Protein–RNA interactions for Protein: P0DPA3

SNHG28, Putative uncharacterized protein SNHG28, humanhuman

Predictions only

Length 235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SNHG28P0DPA3 RWDD4-206ENST00000512740 1393 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 PPP1R3F-203ENST00000466508 1885 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 ARNTL2-209ENST00000546179 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 CA7-201ENST00000338437 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 AC091799.1-201ENST00000422823 811 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 ETHE1-205ENST00000600651 1052 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 AL109923.1-201ENST00000618799 583 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 AC244517.4-202ENST00000624089 484 ntTSL 3 BASIC24.3■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 GAMT-205ENST00000640762 751 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 ASRGL1-201ENST00000301776 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 ZNF622-201ENST00000308683 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 STEAP1-201ENST00000297205 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 CDCA4-202ENST00000392590 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 HOXC9-203ENST00000508190 1505 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.3■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 GRTP1-203ENST00000375431 1384 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 RAPSN-205ENST00000529341 1408 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 MTHFS-201ENST00000258874 907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 C4orf48-201ENST00000409248 433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 TSPY6P-201ENST00000448518 926 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 EMC9-206ENST00000560403 872 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 LITAF-205ENST00000570904 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 HENMT1-203ENST00000402983 1696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 PTGER3-204ENST00000356595 1943 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 PTGER3-207ENST00000370931 1914 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 ZNF467-201ENST00000302017 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 FRMD3-204ENST00000376438 2198 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 PPP2R5E-204ENST00000555899 2164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 EPHX3-202ENST00000435261 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 SNX7-201ENST00000306121 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 TMPO-201ENST00000261210 820 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 CD58-201ENST00000369487 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 CD58-202ENST00000369489 1098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 MAN2C1-244ENST00000618257 1346 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 MDFI-203ENST00000373051 1622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 GTPBP6-201ENST00000326153 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 RNPS1-201ENST00000301730 1276 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 AC245052.3-201ENST00000450182 901 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 LIMD2-202ENST00000578061 756 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 AL591742.1-201ENST00000604433 565 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 AC244015.2-201ENST00000616358 1861 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 AC084757.3-201ENST00000558061 1943 ntTSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SNHG28P0DPA3 LMAN2-201ENST00000303127 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 VKORC1L1-202ENST00000434382 1541 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 MAP1LC3A-201ENST00000360668 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 IRAK3-203ENST00000545837 1579 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 CLN3-240ENST00000631023 1586 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 ZNF644-203ENST00000361321 1253 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 BET1L-204ENST00000410108 637 ntTSL 3 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 TRNT1-207ENST00000420393 854 ntTSL 3 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 AF201337.1-201ENST00000520239 748 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 Z92544.1-201ENST00000567091 730 ntTSL 3 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 AC142086.2-201ENST00000569753 217 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 MESP1-201ENST00000300057 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 CNTFR-202ENST00000378980 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 RHOT1-205ENST00000545287 2516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 MEF2A-207ENST00000558812 2186 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 NFS1-201ENST00000306750 738 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 MGST3-205ENST00000367889 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 MPV17L-202ENST00000396385 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 AC025754.1-201ENST00000507566 407 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 FAM47E-204ENST00000510328 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 AC018730.2-201ENST00000598623 443 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 AC016405.3-201ENST00000607710 860 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 CD24-202ENST00000610952 802 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 OR10C1-204ENST00000622521 1039 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 MARS-234ENST00000630571 216 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 MARS-235ENST00000630803 183 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 ZBTB42-202ENST00000555360 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 CERS4-209ENST00000559450 1637 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 PXK-211ENST00000484288 2031 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 UHRF2-202ENST00000381373 802 ntTSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 TRIM35-203ENST00000521253 1215 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 RAP1B-220ENST00000539091 977 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 AC027307.1-201ENST00000590252 457 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 UNC119-202ENST00000335765 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 PPCS-203ENST00000372561 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 DPF1-201ENST00000355526 1632 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 RELL2-207ENST00000521367 1780 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 ZGPAT-204ENST00000369967 1890 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 TFG-201ENST00000240851 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
SNHG28P0DPA3 MCMBP-202ENST00000369077 2465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.3 ms