Protein–RNA interactions for Protein: Q07699

SCN1B, Sodium channel subunit beta-1, humanhuman

Predictions only

Length 218 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN1BQ07699 SMPDL3A-203ENST00000539041 1755 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.57
SCN1BQ07699 FAM206A-201ENST00000322940 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
SCN1BQ07699 CHST8-203ENST00000438847 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
SCN1BQ07699 IRS2-201ENST00000375856 8138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
SCN1BQ07699 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC18.58■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 RASSF1-203ENST00000359365 1923 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 DMRTB1-201ENST00000371445 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 NRXN1-208ENST00000405472 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC18.58■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 NAPEPLD-208ENST00000427257 1822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 C19orf66-201ENST00000253110 2117 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 GATA6-AS1-202ENST00000583490 1788 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 KMT5C-201ENST00000255613 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 WNT10B-201ENST00000301061 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 KLF13-201ENST00000307145 6825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 STMN3-201ENST00000370053 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 IRF7-204ENST00000397570 1943 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 TSHZ3-201ENST00000240587 5176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 CNTNAP3B-212ENST00000617422 2170 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 DENND2D-202ENST00000369752 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 PHLDB2-210ENST00000478922 1861 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 ASB16-201ENST00000293414 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC18.57■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 SRSF4-201ENST00000373795 2387 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 TRH-201ENST00000302649 1978 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 GJC2-201ENST00000366714 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 FDFT1-226ENST00000623368 2368 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 PPP3CC-203ENST00000397775 2094 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 PCBP4-212ENST00000484633 2009 ntTSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 E4F1-206ENST00000565090 2028 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 RNF38-205ENST00000377877 1974 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.56■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 BRSK1-201ENST00000309383 3079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 BRICD5-201ENST00000328540 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 PLCD1-201ENST00000334661 2769 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 LIMS2-207ENST00000409808 2315 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 CDO1-201ENST00000250535 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 PPP1R3F-203ENST00000466508 1885 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 MAPK8IP3-216ENST00000610761 5626 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 SCUBE1-201ENST00000290460 2258 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 UBE2Z-201ENST00000360943 3122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 NGLY1-202ENST00000280700 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 ME2-218ENST00000640965 2476 ntTSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 NR1H2-211ENST00000599105 1830 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 PCED1A-202ENST00000360652 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 TMEM189-201ENST00000371650 2222 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 ZNF276-208ENST00000568064 2203 ntTSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 CBWD5-207ENST00000382405 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 AP005212.1-201ENST00000581547 1997 ntBASIC18.55■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 KLHL11-201ENST00000319121 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC18.55■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 LMAN2-201ENST00000303127 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 GPC5-201ENST00000377067 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 LRCH4-201ENST00000310300 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 WDSUB1-202ENST00000359774 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 TLE3-201ENST00000317509 5207 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 FRMD3-204ENST00000376438 2198 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 CD6-203ENST00000352009 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 PCDHAC2-203ENST00000615316 3011 ntBASIC18.54■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 DPF1-203ENST00000414789 1960 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 STXBP6-203ENST00000419632 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 HMOX2-208ENST00000570646 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 LAMP5-AS1-201ENST00000443469 1928 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 TTBK1-202ENST00000304139 2449 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 LAYN-209ENST00000533265 1703 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 PRSS12-201ENST00000296498 4809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 DMPK-205ENST00000458663 2548 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 CSNK1D-203ENST00000392334 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 AQP6-201ENST00000315520 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 PPP1R12B-202ENST00000356764 1687 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 MCTP1-218ENST00000515393 5396 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 ZFP69-202ENST00000372706 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SCN1BQ07699 MFSD6L-201ENST00000329805 2188 ntAPPRIS P1 BASIC18.53■□□□□ 0.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.9 ms