Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 GTPBP3-222ENST00000600625 2493 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 COL15A1-201ENST00000375001 5496 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 DAPK3-201ENST00000301264 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 ME2-206ENST00000638410 2289 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 ME2-210ENST00000639255 2262 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 CHST8-202ENST00000434302 2225 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 MPZL1-201ENST00000359523 5010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 TTYH1-202ENST00000376530 1885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 RNF208-201ENST00000391553 1077 ntAPPRIS P1 BASIC24.14■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 CKMT1B-207ENST00000441322 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 TUSC3-209ENST00000509380 1266 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC24.14■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC24.14■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 CPEB1-AS1-201ENST00000560650 2138 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 KCTD13-202ENST00000561540 1773 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 NDUFAF3-202ENST00000326925 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 AC025164.2-201ENST00000501008 1898 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 MAPRE3-203ENST00000405074 1801 ntTSL 3 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 SOX4-201ENST00000244745 5852 ntAPPRIS P1 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 CTAG1A-201ENST00000593606 993 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 FBXL22-201ENST00000360587 1526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 ACOT2-201ENST00000238651 1774 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 ACAA1-202ENST00000333167 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 NDOR1-201ENST00000344894 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 CENPB-201ENST00000379751 2840 ntAPPRIS P1 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 SHANK1-203ENST00000391813 4785 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 LHPP-202ENST00000368842 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 TMPO-204ENST00000393053 2374 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 TRMT2A-204ENST00000439169 2473 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 B3GAT3-202ENST00000531383 2056 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 UBTD2-201ENST00000393792 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 MMP17-201ENST00000360564 2411 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 CYHR1-201ENST00000306145 1409 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 SOX12-201ENST00000342665 4630 ntAPPRIS P1 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 SMUG1P1-201ENST00000590640 811 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 MTURN-201ENST00000324453 5937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 AP003356.1-202ENST00000517910 2770 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 CDCA4-201ENST00000336219 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 FAM46B-201ENST00000289166 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 IRX4-208ENST00000622814 2398 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 TSPY26P-201ENST00000476365 1326 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 GFER-201ENST00000248114 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 C18orf25-204ENST00000615553 2329 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 RAB3A-201ENST00000222256 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 FAM129C-212ENST00000601861 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 LRRC75A-AS1-202ENST00000470491 1057 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 LAMP5-AS1-201ENST00000443469 1928 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 FBXL14-201ENST00000339235 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 PFKFB3-216ENST00000625260 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 UBE2B-201ENST00000265339 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 CTNND2-201ENST00000304623 5481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 SACM1L-202ENST00000418611 2164 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 MAPK9-206ENST00000425491 2266 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 RELL2-205ENST00000518856 1419 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 EOMES-202ENST00000449599 2829 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 AL031432.3-201ENST00000607698 485 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 NARF-202ENST00000345415 1487 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 IRF7-201ENST00000330243 1992 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 FEM1AP1-201ENST00000431297 1995 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 GRB10-206ENST00000402497 2289 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 MGAT4B-201ENST00000292591 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 SNX7-201ENST00000306121 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 EXOG-203ENST00000422077 1317 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 CCDC106-207ENST00000591578 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 JAKMIP1-203ENST00000409371 2420 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 LHPP-203ENST00000392757 840 ntTSL 3 BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 DTNBP1-201ENST00000338950 1880 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 PFKFB3-219ENST00000640683 2311 ntTSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 TNIP1-205ENST00000518977 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 AC026471.6-201ENST00000622954 1905 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.6 ms