Protein–RNA interactions for Protein: Q8NB14

USP38, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 38, humanhuman

Predictions only

Length 1,042 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP38Q8NB14 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
USP38Q8NB14 SLC18A3-201ENST00000374115 2420 ntAPPRIS P1 BASIC23.46■■□□□ 1.35
USP38Q8NB14 GCSHP5-201ENST00000443090 522 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
USP38Q8NB14 C12orf43-208ENST00000539736 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
USP38Q8NB14 SLC7A5P1-201ENST00000568957 537 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
USP38Q8NB14 CREB3L3-202ENST00000595923 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
USP38Q8NB14 TRIM3-201ENST00000345851 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
USP38Q8NB14 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
USP38Q8NB14 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
USP38Q8NB14 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
USP38Q8NB14 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 RNF166-202ENST00000537718 1525 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 ECHDC2-221ENST00000536120 1446 ntTSL 3 BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 FAM207A-201ENST00000291634 927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 DBP-201ENST00000222122 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 MALT1-201ENST00000345724 2866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 AC053503.5-201ENST00000601508 636 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 BRWD1-202ENST00000341322 2495 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 PACRGL-227ENST00000513459 1773 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 KEAP1-202ENST00000393623 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 BX322557.1-202ENST00000400362 1460 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 GAS2L1-206ENST00000610653 2238 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 C12orf42-208ENST00000548883 1336 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 SLC35A2-202ENST00000376512 903 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 YBEY-204ENST00000397692 433 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 LTB-210ENST00000429299 897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 NDUFB2-203ENST00000461457 559 ntTSL 3 BASIC23.43■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 C17orf107-202ENST00000521575 1275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 AC010536.3-201ENST00000620306 533 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 CD99-212ENST00000624481 1089 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 ADD3-AS1-204ENST00000627565 388 ntTSL 3 BASIC23.43■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 IFNGR2-203ENST00000405436 1684 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 ADCK2-203ENST00000476491 2092 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 DCTD-201ENST00000357067 1931 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 AL359710.1-201ENST00000427039 1544 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 GPRC5B-210ENST00000569847 1830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 RHOT1-205ENST00000545287 2516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 ABCG4-204ENST00000615496 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 MAP1LC3A-202ENST00000374837 961 ntTSL 3 BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 MIR1224-201ENST00000408193 85 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 RPS2P4-201ENST00000476944 856 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 ULK4P1-204ENST00000565949 721 ntTSL 4 BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 VGF-202ENST00000445482 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 HSF4-215ENST00000521374 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 SLC35F5-203ENST00000409342 2284 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 DMPK-220ENST00000618091 2503 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 BARX2-201ENST00000281437 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 COX5B-201ENST00000258424 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 COA6-202ENST00000366613 641 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 ELF3-AS1-202ENST00000419190 788 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 AP006587.3-201ENST00000525742 1516 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 ALDH16A1-202ENST00000455361 2470 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 LGALS9C-201ENST00000328114 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 USP48-205ENST00000421625 2818 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 PYURF-201ENST00000273968 1361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 GPS2-201ENST00000380728 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 SIRT3-202ENST00000524564 1395 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 PHLDB3-207ENST00000599242 2286 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 SLC12A5-AS1-202ENST00000535913 1957 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 PSPH-202ENST00000395471 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 LINC01140-202ENST00000467438 2375 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 CPED1-202ENST00000340646 1056 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 CNN2P6-201ENST00000439038 900 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 CALM1-202ENST00000447653 1104 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 AF201337.1-201ENST00000520239 748 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 AC133552.2-202ENST00000575694 574 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 MAGIX-202ENST00000595224 1238 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 AVPI1-201ENST00000370626 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 DYRK1B-204ENST00000593685 2724 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 NOC4L-201ENST00000330579 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 MFSD3-201ENST00000301327 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
USP38Q8NB14 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.6 ms