Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 DISC1-205ENST00000366636 2224 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC31.74■■■□□ 2.67
TCOF1Q13428 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC31.74■■■□□ 2.67
TCOF1Q13428 GOLGA2P6-201ENST00000340929 2049 ntBASIC31.74■■■□□ 2.67
TCOF1Q13428 EPHX3-202ENST00000435261 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.73■■■□□ 2.67
TCOF1Q13428 PSMD7-201ENST00000219313 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.73■■■□□ 2.67
TCOF1Q13428 PLSCR3-201ENST00000324822 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.73■■■□□ 2.67
TCOF1Q13428 SAPCD2P1-201ENST00000395413 1184 ntBASIC31.73■■■□□ 2.67
TCOF1Q13428 OGFR-204ENST00000621591 1194 ntTSL 5 BASIC31.73■■■□□ 2.67
TCOF1Q13428 FAH-202ENST00000407106 2152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.73■■■□□ 2.67
TCOF1Q13428 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.73■■■□□ 2.67
TCOF1Q13428 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC31.73■■■□□ 2.67
TCOF1Q13428 NUF2-208ENST00000524800 1845 ntTSL 5 BASIC31.73■■■□□ 2.67
TCOF1Q13428 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.73■■■□□ 2.67
TCOF1Q13428 DUSP5P2-201ENST00000426873 1033 ntBASIC31.72■■■□□ 2.67
TCOF1Q13428 RHEB-204ENST00000472642 900 ntTSL 3 BASIC31.72■■■□□ 2.67
TCOF1Q13428 RAB28-201ENST00000288723 1810 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.72■■■□□ 2.67
TCOF1Q13428 ACAT1-201ENST00000265838 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.72■■■□□ 2.67
TCOF1Q13428 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.72■■■□□ 2.67
TCOF1Q13428 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.72■■■□□ 2.67
TCOF1Q13428 NAPSA-201ENST00000253719 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.72■■■□□ 2.67
TCOF1Q13428 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.72■■■□□ 2.67
TCOF1Q13428 MAGIX-207ENST00000615915 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.72■■■□□ 2.67
TCOF1Q13428 RBP4-201ENST00000371464 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.72■■■□□ 2.67
TCOF1Q13428 CBY3-201ENST00000376974 785 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.72■■■□□ 2.67
TCOF1Q13428 TMEM9-209ENST00000485839 938 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC31.72■■■□□ 2.67
TCOF1Q13428 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC31.71■■■□□ 2.67
TCOF1Q13428 FUZ-212ENST00000528094 1479 ntTSL 2 BASIC31.71■■■□□ 2.67
TCOF1Q13428 GRINA-202ENST00000395068 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.71■■■□□ 2.67
TCOF1Q13428 GNB4-204ENST00000468623 1360 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.71■■■□□ 2.67
TCOF1Q13428 HSD11B1L-218ENST00000581773 1687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.71■■■□□ 2.67
TCOF1Q13428 HOXD12-201ENST00000404162 841 ntTSL 1 (best) BASIC31.71■■■□□ 2.67
TCOF1Q13428 AC007040.1-201ENST00000416229 477 ntTSL 3 BASIC31.71■■■□□ 2.67
TCOF1Q13428 AKAIN1-201ENST00000434239 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.71■■■□□ 2.67
TCOF1Q13428 DNAJA4-210ENST00000489435 947 ntTSL 3 BASIC31.71■■■□□ 2.67
TCOF1Q13428 ZNF346-203ENST00000503425 1191 ntTSL 2 BASIC31.71■■■□□ 2.67
TCOF1Q13428 UNC93B6-201ENST00000525262 1143 ntTSL 5 BASIC31.71■■■□□ 2.67
TCOF1Q13428 YIF1B-213ENST00000591755 1077 ntTSL 2 BASIC31.71■■■□□ 2.67
TCOF1Q13428 AC100791.3-201ENST00000617619 330 ntBASIC31.71■■■□□ 2.67
TCOF1Q13428 AL772284.2-201ENST00000620151 1147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.71■■■□□ 2.67
TCOF1Q13428 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.71■■■□□ 2.67
TCOF1Q13428 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.7■■■□□ 2.67
TCOF1Q13428 POTEC-204ENST00000620346 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.7■■■□□ 2.67
TCOF1Q13428 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.7■■■□□ 2.67
TCOF1Q13428 CTDSP2-204ENST00000548823 1368 ntTSL 1 (best) BASIC31.7■■■□□ 2.67
TCOF1Q13428 TRPT1-201ENST00000317459 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.7■■■□□ 2.66
TCOF1Q13428 MRPL12-201ENST00000333676 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.7■■■□□ 2.66
TCOF1Q13428 PLPP7-201ENST00000372261 972 ntTSL 2 BASIC31.7■■■□□ 2.66
TCOF1Q13428 KRT17P1-201ENST00000399211 1546 ntBASIC31.7■■■□□ 2.66
TCOF1Q13428 EIPR1-206ENST00000443925 1771 ntTSL 3 BASIC31.7■■■□□ 2.66
TCOF1Q13428 DCTD-202ENST00000438320 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.7■■■□□ 2.66
