Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 AC105036.2-201ENST00000569468 176 ntBASIC18.87■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 AC007216.1-201ENST00000570197 601 ntTSL 4 BASIC18.87■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC18.87■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 AC018730.2-201ENST00000598623 443 ntTSL 5 BASIC18.87■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 SLCO3A1-202ENST00000424469 2705 ntTSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 TMEM121B-201ENST00000331437 4954 ntAPPRIS P3 BASIC18.86■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 SNX3-201ENST00000230085 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 FHL3-201ENST00000373016 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 LINC00682-201ENST00000498940 1625 ntTSL 3 BASIC18.86■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 ZNF467-201ENST00000302017 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 TM4SF5-201ENST00000270560 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 AL512625.2-201ENST00000417533 625 ntBASIC18.86■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 SNHG6-203ENST00000520944 638 ntTSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 NCAPD3-204ENST00000526422 1060 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 RAP1B-220ENST00000539091 977 ntTSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 Z92544.1-201ENST00000567091 730 ntTSL 3 BASIC18.86■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 AL162412.1-201ENST00000567129 965 ntBASIC18.86■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 PTGIR-205ENST00000597185 775 ntTSL 3 BASIC18.86■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 AC066615.1-201ENST00000640911 628 ntBASIC18.86■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 ASCL2-201ENST00000331289 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 TYMP-202ENST00000395678 1614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 RPS6KL1-216ENST00000557413 2425 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 ZNF282-204ENST00000610704 3722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 AC068338.2-201ENST00000563278 1430 ntBASIC18.85■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 CLK3-202ENST00000395066 2621 ntTSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 MGST3-205ENST00000367889 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 C4orf48-201ENST00000409248 433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 ATPIF1-203ENST00000468425 539 ntTSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 AC105001.1-201ENST00000506149 821 ntTSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 CIRBP-211ENST00000586773 942 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 AC069236.1-201ENST00000604339 616 ntBASIC18.85■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 MYO19-221ENST00000620640 1186 ntTSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 TRIM3-202ENST00000359518 3042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 LPAR1-201ENST00000358883 2687 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 CYP2A7-201ENST00000291764 2128 ntTSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 ORAI1-202ENST00000617316 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 FAM66C-208ENST00000541558 2087 ntTSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 SPR-201ENST00000234454 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 SOX18-201ENST00000340356 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 DYRK3-202ENST00000367108 2218 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 KLHDC9-201ENST00000368011 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 LINC02199-202ENST00000510067 1008 ntTSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 FAM47E-204ENST00000510328 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 FAM66A-201ENST00000525829 921 ntTSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 KLF13-207ENST00000560473 489 ntTSL 3 BASIC18.84■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 MIR4758-201ENST00000577688 71 ntBASIC18.84■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 AC243732.1-201ENST00000612648 864 ntBASIC18.84■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 APOC3-205ENST00000630701 541 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 COCH-201ENST00000216361 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 GRTP1-203ENST00000375431 1384 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 DHRS2-202ENST00000344777 1678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.83■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 H2AFX-202ENST00000530167 1614 ntAPPRIS P1 BASIC18.83■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 HAUS4-205ENST00000541587 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.61
HOXD4P09016 C19orf35-201ENST00000342063 2574 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.83■□□□□ 0.6
HOXD4P09016 ZNF644-203ENST00000361321 1253 ntTSL 2 BASIC18.83■□□□□ 0.6
HOXD4P09016 MAD2L2-204ENST00000376667 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.83■□□□□ 0.6
HOXD4P09016 DHRS4-202ENST00000397074 785 ntTSL 5 BASIC18.83■□□□□ 0.6
HOXD4P09016 PAXIP1-202ENST00000404141 3827 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.83■□□□□ 0.6
HOXD4P09016 CT47A12-201ENST00000419982 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
HOXD4P09016 ZNF148-203ENST00000468369 1025 ntTSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
HOXD4P09016 WWTR1-AS1-203ENST00000495094 975 ntTSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
HOXD4P09016 AL138781.1-201ENST00000566567 1274 ntBASIC18.83■□□□□ 0.6
HOXD4P09016 SLC35A3-218ENST00000639994 1114 ntTSL 5 BASIC18.83■□□□□ 0.6
HOXD4P09016 CLN3-240ENST00000631023 1586 ntTSL 5 BASIC18.83■□□□□ 0.6
HOXD4P09016 C7orf26-201ENST00000344417 2182 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.83■□□□□ 0.6
HOXD4P09016 CDK13-207ENST00000613626 3099 ntTSL 5 BASIC18.83■□□□□ 0.6
HOXD4P09016 PHF7-201ENST00000327906 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
HOXD4P09016 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.83■□□□□ 0.6
HOXD4P09016 ADARB1-205ENST00000437626 5032 ntTSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
HOXD4P09016 KCTD13-207ENST00000568000 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
HOXD4P09016 PGF-201ENST00000238607 1693 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.82■□□□□ 0.6
HOXD4P09016 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
HOXD4P09016 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC18.82■□□□□ 0.6
HOXD4P09016 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
HOXD4P09016 OIP5-AS1-202ENST00000501665 1384 ntTSL 2 BASIC18.82■□□□□ 0.6
HOXD4P09016 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.82■□□□□ 0.6
HOXD4P09016 IQCJ-SCHIP1-204ENST00000485419 2445 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.82■□□□□ 0.6
HOXD4P09016 MIF4GD-202ENST00000325102 1306 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.82■□□□□ 0.6
HOXD4P09016 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.82■□□□□ 0.6
HOXD4P09016 AC069152.1-201ENST00000438030 544 ntBASIC18.82■□□□□ 0.6
HOXD4P09016 RPL29-204ENST00000479017 670 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.82■□□□□ 0.6
HOXD4P09016 DHRS4-207ENST00000559632 1003 ntTSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
HOXD4P09016 MAGIX-202ENST00000595224 1238 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.82■□□□□ 0.6
HOXD4P09016 SAMD10-201ENST00000369886 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
HOXD4P09016 AR-209ENST00000613054 3532 ntTSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.9 ms