Protein–RNA interactions for Protein: P28356

HOXD9, Homeobox protein Hox-D9, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 352 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD9P28356 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 GNB1L-202ENST00000403325 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 RFLNA-201ENST00000324038 2148 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 PEX5-204ENST00000412720 2105 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 TANGO2-212ENST00000434570 2180 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 TMPO-201ENST00000261210 820 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 GUSBP6-202ENST00000438529 1198 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 ATPIF1-203ENST00000468425 539 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 FAM66A-201ENST00000525829 921 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 OAS3-207ENST00000551007 998 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 PLLP-204ENST00000569059 665 ntTSL 3 BASIC21.56■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 GSG1L-202ENST00000395724 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 HLA-G-204ENST00000376828 1490 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 PDCD2-203ENST00000443345 1897 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 SH2D3A-201ENST00000245908 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 GTPBP6-201ENST00000326153 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 PTGER3-204ENST00000356595 1943 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 PTGER3-207ENST00000370931 1914 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 CD8B-205ENST00000393761 932 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 AL355802.2-201ENST00000402069 882 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 CD8B-206ENST00000431506 692 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 CYP2T1P-201ENST00000432607 1285 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 TSPY6P-201ENST00000448518 926 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 CAMTA1-216ENST00000557126 486 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 AC027307.1-201ENST00000590252 457 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 AP2S1-207ENST00000599990 829 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 GPX1-204ENST00000620890 897 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 GAMT-205ENST00000640762 751 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 PHACTR3-202ENST00000359926 2252 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 CENPB-201ENST00000379751 2840 ntAPPRIS P1 BASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 FBXW4P1-201ENST00000426721 2239 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 ATG4D-201ENST00000309469 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 PSPH-202ENST00000395471 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 MEF2A-207ENST00000558812 2186 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 SNX24-211ENST00000513881 1563 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 SCO2-201ENST00000252785 992 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 GAL3ST3-201ENST00000312006 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 AC133552.2-202ENST00000575694 574 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 CD24-202ENST00000610952 802 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 ORAI1-202ENST00000617316 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 ABHD1-207ENST00000621324 1078 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 NARF-205ENST00000412079 1760 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 C12orf76-203ENST00000546651 1755 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 MRGBP-201ENST00000370487 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 SH2B2-202ENST00000536178 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 PPP2R5E-204ENST00000555899 2164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 RWDD4-206ENST00000512740 1393 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 SMARCB1-202ENST00000344921 1728 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 MFF-203ENST00000349901 1716 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 TM4SF5-201ENST00000270560 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 MAD2L2-204ENST00000376667 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 NAT16-202ENST00000443096 1286 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 AC105001.1-201ENST00000506149 821 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 DHRS4L2-204ENST00000537912 918 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 AC243732.1-201ENST00000612648 864 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 GDF6-203ENST00000621429 1179 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 UBXN2B-206ENST00000638450 591 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 FBXL14-201ENST00000339235 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 NAA20-203ENST00000398602 1604 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 MGST3-205ENST00000367889 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 LIMD2-202ENST00000578061 756 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 MYO19-221ENST00000620640 1186 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 CACNB3-205ENST00000547392 2237 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 STEAP1-201ENST00000297205 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 NR2F2-204ENST00000453270 1712 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 DYNC1I1-211ENST00000537881 2146 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 HAGH-201ENST00000397353 1257 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 C4orf48-201ENST00000409248 433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 AL121761.1-202ENST00000412571 415 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 AF201337.1-201ENST00000520239 748 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 SCARB1-211ENST00000546215 1597 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 CELF2-213ENST00000633077 1733 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 DCTD-201ENST00000357067 1931 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 AC084757.3-201ENST00000558061 1943 ntTSL 3 BASIC21.51■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 LIMS2-201ENST00000324938 2111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.6 ms