Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 CSNK1G3-206ENST00000511130 1356 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 MRPL15-201ENST00000260102 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 RPS14-201ENST00000312037 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 FLYWCH2-202ENST00000396958 1036 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 LINC01962-201ENST00000513771 411 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 SMIM1-203ENST00000561886 491 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 PTGIR-205ENST00000597185 775 ntTSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 KCNK4-201ENST00000394525 1673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 TUSC3-203ENST00000503731 1498 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 CCS-208ENST00000533244 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 GPR143-203ENST00000467482 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 MMP23B-201ENST00000356026 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 GGTLC1-201ENST00000278765 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 AC025754.1-201ENST00000507566 407 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 AC073912.3-201ENST00000624414 853 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 SNRK-203ENST00000437827 1995 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 HAUS4-205ENST00000541587 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 TMEM198B-205ENST00000487582 1581 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 OR2A1-AS1-201ENST00000462305 773 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 AC004889.1-204ENST00000474656 773 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 ZNF264-205ENST00000599653 705 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 FAM197Y4-202ENST00000622692 608 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 BARX2-201ENST00000281437 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 SPR-201ENST00000234454 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 AC092490.1-203ENST00000514568 1972 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 CAVIN3-201ENST00000303927 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 GRTP1-201ENST00000326039 1294 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 RHOC-203ENST00000369632 1026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 ASIP-201ENST00000374954 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 ECEL1P3-201ENST00000427961 737 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 AC079089.2-201ENST00000531211 1277 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 AL162412.1-201ENST00000567129 965 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 AC004771.5-201ENST00000575985 542 ntTSL 4 BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 ANAPC11-212ENST00000577425 603 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 BX649632.1-201ENST00000610187 819 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 SEPT5-210ENST00000455784 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 IGFBP1-202ENST00000457280 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 AKR7A2-201ENST00000235835 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 MIF4GD-202ENST00000325102 1306 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 TNIP2-203ENST00000503235 1653 ntTSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 C10orf91-201ENST00000321248 1257 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 C15orf48-201ENST00000344300 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 METTL5-206ENST00000409965 880 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 RNF121-214ENST00000533380 870 ntTSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 MIR4497-201ENST00000583208 89 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 AC060766.5-201ENST00000590539 871 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 AC053503.5-201ENST00000601508 636 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 RBM17P2-201ENST00000616397 1405 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 TPD52L1-203ENST00000368402 1308 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 PTPMT1-202ENST00000326674 768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 C22orf34-203ENST00000405854 1593 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 GPR35-203ENST00000407714 1258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 TMUB1-205ENST00000482202 899 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 NDUFS3-212ENST00000534208 583 ntTSL 4 BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 AC016588.1-201ENST00000591533 542 ntTSL 4 BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 DOC2A-218ENST00000616445 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 PWWP2A-205ENST00000523662 1819 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 FAM98C-201ENST00000252530 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 AL121761.1-202ENST00000412571 415 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 ASMTL-AS1-203ENST00000425740 840 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 AL357874.1-201ENST00000428948 574 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 ZNF436-AS1-202ENST00000437367 606 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 UBE2SP1-201ENST00000450587 669 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 NCBP2-207ENST00000452404 1133 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 GLYCTK-205ENST00000473032 935 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 MNX1-AS1-201ENST00000480284 1041 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 AL354712.1-201ENST00000563570 477 ntTSL 3 BASIC22.64■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 BEAN1-AS1-201ENST00000564618 533 ntTSL 4 BASIC22.64■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 CLN6-206ENST00000565471 1075 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 FAM98C-205ENST00000588262 826 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.1 ms