Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 UNKL-205ENST00000397464 2180 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
LIMCH1Q9UPQ0 SH3GL1-206ENST00000598564 2194 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
LIMCH1Q9UPQ0 WDSUB1-202ENST00000359774 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
LIMCH1Q9UPQ0 PPCS-203ENST00000372561 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
LIMCH1Q9UPQ0 NOS3-204ENST00000467517 2377 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
LIMCH1Q9UPQ0 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
LIMCH1Q9UPQ0 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
LIMCH1Q9UPQ0 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
LIMCH1Q9UPQ0 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
LIMCH1Q9UPQ0 TPRG1LP1-201ENST00000598702 760 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
LIMCH1Q9UPQ0 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
LIMCH1Q9UPQ0 AL354811.1-201ENST00000610286 706 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
LIMCH1Q9UPQ0 NTN4-207ENST00000553059 1818 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
LIMCH1Q9UPQ0 GLIPR2-203ENST00000396613 1917 ntTSL 4 BASIC24.63■■□□□ 1.53
LIMCH1Q9UPQ0 BCAT2-207ENST00000597011 1579 ntTSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
LIMCH1Q9UPQ0 CCNE1-201ENST00000262643 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
LIMCH1Q9UPQ0 NF2-201ENST00000334961 2020 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
LIMCH1Q9UPQ0 DTX3-201ENST00000337737 2029 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
LIMCH1Q9UPQ0 FBLN5-202ENST00000342058 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
LIMCH1Q9UPQ0 LINC00969-219ENST00000453324 1439 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
LIMCH1Q9UPQ0 ZGPAT-206ENST00000448100 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
LIMCH1Q9UPQ0 KCNS3-201ENST00000304101 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
LIMCH1Q9UPQ0 MFF-207ENST00000409565 1548 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
LIMCH1Q9UPQ0 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
LIMCH1Q9UPQ0 FAM72B-202ENST00000369390 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
LIMCH1Q9UPQ0 SPPL2B-212ENST00000618220 2459 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
LIMCH1Q9UPQ0 DUSP28-201ENST00000343217 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
LIMCH1Q9UPQ0 MAG-201ENST00000361922 2426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
LIMCH1Q9UPQ0 RXFP3-201ENST00000330120 1852 ntAPPRIS P1 BASIC24.62■■□□□ 1.53
LIMCH1Q9UPQ0 LYN-202ENST00000519728 2297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
LIMCH1Q9UPQ0 SLC25A24-204ENST00000569674 2357 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
LIMCH1Q9UPQ0 COL13A1-202ENST00000357811 2991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
LIMCH1Q9UPQ0 LAYN-202ENST00000375615 1836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
LIMCH1Q9UPQ0 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
LIMCH1Q9UPQ0 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
LIMCH1Q9UPQ0 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
LIMCH1Q9UPQ0 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
LIMCH1Q9UPQ0 SLC35E4-202ENST00000406566 2081 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
LIMCH1Q9UPQ0 RLBP1-201ENST00000268125 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
LIMCH1Q9UPQ0 AP004608.1-201ENST00000531319 1402 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
LIMCH1Q9UPQ0 TEAD2-210ENST00000601519 2167 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
LIMCH1Q9UPQ0 LTC4S-202ENST00000401985 486 ntTSL 3 BASIC24.6■■□□□ 1.53
LIMCH1Q9UPQ0 CHTF8-210ENST00000523421 766 ntTSL 3 BASIC24.6■■□□□ 1.53
LIMCH1Q9UPQ0 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
LIMCH1Q9UPQ0 CPT2-209ENST00000636935 803 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
LIMCH1Q9UPQ0 KLF14-201ENST00000583337 2827 ntAPPRIS P1 BASIC24.6■■□□□ 1.53
LIMCH1Q9UPQ0 EPO-201ENST00000252723 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
LIMCH1Q9UPQ0 GATA6-AS1-202ENST00000583490 1788 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
LIMCH1Q9UPQ0 RNH1-222ENST00000533410 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
LIMCH1Q9UPQ0 UCK2-201ENST00000367879 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
LIMCH1Q9UPQ0 EGFL7-201ENST00000308874 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
LIMCH1Q9UPQ0 NT5C3AP1-201ENST00000394500 1012 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
LIMCH1Q9UPQ0 AL355877.1-204ENST00000451482 1078 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
LIMCH1Q9UPQ0 GLI4-210ENST00000523522 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
LIMCH1Q9UPQ0 AC005775.1-201ENST00000592413 850 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
LIMCH1Q9UPQ0 SMURF1-201ENST00000361125 5737 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
LIMCH1Q9UPQ0 ANKLE1-204ENST00000594072 2294 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
LIMCH1Q9UPQ0 RNF32-207ENST00000405335 1938 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
LIMCH1Q9UPQ0 CNTNAP3B-212ENST00000617422 2170 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
LIMCH1Q9UPQ0 PTOV1-212ENST00000599732 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
LIMCH1Q9UPQ0 HMOX1-201ENST00000216117 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
LIMCH1Q9UPQ0 ESRRA-202ENST00000405666 2283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
LIMCH1Q9UPQ0 KCNQ5-205ENST00000370398 6345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
LIMCH1Q9UPQ0 NAA10-208ENST00000464845 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
LIMCH1Q9UPQ0 SLC25A22-216ENST00000531214 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
LIMCH1Q9UPQ0 HSF4-215ENST00000521374 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
LIMCH1Q9UPQ0 PRKCQ-AS1-204ENST00000455810 920 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
LIMCH1Q9UPQ0 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
LIMCH1Q9UPQ0 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
LIMCH1Q9UPQ0 DNAAF3-202ENST00000455045 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
LIMCH1Q9UPQ0 SMIM3-201ENST00000526627 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
LIMCH1Q9UPQ0 CHRNB2-205ENST00000637900 2390 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 ILKAP-211ENST00000612675 1335 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 CD7-207ENST00000584284 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 TDRP-202ENST00000427263 2465 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 SNUPN-205ENST00000564644 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 RBM34-201ENST00000408888 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 AC090360.1-201ENST00000569722 2218 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 MYO1C-203ENST00000438665 4898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC24.57■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 AC092675.2-201ENST00000413274 541 ntTSL 4 BASIC24.57■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 MRM1-203ENST00000612760 1284 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 AC061975.6-201ENST00000579045 1553 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 UBR2-203ENST00000372903 2423 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 IL17RC-205ENST00000413608 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 KRT3-201ENST00000417996 2319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 FADS6-203ENST00000612771 2154 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 JDP2-201ENST00000267569 1700 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 AC138649.1-201ENST00000619611 1449 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 PRKCQ-AS1-202ENST00000445427 1133 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 FP565260.3-201ENST00000612610 1162 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 RGMA-210ENST00000557301 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 FAM102B-201ENST00000370035 5600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 NEK3-208ENST00000618534 2414 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 NAA20-203ENST00000398602 1604 ntTSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.7 ms