TCOF1Q13428 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.7■■■□□ 2.66
TCOF1Q13428 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.69■■■□□ 2.66
TCOF1Q13428 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.69■■■□□ 2.66
TCOF1Q13428 GFRA3-201ENST00000274721 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.69■■■□□ 2.66
TCOF1Q13428 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC31.69■■■□□ 2.66
TCOF1Q13428 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.69■■■□□ 2.66
TCOF1Q13428 GGTLC1-201ENST00000278765 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.69■■■□□ 2.66
TCOF1Q13428 GAL3ST3-201ENST00000312006 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.69■■■□□ 2.66
TCOF1Q13428 AL391244.2-201ENST00000428932 543 ntTSL 2 BASIC31.69■■■□□ 2.66
TCOF1Q13428 AC009014.1-201ENST00000607574 1667 ntAPPRIS P1 BASIC31.69■■■□□ 2.66
TCOF1Q13428 ADCK2-203ENST00000476491 2092 ntTSL 1 (best) BASIC31.69■■■□□ 2.66
TCOF1Q13428 AUH-202ENST00000375731 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.69■■■□□ 2.66
TCOF1Q13428 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.68■■■□□ 2.66
TCOF1Q13428 MOK-226ENST00000522874 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.68■■■□□ 2.66
TCOF1Q13428 ACBD4-202ENST00000376955 1453 ntTSL 2 BASIC31.68■■■□□ 2.66
TCOF1Q13428 NUDT22-201ENST00000279206 1094 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.68■■■□□ 2.66
TCOF1Q13428 LINC00471-201ENST00000313064 1282 ntTSL 1 (best) BASIC31.68■■■□□ 2.66
TCOF1Q13428 SERF1A-201ENST00000317633 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.68■■■□□ 2.66
TCOF1Q13428 GNAS-AS1-201ENST00000424094 1156 ntTSL 1 (best) BASIC31.68■■■□□ 2.66
TCOF1Q13428 NUDT22-204ENST00000441250 986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.68■■■□□ 2.66
TCOF1Q13428 ANKRD65-202ENST00000442470 876 ntTSL 2 BASIC31.68■■■□□ 2.66
TCOF1Q13428 AC011611.3-201ENST00000552367 569 ntTSL 4 BASIC31.68■■■□□ 2.66
TCOF1Q13428 TANGO2-212ENST00000434570 2180 ntTSL 2 BASIC31.68■■■□□ 2.66
TCOF1Q13428 PPCS-203ENST00000372561 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.68■■■□□ 2.66
TCOF1Q13428 MFF-203ENST00000349901 1716 ntTSL 2 BASIC31.68■■■□□ 2.66
TCOF1Q13428 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.68■■■□□ 2.66
TCOF1Q13428 PSPN-201ENST00000245810 471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.67■■■□□ 2.66
TCOF1Q13428 ART5-202ENST00000397067 1154 ntTSL 1 (best) BASIC31.67■■■□□ 2.66
TCOF1Q13428 AP006294.2-201ENST00000641667 209 ntBASIC31.67■■■□□ 2.66
TCOF1Q13428 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC31.67■■■□□ 2.66
TCOF1Q13428 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC31.67■■■□□ 2.66
TCOF1Q13428 RNASET2-203ENST00000366855 1417 ntTSL 5 BASIC31.67■■■□□ 2.66
TCOF1Q13428 DUSP2-201ENST00000288943 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.67■■■□□ 2.66
TCOF1Q13428 SPOP-206ENST00000504102 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.66■■■□□ 2.66
TCOF1Q13428 FTCDNL1-202ENST00000420128 1021 ntTSL 5 BASIC31.66■■■□□ 2.66
TCOF1Q13428 JOSD2-205ENST00000601423 802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.66■■■□□ 2.66
TCOF1Q13428 CYP2T3P-201ENST00000601990 817 ntBASIC31.66■■■□□ 2.66
TCOF1Q13428 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC31.66■■■□□ 2.66
TCOF1Q13428 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC31.66■■■□□ 2.66
TCOF1Q13428 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC31.66■■■□□ 2.66
TCOF1Q13428 ZIM2-201ENST00000593711 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.66■■■□□ 2.66
TCOF1Q13428 RPL29-209ENST00000495383 713 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.65■■■□□ 2.66
TCOF1Q13428 ADM-205ENST00000528544 586 ntTSL 2 BASIC31.65■■■□□ 2.66
TCOF1Q13428 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC31.65■■■□□ 2.66
TCOF1Q13428 LINC00605-201ENST00000514902 1558 ntTSL 1 (best) BASIC31.65■■■□□ 2.66
TCOF1Q13428 TMPRSS5-208ENST00000544476 1320 ntTSL 2 BASIC31.65■■■□□ 2.66
TCOF1Q13428 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.65■■■□□ 2.66
TCOF1Q13428 NOXO1-202ENST00000356120 1539 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.65■■■□□ 2.66
TCOF1Q13428 PTX4-203ENST00000447419 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.65■■■□□ 2.66
TCOF1Q13428 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.65■■■□□ 2.66
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