Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 CDK5-204ENST00000485972 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.55■■■■□ 3.28
CUX1P39880 MRPL40-201ENST00000333130 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.55■■■■□ 3.28
CUX1P39880 LRP5L-203ENST00000444995 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.55■■■■□ 3.28
CUX1P39880 NSMF-203ENST00000371472 1852 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC35.54■■■■□ 3.28
CUX1P39880 FAM98C-201ENST00000252530 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.54■■■■□ 3.28
CUX1P39880 FAM98C-205ENST00000588262 826 ntTSL 1 (best) BASIC35.54■■■■□ 3.28
CUX1P39880 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.54■■■■□ 3.28
CUX1P39880 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC35.54■■■■□ 3.28
CUX1P39880 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC35.54■■■■□ 3.28
CUX1P39880 SLC38A8-201ENST00000299709 1308 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.54■■■■□ 3.28
CUX1P39880 SNX21-212ENST00000491381 1607 ntTSL 1 (best) BASIC35.54■■■■□ 3.28
CUX1P39880 EPHX3-202ENST00000435261 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.53■■■■□ 3.28
CUX1P39880 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.53■■■■□ 3.28
CUX1P39880 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.53■■■■□ 3.28
CUX1P39880 RPLP0-201ENST00000228306 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.53■■■■□ 3.28
CUX1P39880 MTFP1-203ENST00000407550 912 ntTSL 2 BASIC35.53■■■■□ 3.28
CUX1P39880 B4GALNT1-202ENST00000418555 1861 ntTSL 2 BASIC35.53■■■■□ 3.28
CUX1P39880 CDK6-202ENST00000424848 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.53■■■■□ 3.28
CUX1P39880 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC35.53■■■■□ 3.28
CUX1P39880 DYNC1I1-211ENST00000537881 2146 ntTSL 5 BASIC35.53■■■■□ 3.28
CUX1P39880 ETHE1-201ENST00000292147 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.52■■■■□ 3.28
CUX1P39880 C1QBPP2-201ENST00000528754 825 ntBASIC35.52■■■■□ 3.28
CUX1P39880 UBALD1-209ENST00000591897 1275 ntTSL 2 BASIC35.52■■■■□ 3.28
CUX1P39880 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.52■■■■□ 3.28
CUX1P39880 TMEM198B-205ENST00000487582 1581 ntTSL 1 (best) BASIC35.52■■■■□ 3.28
CUX1P39880 CXCL3-201ENST00000296026 1075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.52■■■■□ 3.28
CUX1P39880 RALGPS1-206ENST00000394011 819 ntTSL 1 (best) BASIC35.52■■■■□ 3.28
CUX1P39880 AC127496.6-201ENST00000576215 338 ntTSL 3 BASIC35.52■■■■□ 3.28
CUX1P39880 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.52■■■■□ 3.28
CUX1P39880 CTDSP2-204ENST00000548823 1368 ntTSL 1 (best) BASIC35.51■■■■□ 3.28
CUX1P39880 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.51■■■■□ 3.28
CUX1P39880 RELL2-207ENST00000521367 1780 ntTSL 5 BASIC35.51■■■■□ 3.28
CUX1P39880 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC35.51■■■■□ 3.28
CUX1P39880 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC35.51■■■■□ 3.28
CUX1P39880 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC35.51■■■■□ 3.27
CUX1P39880 AC092849.2-201ENST00000492523 333 ntTSL 3 BASIC35.51■■■■□ 3.27
CUX1P39880 MIR210HG-201ENST00000500447 1965 ntTSL 2 BASIC35.5■■■■□ 3.27
CUX1P39880 EEF1DP3-201ENST00000428783 1309 ntTSL 1 (best) BASIC35.5■■■■□ 3.27
CUX1P39880 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC35.5■■■■□ 3.27
CUX1P39880 PQLC2-203ENST00000400548 1548 ntTSL 1 (best) BASIC35.5■■■■□ 3.27
CUX1P39880 CBWD6-213ENST00000613716 1820 ntTSL 1 (best) BASIC35.5■■■■□ 3.27
CUX1P39880 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.5■■■■□ 3.27
CUX1P39880 MCRIP2P1-201ENST00000394346 511 ntBASIC35.5■■■■□ 3.27
CUX1P39880 AQP12B-201ENST00000407834 1094 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.5■■■■□ 3.27
CUX1P39880 GLYCTK-205ENST00000473032 935 ntTSL 1 (best) BASIC35.5■■■■□ 3.27
CUX1P39880 POFUT1-201ENST00000375730 1507 ntTSL 1 (best) BASIC35.5■■■■□ 3.27
CUX1P39880 FUZ-216ENST00000533418 1524 ntTSL 5 BASIC35.5■■■■□ 3.27
CUX1P39880 PLA2G15-202ENST00000413021 1346 ntTSL 2 BASIC35.5■■■■□ 3.27
CUX1P39880 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.49■■■■□ 3.27
CUX1P39880 AC092368.3-202ENST00000574180 1591 ntBASIC35.49■■■■□ 3.27
