Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 CLPB-202ENST00000340729 2071 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 FNDC10-201ENST00000422725 2085 ntAPPRIS P1 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 EPHA6-202ENST00000470610 2058 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 SLC43A3-225ENST00000533524 1879 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 RNF38-205ENST00000377877 1974 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 UBA5-211ENST00000493720 2058 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 TRIM28-201ENST00000253024 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 RNF146-206ENST00000480444 843 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 HHIPL1-202ENST00000357223 2241 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 NUTF2-201ENST00000219169 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 FBXO41-205ENST00000521871 7336 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 TRMT2A-204ENST00000439169 2473 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 DUSP28-201ENST00000343217 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 TSR1-201ENST00000301364 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 ZC3HAV1L-201ENST00000275766 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 HMOX1-201ENST00000216117 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 C14orf79-207ENST00000550614 1912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 TXNRD3-204ENST00000640433 1932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 FOXD4L3-201ENST00000342833 2039 ntAPPRIS P1 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 NUDT16L1-202ENST00000405142 2040 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 CAMK2B-216ENST00000440254 2097 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 RABL2B-206ENST00000395598 2169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 KCNQ5-203ENST00000355635 6623 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 RANBP10-201ENST00000317506 5341 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 RANBP10-209ENST00000630626 5305 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 UNC93B1-201ENST00000227471 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 FAM117B-201ENST00000392238 5763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 SMCO4-201ENST00000298966 1104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 MPST-204ENST00000404393 1329 ntTSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 AC135048.1-201ENST00000566056 1318 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 STX6-204ENST00000542060 4809 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 FAM151B-201ENST00000282226 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 UBE2I-205ENST00000402301 1708 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 NAAA-201ENST00000286733 1900 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 USP39-203ENST00000409470 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 CCDC102A-201ENST00000258214 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 ADAMTS19-205ENST00000638972 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 SGTA-201ENST00000221566 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 MAP7-206ENST00000611373 2317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 AC010616.1-201ENST00000597630 2078 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 RAB1B-201ENST00000311481 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 LINC01521-201ENST00000504184 1943 ntBASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 ZGPAT-204ENST00000369967 1890 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 CREB3-201ENST00000353704 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 RARG-204ENST00000543726 1779 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 SCN1B-206ENST00000638536 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 ECHDC2-221ENST00000536120 1446 ntTSL 3 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 ITGA9-AS1-210ENST00000457661 738 ntTSL 4 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 AL359317.1-201ENST00000556316 578 ntTSL 4 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 AC053503.5-201ENST00000601508 636 ntBASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 CTCF-202ENST00000401394 2978 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 SUDS3-204ENST00000543473 4897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 KIAA0895-204ENST00000415803 2865 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 IQSEC2-218ENST00000640694 5958 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 BTBD11-201ENST00000280758 5767 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 AP005233.1-201ENST00000562341 2424 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 PRMT5-201ENST00000216350 2271 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 METTL1-202ENST00000324871 2066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 RREB1-201ENST00000334984 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 PXK-203ENST00000383715 1756 ntTSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 SMPDL3A-203ENST00000539041 1755 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 AC006128.1-201ENST00000624704 1661 ntBASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 DUSP5-201ENST00000369583 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 CERS4-208ENST00000559336 1515 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 HMCES-203ENST00000417226 1490 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 MAPK9-203ENST00000393360 4326 ntTSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 PML-217ENST00000567543 1404 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 CACNA1B-204ENST00000371357 9642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 FAM19A4-201ENST00000295569 2292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 JPT1-206ENST00000476258 2289 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 DCTN3-202ENST00000341694 899 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 DCTN3-205ENST00000378916 773 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 AC092675.2-201ENST00000413274 541 ntTSL 4 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 AC127029.2-201ENST00000577329 502 ntTSL 3 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 DBX2-201ENST00000332700 2806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 LRR1-201ENST00000298288 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 PKD2-201ENST00000237596 5056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 TCP11-203ENST00000373974 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 DAG1-221ENST00000541308 5676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 PILRB-207ENST00000448382 2314 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 SLC9A3R1-201ENST00000262613 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 PAQR6-215ENST00000623241 1961 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 PATZ1-201ENST00000215919 2516 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 RAB24-202ENST00000303270 1385 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 CERS1-202ENST00000542296 1947 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.6 ms