Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
NUP88Q99567 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
NUP88Q99567 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
NUP88Q99567 POFUT1-201ENST00000375730 1507 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
NUP88Q99567 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
NUP88Q99567 TM4SF5-201ENST00000270560 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
NUP88Q99567 TP53I11-215ENST00000531928 1078 ntTSL 3 BASIC24.46■■□□□ 1.51
NUP88Q99567 CABLES1-201ENST00000256925 5002 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
NUP88Q99567 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
NUP88Q99567 IRX4-207ENST00000613726 2403 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
NUP88Q99567 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
NUP88Q99567 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
NUP88Q99567 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
NUP88Q99567 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
NUP88Q99567 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
NUP88Q99567 CASP16P-201ENST00000428155 1433 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
NUP88Q99567 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
NUP88Q99567 GRTP1-203ENST00000375431 1384 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 CCSAP-201ENST00000284617 5121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 MT3-201ENST00000200691 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 AC105001.1-201ENST00000506149 821 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 TRIM35-203ENST00000521253 1215 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 PHB2-213ENST00000546111 858 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 PTGER2-202ENST00000557436 643 ntTSL 3 BASIC24.45■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 ULK4P1-204ENST00000565949 721 ntTSL 4 BASIC24.45■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 MARS-234ENST00000630571 216 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 MARS-235ENST00000630803 183 ntTSL 3 BASIC24.45■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 PXYLP1-203ENST00000502783 2066 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 AC132008.2-203ENST00000418868 1552 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 CDCA4-202ENST00000392590 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 MOGS-202ENST00000409065 2668 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 MREG-201ENST00000263268 1314 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 TADA2B-204ENST00000512388 1343 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 C4orf48-201ENST00000409248 433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 AL691442.1-201ENST00000505139 1042 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 DHRS4L2-204ENST00000537912 918 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 GPX1-204ENST00000620890 897 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 DMPK-220ENST00000618091 2503 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC24.44■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 SLC35D3-201ENST00000331858 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 BICDL2-201ENST00000389347 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 TMEM218-201ENST00000279968 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 UBE2C-203ENST00000352551 665 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 FAM47E-204ENST00000510328 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 DHPS-223ENST00000614126 1124 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 GMDS-202ENST00000380815 1752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 AKT2-206ENST00000392038 5300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 SMPD2-201ENST00000258052 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 ME2-206ENST00000638410 2289 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 ME2-210ENST00000639255 2262 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 TMEM176B-203ENST00000434545 1303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 ABHD17AP1-201ENST00000358206 933 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 COA6-202ENST00000366613 641 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 BET1L-204ENST00000410108 637 ntTSL 3 BASIC24.42■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 IDH1-AS1-202ENST00000448588 489 ntTSL 3 BASIC24.42■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 AC106738.2-202ENST00000558156 533 ntTSL 4 BASIC24.42■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 Z92544.1-201ENST00000567091 730 ntTSL 3 BASIC24.42■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 DCTPP1-205ENST00000568973 878 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 NARF-202ENST00000345415 1487 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 CENPS-CORT-201ENST00000400900 1469 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 LRRC3B-201ENST00000396641 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 HSF2BP-201ENST00000291560 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 PRR20B-201ENST00000377930 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 PRR20A-201ENST00000377931 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 PRR20E-201ENST00000434815 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 PRR20D-201ENST00000452123 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 PRR20C-201ENST00000544357 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 PRR20C-202ENST00000614894 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 EPHX3-202ENST00000435261 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 SCARB1-211ENST00000546215 1597 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 MKRN4P-201ENST00000444706 1521 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 UBE2E3-201ENST00000392415 1347 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 YWHAZ-205ENST00000395956 2974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 MFSD14C-208ENST00000637864 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 RNPS1-201ENST00000301730 1276 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 AC069152.1-201ENST00000438030 544 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 AC099522.1-201ENST00000505955 881 ntTSL 3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 SNHG6-203ENST00000520944 638 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 CD99P1-205ENST00000527459 561 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 PAQR4-205ENST00000576565 842 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 SLC35A3-218ENST00000639994 1114 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.2 ms