Protein–RNA interactions for Protein: Q8N3C7

CLIP4, CAP-Gly domain-containing linker protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 705 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLIP4Q8N3C7 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
CLIP4Q8N3C7 SPATA5L1-201ENST00000305560 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
CLIP4Q8N3C7 YBX3-202ENST00000279550 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
CLIP4Q8N3C7 FAHD1-202ENST00000382668 1845 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
CLIP4Q8N3C7 TXNRD2-203ENST00000400519 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
CLIP4Q8N3C7 KCNMA1-293ENST00000640969 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
CLIP4Q8N3C7 SOX3-201ENST00000370536 2132 ntAPPRIS P1 BASIC19.51■□□□□ 0.71
CLIP4Q8N3C7 DOCK9-206ENST00000427887 4176 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
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CLIP4Q8N3C7 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC19.51■□□□□ 0.71
CLIP4Q8N3C7 ITGA9-AS1-210ENST00000457661 738 ntTSL 4 BASIC19.51■□□□□ 0.71
CLIP4Q8N3C7 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC19.51■□□□□ 0.71
CLIP4Q8N3C7 AC105233.4-201ENST00000642045 216 ntBASIC19.51■□□□□ 0.71
CLIP4Q8N3C7 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
CLIP4Q8N3C7 COMMD5-207ENST00000543949 1571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.51■□□□□ 0.71
CLIP4Q8N3C7 TCP11-202ENST00000311875 2166 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
CLIP4Q8N3C7 COLEC12-201ENST00000400256 5742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
CLIP4Q8N3C7 ARMC9-201ENST00000349938 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
CLIP4Q8N3C7 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
CLIP4Q8N3C7 TMEM129-206ENST00000536901 2172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.5■□□□□ 0.71
CLIP4Q8N3C7 DMRT2-203ENST00000358146 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
CLIP4Q8N3C7 ALX3-201ENST00000369792 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
CLIP4Q8N3C7 ERLEC1-203ENST00000405123 1756 ntTSL 5 BASIC19.5■□□□□ 0.71
CLIP4Q8N3C7 AC133555.3-201ENST00000549950 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC19.5■□□□□ 0.71
CLIP4Q8N3C7 AC106782.1-201ENST00000550538 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC19.5■□□□□ 0.71
CLIP4Q8N3C7 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.5■□□□□ 0.71
CLIP4Q8N3C7 MATR3-206ENST00000503811 2518 ntTSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
CLIP4Q8N3C7 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC19.5■□□□□ 0.71
CLIP4Q8N3C7 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC19.5■□□□□ 0.71
CLIP4Q8N3C7 BCKDK-201ENST00000219794 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
CLIP4Q8N3C7 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
CLIP4Q8N3C7 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
CLIP4Q8N3C7 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
CLIP4Q8N3C7 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC19.5■□□□□ 0.71
CLIP4Q8N3C7 BAZ1B-202ENST00000404251 5428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
CLIP4Q8N3C7 KCNH2-201ENST00000262186 4286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
CLIP4Q8N3C7 PRR20B-201ENST00000377930 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
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CLIP4Q8N3C7 PRR20E-201ENST00000434815 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
CLIP4Q8N3C7 PRR20D-201ENST00000452123 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
CLIP4Q8N3C7 PRR20C-201ENST00000544357 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
CLIP4Q8N3C7 PRR20C-202ENST00000614894 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
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CLIP4Q8N3C7 RBKS-201ENST00000302188 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
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CLIP4Q8N3C7 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC19.5■□□□□ 0.71
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CLIP4Q8N3C7 OLIG3-201ENST00000367734 2049 ntAPPRIS P1 BASIC19.49■□□□□ 0.71
CLIP4Q8N3C7 GABRA2-214ENST00000515082 2366 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
CLIP4Q8N3C7 C10orf91-202ENST00000392630 1846 ntTSL 2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
CLIP4Q8N3C7 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
CLIP4Q8N3C7 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
CLIP4Q8N3C7 ANKRD63-201ENST00000434396 1143 ntAPPRIS P1 BASIC19.49■□□□□ 0.71
CLIP4Q8N3C7 CALM1-202ENST00000447653 1104 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
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CLIP4Q8N3C7 Z97653.1-201ENST00000567096 446 ntTSL 3 BASIC19.49■□□□□ 0.71
CLIP4Q8N3C7 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
CLIP4Q8N3C7 SCYL2-201ENST00000360820 5779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
CLIP4Q8N3C7 NES-201ENST00000368223 5558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
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CLIP4Q8N3C7 PRMT5-204ENST00000397441 2418 ntTSL 2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
CLIP4Q8N3C7 GRINA-202ENST00000395068 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
CLIP4Q8N3C7 SPNS2-201ENST00000329078 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
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CLIP4Q8N3C7 SIX5-201ENST00000317578 3318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
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CLIP4Q8N3C7 PITPNB-205ENST00000455418 2963 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.48■□□□□ 0.71
CLIP4Q8N3C7 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
CLIP4Q8N3C7 CDK18-203ENST00000429964 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
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CLIP4Q8N3C7 POFUT1-201ENST00000375730 1507 ntTSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
CLIP4Q8N3C7 CD55-205ENST00000367067 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.47■□□□□ 0.71
CLIP4Q8N3C7 GPC1-202ENST00000420138 1835 ntTSL 5 BASIC19.47■□□□□ 0.71
CLIP4Q8N3C7 MARCH9-201ENST00000266643 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
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CLIP4Q8N3C7 PRMT8-202ENST00000382622 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
CLIP4Q8N3C7 TSPAN17-202ENST00000310032 2550 ntTSL 5 BASIC19.46■□□□□ 0.71
CLIP4Q8N3C7 LYSMD4-210ENST00000545021 2431 ntTSL 4 BASIC19.46■□□□□ 0.71
CLIP4Q8N3C7 GNB1L-202ENST00000403325 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
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