Protein–RNA interactions for Protein: P25940

COL5A3, Collagen alpha-3(V) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,745 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL5A3P25940 LINC01089-202ENST00000429892 1521 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 AC245052.3-201ENST00000450182 901 ntBASIC26.76■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 SLC29A4P2-201ENST00000504749 1089 ntBASIC26.76■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 C1QBPP2-201ENST00000528754 825 ntBASIC26.76■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 SLC25A39-212ENST00000590194 1542 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC26.76■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 RELL2-207ENST00000521367 1780 ntTSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 SLC38A8-201ENST00000299709 1308 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 NDUFA8-201ENST00000373768 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 AC007322.3-201ENST00000426526 701 ntBASIC26.76■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 CERNA3-201ENST00000521403 557 ntTSL 3 BASIC26.76■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 PTCD3-220ENST00000627371 210 ntTSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 AC092368.3-202ENST00000574180 1591 ntBASIC26.75■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 GNB4-204ENST00000468623 1360 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 CAVIN3-201ENST00000303927 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 MCAT-202ENST00000327555 1134 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 MCRIP2P1-201ENST00000394346 511 ntBASIC26.75■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 AL354712.1-201ENST00000563570 477 ntTSL 3 BASIC26.75■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 METTL23-208ENST00000588822 1049 ntTSL 3 BASIC26.75■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 SLC41A3-202ENST00000346785 1705 ntTSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC26.75■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 CBWD6-213ENST00000613716 1820 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 RPLP0-201ENST00000228306 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 RPPH1-201ENST00000516869 333 ntBASIC26.74■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 MIR4497-201ENST00000583208 89 ntBASIC26.74■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 PQLC2-203ENST00000400548 1548 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 CDK5-204ENST00000485972 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 FAM98C-201ENST00000252530 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 RHOC-203ENST00000369632 1026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.73■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 AC073050.1-201ENST00000442316 462 ntTSL 3 BASIC26.73■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 FAM98C-205ENST00000588262 826 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 NUF2-208ENST00000524800 1845 ntTSL 5 BASIC26.73■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 DYNC1I1-211ENST00000537881 2146 ntTSL 5 BASIC26.73■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 NSMF-203ENST00000371472 1852 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 PHOSPHO1-206ENST00000514112 1587 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 ARL2-201ENST00000246747 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 RPS15-206ENST00000589656 473 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.73■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 AC105020.6-201ENST00000621523 1217 ntBASIC26.73■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 SLC35A2-213ENST00000635015 1008 ntTSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC26.73■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 ASB18-201ENST00000409749 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 DUSP18-205ENST00000404885 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 SYNE2-201ENST00000341472 1132 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 NKAIN4-201ENST00000370307 793 ntTSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 YWHAZ-209ENST00000419477 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.72■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 LINC00708-201ENST00000428165 916 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 AL357874.1-201ENST00000428948 574 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 AC092849.2-201ENST00000492523 333 ntTSL 3 BASIC26.72■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 AC010646.1-201ENST00000594059 515 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC26.72■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 ATRAID-208ENST00000611786 1256 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC26.72■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 SLC2A7-201ENST00000400906 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 PLA2G15-202ENST00000413021 1346 ntTSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 ZNRF2P2-202ENST00000442865 590 ntTSL 4 BASIC26.71■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 CDV3P1-201ENST00000471403 739 ntBASIC26.71■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 AC127496.6-201ENST00000576215 338 ntTSL 3 BASIC26.71■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 CA7-201ENST00000338437 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 PYCR1-216ENST00000619204 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 PHB2-201ENST00000399433 1308 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 EPHX3-202ENST00000435261 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 GCHFR-201ENST00000260447 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 PRSS3-202ENST00000361005 966 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 VMO1-204ENST00000441199 741 ntTSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 SOX15-202ENST00000538513 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 SOX15-203ENST00000570788 1093 ntBASIC26.7■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 LRRC3B-201ENST00000396641 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
COL5A3P25940 AC026471.6-201ENST00000622954 1905 ntBASIC26.7■■□□□ 1.86
COL5A3P25940 NGLY1-204ENST00000396649 2024 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
COL5A3P25940 ETHE1-201ENST00000292147 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
COL5A3P25940 MDFI-202ENST00000373050 809 ntTSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.86
COL5A3P25940 RALGPS1-206ENST00000394011 819 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
COL5A3P25940 SAPCD2P1-201ENST00000395413 1184 ntBASIC26.7■■□□□ 1.86
COL5A3P25940 LTB-210ENST00000429299 897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
COL5A3P25940 AC091564.5-201ENST00000526456 820 ntTSL 4 BASIC26.7■■□□□ 1.86
COL5A3P25940 CD99-210ENST00000611428 1243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
COL5A3P25940 TUSC2-201ENST00000232496 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.1 ms