Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 NEIL3-201ENST00000264596 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 LMLN-204ENST00000420910 2423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 ZC3HAV1L-201ENST00000275766 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC16.49■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 P2RY2-201ENST00000311131 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 KAZN-203ENST00000376030 6030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 TLE3-214ENST00000558939 6004 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 UBE2QL1-201ENST00000399816 4317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 RALY-203ENST00000375114 6430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 NGLY1-202ENST00000280700 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 FDFT1-210ENST00000525954 1890 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 AC008105.1-201ENST00000587534 2003 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 NUDT4-202ENST00000415493 4839 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 LRCH4-201ENST00000310300 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 NTRK1-206ENST00000524377 2432 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 AP005212.1-201ENST00000581547 1997 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 H1FX-201ENST00000333762 1507 ntAPPRIS P1 BASIC16.49■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 UBA5-208ENST00000473651 1513 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 PAX1-201ENST00000398485 2838 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 OSTM1-201ENST00000193322 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 STRBP-201ENST00000348403 3337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 CDO1-201ENST00000250535 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 SPOP-206ENST00000504102 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 SAMD5-201ENST00000367474 6089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 FOXL2-201ENST00000330315 2917 ntAPPRIS P1 BASIC16.48■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 RGS11-204ENST00000397770 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 BARX2-201ENST00000281437 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 C10orf91-202ENST00000392630 1846 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 TMEM189-201ENST00000371650 2222 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 TAL1-202ENST00000371884 4642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 CYB561-213ENST00000581573 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 ZNF598-204ENST00000563630 3371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 VSX1-202ENST00000376709 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 TNFSF11-203ENST00000398795 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 BYSL-201ENST00000230340 2029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 PDCD2-204ENST00000453163 2657 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 SSUH2-217ENST00000544814 1636 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 FSTL3-201ENST00000166139 2542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 AC073314.1-201ENST00000568729 2216 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 PHOSPHO1-201ENST00000310544 1816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 BRICD5-201ENST00000328540 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 AC026471.6-201ENST00000622954 1905 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 TMEM178A-201ENST00000281961 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 DMPK-205ENST00000458663 2548 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 COL13A1-205ENST00000398978 3093 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 LAYN-209ENST00000533265 1703 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 TBC1D4-204ENST00000431480 6347 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 MID2-201ENST00000262843 2876 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 CACNA1A-247ENST00000637769 8648 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 LYN-202ENST00000519728 2297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 BIN2-210ENST00000615107 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 ASB16-201ENST00000293414 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 AL049796.1-201ENST00000565336 1766 ntBASIC16.46■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 NHLRC1-201ENST00000340650 2248 ntAPPRIS P1 BASIC16.46■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 C4orf32-201ENST00000309733 8901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 CPT2-203ENST00000635862 2319 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 ZNF554-201ENST00000317243 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 FAM213B-204ENST00000419916 2749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 LGALS9B-201ENST00000324290 1243 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC16.46■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC16.46■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC16.46■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC16.46■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC16.46■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 NAE1-203ENST00000379463 1909 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 MAP3K14-AS1-203ENST00000585780 2475 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 FGF14-IT1-202ENST00000607251 2123 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 GJC2-201ENST00000366714 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 SHC3-202ENST00000375835 9768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 RNF38-205ENST00000377877 1974 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 AHCYL1-202ENST00000369799 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 DGKZ-203ENST00000421244 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 MBD1-216ENST00000587605 1945 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 MRFAP1-201ENST00000320912 2049 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 PRDM8-202ENST00000415738 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 CASP9-203ENST00000375890 1351 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.7 ms