Protein–RNA interactions for Protein: Q13077

TRAF1, TNF receptor-associated factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 416 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRAF1Q13077 SLC29A4P1-201ENST00000398760 971 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
TRAF1Q13077 ZNF148-203ENST00000468369 1025 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
TRAF1Q13077 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
TRAF1Q13077 DUSP18-205ENST00000404885 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
TRAF1Q13077 IGFBP1-203ENST00000468955 1369 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
TRAF1Q13077 AC244015.2-201ENST00000616358 1861 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
TRAF1Q13077 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
TRAF1Q13077 MPST-202ENST00000397225 2116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
TRAF1Q13077 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
TRAF1Q13077 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
TRAF1Q13077 DNAJC25-201ENST00000313525 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
TRAF1Q13077 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
TRAF1Q13077 MREG-201ENST00000263268 1314 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
TRAF1Q13077 ATG4D-201ENST00000309469 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
TRAF1Q13077 RFLNA-201ENST00000324038 2148 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
TRAF1Q13077 UNC119-202ENST00000335765 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
TRAF1Q13077 HSD17B10-202ENST00000375298 823 ntTSL 3 BASIC23.97■■□□□ 1.43
TRAF1Q13077 METTL15-202ENST00000403099 795 ntTSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
TRAF1Q13077 TRNT1-207ENST00000420393 854 ntTSL 3 BASIC23.97■■□□□ 1.43
TRAF1Q13077 SNAP23-210ENST00000564153 775 ntTSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
TRAF1Q13077 PLLP-204ENST00000569059 665 ntTSL 3 BASIC23.97■■□□□ 1.43
TRAF1Q13077 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
TRAF1Q13077 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
TRAF1Q13077 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
TRAF1Q13077 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
TRAF1Q13077 PAQR6-205ENST00000368270 1765 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
TRAF1Q13077 EIPR1-206ENST00000443925 1771 ntTSL 3 BASIC23.96■■□□□ 1.43
TRAF1Q13077 UNC119-201ENST00000301032 1653 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
TRAF1Q13077 MAP1LC3A-201ENST00000360668 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
TRAF1Q13077 VIL1-204ENST00000440053 1454 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
TRAF1Q13077 FNDC11-201ENST00000370097 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
TRAF1Q13077 AC091799.1-201ENST00000422823 811 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
TRAF1Q13077 TSPY6P-201ENST00000448518 926 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
TRAF1Q13077 AC106738.2-202ENST00000558156 533 ntTSL 4 BASIC23.96■■□□□ 1.43
TRAF1Q13077 AC105036.2-201ENST00000569468 176 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
TRAF1Q13077 AC027307.1-201ENST00000590252 457 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
TRAF1Q13077 TMEM191B-201ENST00000612978 1220 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
TRAF1Q13077 WT1-AS_3.1-201ENST00000613262 234 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
TRAF1Q13077 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
TRAF1Q13077 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
TRAF1Q13077 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
TRAF1Q13077 PARD3-207ENST00000374788 5996 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
TRAF1Q13077 ZNF622-201ENST00000308683 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.43
TRAF1Q13077 CERS4-209ENST00000559450 1637 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.43
TRAF1Q13077 ME2-206ENST00000638410 2289 ntTSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.43
TRAF1Q13077 ME2-210ENST00000639255 2262 ntTSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.43
TRAF1Q13077 CENPB-201ENST00000379751 2840 ntAPPRIS P1 BASIC23.95■■□□□ 1.42
TRAF1Q13077 PTGER3-204ENST00000356595 1943 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
TRAF1Q13077 PTGER3-207ENST00000370931 1914 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
TRAF1Q13077 AC025754.1-201ENST00000507566 407 ntTSL 3 BASIC23.95■■□□□ 1.42
TRAF1Q13077 ULK4P1-204ENST00000565949 721 ntTSL 4 BASIC23.95■■□□□ 1.42
TRAF1Q13077 FAM21FP-204ENST00000608637 956 ntBASIC23.95■■□□□ 1.42
TRAF1Q13077 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
TRAF1Q13077 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
TRAF1Q13077 ASRGL1-201ENST00000301776 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
TRAF1Q13077 P2RY2-203ENST00000393597 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
TRAF1Q13077 SEPT1-201ENST00000321367 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
TRAF1Q13077 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
TRAF1Q13077 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
TRAF1Q13077 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
TRAF1Q13077 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
TRAF1Q13077 GNB2-206ENST00000424361 1478 ntTSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
TRAF1Q13077 SH3RF3-201ENST00000309415 5803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
TRAF1Q13077 CASP16P-201ENST00000428155 1433 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
TRAF1Q13077 PPP1R3F-203ENST00000466508 1885 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
TRAF1Q13077 SPOP-206ENST00000504102 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
TRAF1Q13077 KLHDC9-201ENST00000368011 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
TRAF1Q13077 RNPS1-201ENST00000301730 1276 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
TRAF1Q13077 C2orf50-202ENST00000405022 980 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
TRAF1Q13077 CASP6-205ENST00000505486 538 ntTSL 4 BASIC23.94■■□□□ 1.42
TRAF1Q13077 RARRES2P4-201ENST00000514074 484 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
TRAF1Q13077 SCO2-203ENST00000535425 1002 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
TRAF1Q13077 CAMTA1-216ENST00000557126 486 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
TRAF1Q13077 LITAF-205ENST00000570904 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
TRAF1Q13077 LIMD2-202ENST00000578061 756 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
TRAF1Q13077 TMEM204-201ENST00000253934 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
TRAF1Q13077 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
TRAF1Q13077 DGKQ-201ENST00000273814 4636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
TRAF1Q13077 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
TRAF1Q13077 PPP1R13B-201ENST00000202556 4958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
TRAF1Q13077 HOXC9-203ENST00000508190 1505 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.94■■□□□ 1.42
TRAF1Q13077 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
TRAF1Q13077 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
TRAF1Q13077 SMURF1-201ENST00000361125 5737 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
TRAF1Q13077 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
TRAF1Q13077 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
TRAF1Q13077 MAN2C1-244ENST00000618257 1346 ntTSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
TRAF1Q13077 OTUB1-211ENST00000543004 1647 ntTSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
TRAF1Q13077 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
TRAF1Q13077 SAPCD2P1-201ENST00000395413 1184 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
TRAF1Q13077 NAT16-202ENST00000443096 1286 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
TRAF1Q13077 TRIM35-203ENST00000521253 1215 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
TRAF1Q13077 GDF6-203ENST00000621429 1179 ntTSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
TRAF1Q13077 CIRBP-246ENST00000628979 1043 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
TRAF1Q13077 IRX4-207ENST00000613726 2403 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
TRAF1Q13077 OLIG3-201ENST00000367734 2049 ntAPPRIS P1 BASIC23.93■■□□□ 1.42
TRAF1Q13077 PARD3-214ENST00000545693 5962 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
TRAF1Q13077 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
TRAF1Q13077 MEF2A-207ENST00000558812 2186 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
TRAF1Q13077 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.1 ms