Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 SIVA1-203ENST00000535554 1244 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 MMP23B-201ENST00000356026 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 KRT18P22-201ENST00000402024 1347 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 LMF1-212ENST00000568897 1603 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 HRAS-201ENST00000311189 894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 AC019257.1-201ENST00000517676 557 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 AC004263.2-201ENST00000617183 678 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 YBX1-201ENST00000321358 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 PNCK-201ENST00000340888 1508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 BOLA2B-201ENST00000305321 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 BOLA2-201ENST00000330978 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 MIEN1-201ENST00000394231 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 LINC01293-201ENST00000453951 1266 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 LINC00969-221ENST00000457233 1279 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 NTAN1-211ENST00000622833 1049 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 NTAN1-212ENST00000624579 1115 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 FAHD1-202ENST00000382668 1845 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 TBC1D7-202ENST00000356436 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 TBC1D7-204ENST00000379300 1276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 ANKRD54-204ENST00000411961 946 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 KCNIP3-205ENST00000468529 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 CMTM3-207ENST00000564060 824 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 CMTM3-211ENST00000565922 615 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 AC244517.4-202ENST00000624089 484 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 CDKN2B-AS1-217ENST00000585267 1337 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 FXN-202ENST00000396364 980 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 ENTPD2-201ENST00000312665 1500 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 MCF2L-207ENST00000397024 490 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 COPS8-203ENST00000409334 794 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 BX664615.1-201ENST00000443558 458 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 C5orf38-206ENST00000505778 509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 ANAPC11-207ENST00000572639 578 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 FGF8-207ENST00000618991 856 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 NIPAL4-202ENST00000435489 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 SCO2-202ENST00000395693 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 HDAC11-AS1-201ENST00000424112 515 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 C16orf91-201ENST00000442039 978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 NCAM1-AS1-201ENST00000526229 1081 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 CKLF-CMTM1-204ENST00000532838 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 PAQR6-205ENST00000368270 1765 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 ARRB2-216ENST00000574954 1348 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 GUCA1B-201ENST00000230361 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 AC004889.1-203ENST00000464929 819 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 OR2A1-AS1-207ENST00000486094 819 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 PRKCB-209ENST00000498058 480 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 AL590094.1-202ENST00000634619 1131 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 INPP1-201ENST00000322522 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 CYP2D8P-201ENST00000433633 1490 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 ALG1-202ENST00000544428 1419 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 DNAJC4-201ENST00000321460 1015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 TMEM135-209ENST00000532959 1149 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 ATRAID-208ENST00000611786 1256 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 ILKAP-201ENST00000254654 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 HAUS4-205ENST00000541587 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 NSMF-203ENST00000371472 1852 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 AUNIP-203ENST00000538789 1392 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 CTAG2-201ENST00000247306 993 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 TSTD1-201ENST00000318289 626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 AC009487.1-202ENST00000437683 402 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 HES2-206ENST00000489730 730 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 ASCL2-201ENST00000331289 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 MAP2K5-204ENST00000395476 1689 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 KLHL21-204ENST00000467612 1056 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 AC006011.2-201ENST00000621313 1158 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 EPS8L1-209ENST00000588359 1407 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 GUK1-204ENST00000366721 689 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 AUH-202ENST00000375731 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 KCNE5-201ENST00000372101 1473 ntAPPRIS P1 BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL6A3P12111 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 69.2 ms