Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 MIR6821-201ENST00000617625 74 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
LIG3P49916 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIG3P49916 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIG3P49916 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIG3P49916 SMIM3-201ENST00000526627 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIG3P49916 TERF2IP-201ENST00000300086 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIG3P49916 DIO3-201ENST00000510508 2102 ntAPPRIS P1 BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIG3P49916 TMEM235-202ENST00000421688 2490 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIG3P49916 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIG3P49916 FAM129C-212ENST00000601861 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
LIG3P49916 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
LIG3P49916 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
LIG3P49916 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC21.85■■□□□ 1.09
LIG3P49916 NMRAL1-202ENST00000404295 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
LIG3P49916 POLR2H-204ENST00000438240 994 ntTSL 3 BASIC21.85■■□□□ 1.09
LIG3P49916 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC21.85■■□□□ 1.09
LIG3P49916 AL354811.1-201ENST00000610286 706 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
LIG3P49916 MIR6084-201ENST00000622012 110 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
LIG3P49916 AC105233.4-201ENST00000642045 216 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
LIG3P49916 XPA-201ENST00000375128 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
LIG3P49916 SHCBP1L-201ENST00000367547 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
LIG3P49916 FBXL22-201ENST00000360587 1526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
LIG3P49916 WNT10B-202ENST00000403957 1817 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
LIG3P49916 MOGS-201ENST00000233616 2895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
LIG3P49916 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIG3P49916 SLC25A39-201ENST00000225308 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIG3P49916 MAST2-201ENST00000361297 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIG3P49916 FGFR2-224ENST00000613048 4369 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIG3P49916 EML6-201ENST00000356458 8320 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIG3P49916 RELL2-205ENST00000518856 1419 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIG3P49916 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIG3P49916 LRRC75A-AS1-202ENST00000470491 1057 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIG3P49916 PSMD7-201ENST00000219313 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIG3P49916 FOXL2-201ENST00000330315 2917 ntAPPRIS P1 BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIG3P49916 GNB3-201ENST00000229264 1923 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIG3P49916 ZFP69-202ENST00000372706 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIG3P49916 LAMC3-202ENST00000361069 6133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIG3P49916 PKMYT1-201ENST00000262300 2171 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIG3P49916 CSPG5-201ENST00000264723 4080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIG3P49916 NF2-201ENST00000334961 2020 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIG3P49916 FAM120A-201ENST00000277165 5118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIG3P49916 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
LIG3P49916 ARRDC2-201ENST00000222250 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
LIG3P49916 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
LIG3P49916 SOCS2-201ENST00000340600 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
LIG3P49916 RDX-202ENST00000405097 2761 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
LIG3P49916 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
LIG3P49916 MATN4-204ENST00000372756 2077 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
LIG3P49916 NTRK1-206ENST00000524377 2432 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
LIG3P49916 NDUFB2-201ENST00000247866 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
LIG3P49916 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
LIG3P49916 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC21.83■■□□□ 1.09
LIG3P49916 CNTNAP3B-202ENST00000341990 2666 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
LIG3P49916 GAS2-202ENST00000454584 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
LIG3P49916 TDRP-203ENST00000523656 2622 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.08
LIG3P49916 CTNND2-201ENST00000304623 5481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
LIG3P49916 CASP9-210ENST00000546424 4463 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.08
LIG3P49916 BRD4-202ENST00000360016 3240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
LIG3P49916 ENGASE-205ENST00000579016 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
LIG3P49916 CNNM1-201ENST00000356713 5959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
LIG3P49916 ASCC1-205ENST00000394919 2683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.08
LIG3P49916 FAM46B-201ENST00000289166 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
LIG3P49916 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
LIG3P49916 ST3GAL4-201ENST00000227495 1790 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
LIG3P49916 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
LIG3P49916 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
LIG3P49916 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
LIG3P49916 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
LIG3P49916 PHPT1-201ENST00000247665 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
LIG3P49916 GADD45G-202ENST00000375769 977 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
LIG3P49916 PRKCQ-AS1-204ENST00000455810 920 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
LIG3P49916 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC21.82■■□□□ 1.08
LIG3P49916 IGFBP3-210ENST00000613132 2412 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
LIG3P49916 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC21.82■■□□□ 1.08
LIG3P49916 ZNF213-201ENST00000396878 3313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
LIG3P49916 GPC5-201ENST00000377067 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
LIG3P49916 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
LIG3P49916 SOX12-201ENST00000342665 4630 ntAPPRIS P1 BASIC21.82■■□□□ 1.08
LIG3P49916 C16orf70-201ENST00000219139 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
LIG3P49916 AC138696.1-201ENST00000522452 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
LIG3P49916 RAB24-201ENST00000303251 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
LIG3P49916 MAPKAPK2-202ENST00000367103 2961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
LIG3P49916 LRIG1-201ENST00000273261 5273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
LIG3P49916 AR-204ENST00000504326 3615 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
LIG3P49916 KIRREL2-201ENST00000262625 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
LIG3P49916 RAX-202ENST00000334889 3197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
LIG3P49916 DMWD-202ENST00000377735 3292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
LIG3P49916 TMEM129-206ENST00000536901 2172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
LIG3P49916 ZBTB7A-201ENST00000322357 5422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
LIG3P49916 IRX4-208ENST00000622814 2398 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
LIG3P49916 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
LIG3P49916 SLC25A22-228ENST00000628067 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
LIG3P49916 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
LIG3P49916 AZIN2-204ENST00000373443 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
LIG3P49916 ZFAS1-206ENST00000450535 1075 ntTSL 3 BASIC21.81■■□□□ 1.08
LIG3P49916 ITGA9-AS1-210ENST00000457661 738 ntTSL 4 BASIC21.81■■□□□ 1.08
LIG3P49916 BCAP29-209ENST00000465919 942 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
LIG3P49916 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
LIG3P49916 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
LIG3P49916 ITGB1BP1-202ENST00000355346 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 75.8 ms