Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 DPF1-209ENST00000456296 1562 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 AQP6-201ENST00000315520 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 CRK-204ENST00000574295 1391 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 NPAS1-201ENST00000439365 1341 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 ABHD14A-201ENST00000273596 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 TMSB4X-201ENST00000380633 495 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.2■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 LINC00708-201ENST00000428165 916 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 VMO1-204ENST00000441199 741 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 TMEM72-203ENST00000544540 1018 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 AC090877.2-202ENST00000560363 574 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 PTCRA-204ENST00000616441 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 DUSP26-201ENST00000256261 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 CXCL16-203ENST00000574412 1668 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 NFS1-214ENST00000541387 1436 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 ANTXR1-202ENST00000409349 1384 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 MRPL4-202ENST00000307422 1320 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 PRSS57-201ENST00000329267 1025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 COL11A2-204ENST00000395194 1194 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 SELENOF-203ENST00000401030 727 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 SERF2-207ENST00000409614 582 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 LINC01659-202ENST00000449711 917 ntTSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 AC133681.1-201ENST00000465482 601 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 AP001972.3-201ENST00000530792 495 ntTSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 CBLN1-202ENST00000536749 718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 LINC02256-201ENST00000561999 366 ntTSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 MAZ-215ENST00000569978 567 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 MTDHP1-201ENST00000605323 784 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 PRSS57-202ENST00000613411 1090 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 SEC11A-201ENST00000268220 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 CERS4-209ENST00000559450 1637 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 TACO1-201ENST00000258975 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 TANGO2-202ENST00000398042 2011 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 IKBKG-212ENST00000617207 1949 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC23.18■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 SOX18-201ENST00000340356 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 AC012146.1-202ENST00000413077 474 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 AC026412.1-201ENST00000507290 1033 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 DHDH-203ENST00000522614 776 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 PPOX-219ENST00000544598 813 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 BCL2L10-202ENST00000561198 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 FBXO17-202ENST00000595329 1299 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 RTCA-201ENST00000260563 1534 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 NXN-202ENST00000537628 1340 ntTSL 3 BASIC23.17■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 TSPAN3-207ENST00000559494 1326 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 LIME1-201ENST00000309546 1178 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 PARL-201ENST00000311101 1240 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 MLLT10-205ENST00000377100 1136 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 USF2-203ENST00000379134 648 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 HDAC11-203ENST00000402271 1018 ntTSL 3 BASIC23.17■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 AL109797.1-201ENST00000452501 835 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 DIMT1-202ENST00000506390 1208 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 COX4I1-202ENST00000561569 716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 YPEL3-207ENST00000566134 761 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 AL445228.2-201ENST00000605589 952 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 AC124016.1-201ENST00000609552 612 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 PTCD3-220ENST00000627371 210 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 NTSR2-201ENST00000306928 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 PQLC2-203ENST00000400548 1548 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 PDE9A-212ENST00000398234 1783 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 OIP5-AS1-202ENST00000501665 1384 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 HAS3-201ENST00000219322 1163 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 DGCR6-201ENST00000331444 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 RBP4-201ENST00000371464 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 SAPCD2P1-201ENST00000395413 1184 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 TSPAN4-209ENST00000409543 1031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 AC004080.6-201ENST00000467897 919 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 CXCL2-202ENST00000508487 1218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 TK2-204ENST00000525974 1178 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 AC134349.1-201ENST00000543969 385 ntTSL 3 BASIC23.16■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 MIR4785-201ENST00000585005 73 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 C16orf74-202ENST00000602583 1237 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 AP001412.1-201ENST00000608405 714 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 PWWP2A-205ENST00000523662 1819 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 FNIP1-204ENST00000511848 1720 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 AL645608.1-202ENST00000417705 1389 ntTSL 3 BASIC23.15■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 AUNIP-203ENST00000538789 1392 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 TTYH1-203ENST00000376531 1763 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 LGALS9B-201ENST00000324290 1243 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
COL6A1P12109 AC245052.3-201ENST00000450182 901 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.3 ms