Protein–RNA interactions for Protein: P34223

SHP1, UBX domain-containing protein 1, yeast

Predictions only

Length 423 aa.

Protein		RNA				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	UniProt Accession	Gene	Ensembl Transcript ID	Length	Transcript Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
SHP1	P34223	PEX6	YNL329C	3093 nt		3.16	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	MSB2	YGR014W	3921 nt		3.15	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	CCM1	YGR150C	2595 nt		3.15	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	RAX2	YLR084C	3663 nt		3.15	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	TMA108	YIL137C	2841 nt		3.15	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	RSM28	YDR494W	1086 nt		3.15	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	MND1	YGL183C	660 nt		3.15	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	YGR073C	YGR073C	372 nt		3.15	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	YIL054W	YIL054W	318 nt		3.15	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	YIL175W	YIL175W	318 nt		3.15	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	YJL222W-B	YJL222W-B	138 nt		3.15	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	YKL156C-A	YKL156C-A	117 nt		3.15	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	ATG38	YLR211C	681 nt		3.15	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	YML037C	YML037C	1023 nt		3.15	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	GCY1	YOR120W	939 nt		3.15	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	HRD1	YOL013C	1656 nt		3.14	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	KEI1	YDR367W	666 nt		3.14	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	SMX2	YFL017W-A	234 nt		3.14	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	SNO3	YFL060C	669 nt		3.14	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	PRP38	YGR075C	729 nt		3.14	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	DAL2	YIR029W	1032 nt		3.14	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	LSM1	YJL124C	519 nt		3.14	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	AIM25	YJR100C	984 nt		3.14	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	SDS22	YKL193C	1017 nt		3.14	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	RPL6A	YML073C	531 nt		3.14	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	SNO2	YNL334C	669 nt		3.14	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	YOL114C	YOL114C	609 nt		3.14	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	RPS7A	YOR096W	573 nt		3.14	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	LTP1	YPR073C	486 nt		3.14	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	SQS1	YNL224C	2304 nt		3.14	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	RSE1	YML049C	4086 nt		3.14	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	SIZ1	YDR409W	2715 nt		3.13	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	HBT1	YDL223C	3141 nt		3.13	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	DIG2	YDR480W	972 nt		3.13	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	PRE1	YER012W	597 nt		3.13	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	VMA10	YHR039C-A	345 nt		3.13	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	YLR297W	YLR297W	390 nt		3.13	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	RPN13	YLR421C	471 nt		3.13	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	ATG3	YNR007C	933 nt		3.13	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	IZH2	YOL002C	954 nt		3.13	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	SGT1	YOR057W	1188 nt		3.13	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	YPL119C-A	YPL119C-A	264 nt		3.13	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	RPC40	YPR110C	1008 nt		3.13	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	SRP68	YPL243W	1800 nt		3.13	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	TAO3	YIL129C	7131 nt		3.13	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	SLF1	YDR515W	1344 nt		3.13	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	YNL011C	YNL011C	1335 nt		3.13	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	CHS2	YBR038W	2892 nt		3.13	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	YIL169C	YIL169C	2988 nt		3.12	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	YAK1	YJL141C	2424 nt		3.12	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	FUS2	YMR232W	2034 nt		3.12	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	ATP25	YMR098C	1839 nt		3.12	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	NDC80	YIL144W	2076 nt		3.12	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	SYO1	YDL063C	1863 nt		3.12	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	SPO14	YKR031C	5052 nt		3.12	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	YCR013C	YCR013C	648 nt		3.12	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	SLD5	YDR489W	885 nt		3.12	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	YDR509W	YDR509W	348 nt		3.12	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	YER046W-A	YER046W-A	330 nt		3.12	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	MST27	YGL051W	705 nt		3.12	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	YHR212C	YHR212C	336 nt		3.12	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	YIL141W	YIL141W	390 nt		3.12	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	MST28	YAR033W	705 nt		3.12	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	YKE2	YLR200W	345 nt		3.12	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	YAR060C	YAR060C	336 nt		3.12	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	YPR053C	YPR053C	456 nt		3.12	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	BUB1	YGR188C	3066 nt		3.12	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	PMR1	YGL167C	2853 nt		3.11	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	THO1	YER063W	657 nt		3.11	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	PET54	YGR222W	882 nt		3.11	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	YHR050W-A	YHR050W-A	171 nt		3.11	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	tW(CCA)G1	tW(CCA)G1	72 nt		3.11	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	tW(CCA)G2	tW(CCA)G2	72 nt		3.11	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	tW(CCA)J	tW(CCA)J	72 nt		3.11	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	tW(CCA)K	tW(CCA)K	72 nt		3.11	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	tW(CCA)M	tW(CCA)M	72 nt		3.11	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	tW(CCA)P	tW(CCA)P	72 nt		3.11	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	YIR040C	YIR040C	333 nt		3.11	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	PRP21	YJL203W	843 nt		3.11	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	YKL070W	YKL070W	510 nt		3.11	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	YKR011C	YKR011C	1062 nt		3.11	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	YLL044W	YLL044W	447 nt		3.11	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	TMA10	YLR327C	261 nt		3.11	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	SHG1	YBR258C	429 nt		3.11	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	VAC14	YLR386W	2643 nt		3.11	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	NAB6	YML117W	3405 nt		3.11	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	YFL002W-B	YFL002W-B	1317 nt		3.11	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	YGR161W-A	YGR161W-A	1317 nt		3.11	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	YBL100W-A	YBL100W-A	1317 nt		3.11	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	YCL020W	YCL020W	1317 nt		3.11	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	POL4	YCR014C	1749 nt		3.1	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	YGR237C	YGR237C	2358 nt		3.1	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	CIN1	YOR349W	3045 nt		3.1	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	GCD6	YDR211W	2139 nt		3.1	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	snR70	snR70	164 nt		3.1	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	FMN1	YDR236C	657 nt		3.1	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	AIM11	YER093C-A	414 nt		3.1	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	YGL039W	YGL039W	1047 nt		3.1	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	USE1	YGL098W	738 nt		3.1	□□□□□ -1.91
SHP1	P34223	YIP1	YGR172C	747 nt		3.1	□□□□□ -1.91

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