000 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CTCFP49711 TSPY2-202ENST00000383042 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CTCFP49711 TSPY1-201ENST00000423647 1171 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CTCFP49711 TSPY3-201ENST00000424594 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CTCFP49711 TSPY10-202ENST00000444056 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CTCFP49711 SURF4-206ENST00000485435 1206 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CTCFP49711 RAP1B-228ENST00000542145 1060 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CTCFP49711 METRN-205ENST00000568415 612 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CTCFP49711 AC022211.2-202ENST00000582668 546 ntTSL 4 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CTCFP49711 AC006942.1-201ENST00000600669 520 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CTCFP49711 Six3os1_6.1-201ENST00000620790 196 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
CTCFP49711 AL590094.1-202ENST00000634619 1131 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CTCFP49711 AC008735.6-201ENST00000635964 1292 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CTCFP49711 HOXB2-201ENST00000330070 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CTCFP49711 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CTCFP49711 DTD1-201ENST00000377452 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CTCFP49711 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CTCFP49711 ZNF534-203ENST00000432303 956 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CTCFP49711 CFL2-205ENST00000555765 632 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CTCFP49711 AC091076.1-201ENST00000610741 619 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
CTCFP49711 NEURL3-204ENST00000451794 1461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CTCFP49711 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CTCFP49711 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CTCFP49711 EPS8L1-209ENST00000588359 1407 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CTCFP49711 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CTCFP49711 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CTCFP49711 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CTCFP49711 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CTCFP49711 ST3GAL3-205ENST00000347631 1324 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CTCFP49711 CACNG5-202ENST00000533854 1311 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CTCFP49711 TPM1-208ENST00000404484 1568 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CTCFP49711 PEX11G-201ENST00000221480 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CTCFP49711 AL513320.1-201ENST00000435049 622 ntTSL 3 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CTCFP49711 CALM1-202ENST00000447653 1104 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CTCFP49711 AC104076.2-201ENST00000448912 469 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
CTCFP49711 CUTA-210ENST00000488034 769 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CTCFP49711 MRPL36-202ENST00000505059 610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CTCFP49711 FAM53C-211ENST00000513056 923 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CTCFP49711 PTP4A3-206ENST00000524028 963 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CTCFP49711 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CTCFP49711 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CTCFP49711 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CTCFP49711 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CTCFP49711 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CTCFP49711 SERPINB6-204ENST00000380529 1370 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CTCFP49711 COPS7A-208ENST00000538410 1610 ntTSL 3 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CTCFP49711 LINC01568-207ENST00000641790 1380 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
CTCFP49711 SEPT1-201ENST00000321367 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CTCFP49711 TXNL1-211ENST00000590954 1339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CTCFP49711 ENTPD2-201ENST00000312665 1500 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CTCFP49711 CTAG2-201ENST00000247306 993 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.6 ms