CUX1P39880 ZPBP-203ENST00000419417 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.49■■■■□ 3.27
CUX1P39880 YKT6-207ENST00000496112 1270 ntTSL 2 BASIC35.49■■■■□ 3.27
CUX1P39880 VMO1-204ENST00000441199 741 ntTSL 2 BASIC35.48■■■■□ 3.27
CUX1P39880 SOX15-202ENST00000538513 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.48■■■■□ 3.27
CUX1P39880 TGIF1-219ENST00000551541 990 ntTSL 2 BASIC35.48■■■■□ 3.27
CUX1P39880 SMIM1-203ENST00000561886 491 ntTSL 2 BASIC35.48■■■■□ 3.27
CUX1P39880 LINC00304-202ENST00000562248 1095 ntTSL 1 (best) BASIC35.48■■■■□ 3.27
CUX1P39880 SOX15-203ENST00000570788 1093 ntBASIC35.48■■■■□ 3.27
CUX1P39880 KLHL26-205ENST00000599006 989 ntTSL 5 BASIC35.48■■■■□ 3.27
CUX1P39880 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.48■■■■□ 3.27
CUX1P39880 PHOSPHO1-206ENST00000514112 1587 ntTSL 1 (best) BASIC35.48■■■■□ 3.27
CUX1P39880 PRTN3-201ENST00000234347 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.47■■■■□ 3.27
CUX1P39880 GCHFR-201ENST00000260447 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.47■■■■□ 3.27
CUX1P39880 CLTA-202ENST00000345519 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC35.47■■■■□ 3.27
CUX1P39880 AC245052.3-201ENST00000450182 901 ntBASIC35.47■■■■□ 3.27
CUX1P39880 AL354712.1-201ENST00000563570 477 ntTSL 3 BASIC35.47■■■■□ 3.27
CUX1P39880 AL589743.5-201ENST00000616611 1050 ntBASIC35.47■■■■□ 3.27
CUX1P39880 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.47■■■■□ 3.27
CUX1P39880 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC35.47■■■■□ 3.27
CUX1P39880 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.47■■■■□ 3.27
CUX1P39880 Z99916.2-201ENST00000604037 246 ntBASIC35.47■■■■□ 3.27
CUX1P39880 CD99-210ENST00000611428 1243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.47■■■■□ 3.27
CUX1P39880 COMMD5-207ENST00000543949 1571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC35.47■■■■□ 3.27
CUX1P39880 NGLY1-204ENST00000396649 2024 ntTSL 1 (best) BASIC35.46■■■■□ 3.27
CUX1P39880 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.46■■■■□ 3.27
CUX1P39880 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC35.46■■■■□ 3.27
CUX1P39880 DTD1-201ENST00000377452 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.46■■■■□ 3.27
CUX1P39880 AUNIP-203ENST00000538789 1392 ntTSL 1 (best) BASIC35.46■■■■□ 3.27
CUX1P39880 SYT7-209ENST00000542836 1362 ntTSL 5 BASIC35.46■■■■□ 3.27
CUX1P39880 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC35.46■■■■□ 3.27
CUX1P39880 RHOG-202ENST00000396978 1066 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC35.46■■■■□ 3.27
CUX1P39880 ATRAID-208ENST00000611786 1256 ntTSL 1 (best) BASIC35.46■■■■□ 3.27
CUX1P39880 FAM197Y4-202ENST00000622692 608 ntBASIC35.46■■■■□ 3.27
CUX1P39880 AC073912.3-201ENST00000624414 853 ntBASIC35.46■■■■□ 3.27
CUX1P39880 TPD52L1-201ENST00000304877 1468 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC35.46■■■■□ 3.27
CUX1P39880 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC35.45■■■■□ 3.27
CUX1P39880 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.45■■■■□ 3.27
CUX1P39880 ARL2-201ENST00000246747 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.45■■■■□ 3.27
CUX1P39880 CNIH4-203ENST00000366858 702 ntTSL 3 BASIC35.45■■■■□ 3.27
CUX1P39880 AC026471.6-201ENST00000622954 1905 ntBASIC35.45■■■■□ 3.26
CUX1P39880 PGAM5-204ENST00000543955 1773 ntTSL 2 BASIC35.44■■■■□ 3.26
CUX1P39880 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC35.44■■■■□ 3.26
CUX1P39880 NUF2-208ENST00000524800 1845 ntTSL 5 BASIC35.44■■■■□ 3.26
CUX1P39880 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.44■■■■□ 3.26
CUX1P39880 PIGH-201ENST00000216452 1420 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.44■■■■□ 3.26
CUX1P39880 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.44■■■■□ 3.26
CUX1P39880 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC35.44■■■■□ 3.26
CUX1P39880 MDFI-202ENST00000373050 809 ntTSL 2 BASIC35.44■■■■□ 3.26
CUX1P39880 SNORA78-201ENST00000459373 127 ntBASIC35.44■■■■□ 3.26
CUX1P39880 PTCD3-220ENST00000627371 210 ntTSL 5 BASIC35.44■■■■□ 3.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.8 ms