Protein–RNA interactions for Protein: P25940

COL5A3, Collagen alpha-3(V) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,745 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL5A3P25940 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.85■■□□□ 1.89
COL5A3P25940 PDZRN3-202ENST00000308537 1136 ntTSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
COL5A3P25940 AC114730.2-201ENST00000417267 668 ntTSL 3 BASIC26.85■■□□□ 1.89
COL5A3P25940 AL161908.1-201ENST00000451449 449 ntTSL 2 BASIC26.85■■□□□ 1.89
COL5A3P25940 AC006252.1-201ENST00000483834 1101 ntTSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
COL5A3P25940 NDUFS3-212ENST00000534208 583 ntTSL 4 BASIC26.85■■□□□ 1.89
COL5A3P25940 AC004771.5-201ENST00000575985 542 ntTSL 4 BASIC26.85■■□□□ 1.89
COL5A3P25940 AC100791.3-201ENST00000617619 330 ntBASIC26.85■■□□□ 1.89
COL5A3P25940 MAPK14-210ENST00000622903 1003 ntTSL 5 BASIC26.85■■□□□ 1.89
COL5A3P25940 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
COL5A3P25940 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
COL5A3P25940 POFUT1-201ENST00000375730 1507 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
COL5A3P25940 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
COL5A3P25940 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
COL5A3P25940 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC26.84■■□□□ 1.89
COL5A3P25940 DNAH17-AS1-202ENST00000591373 1453 ntTSL 5 BASIC26.84■■□□□ 1.89
COL5A3P25940 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC26.84■■□□□ 1.89
COL5A3P25940 AC138028.2-201ENST00000440406 1539 ntTSL 2 BASIC26.84■■□□□ 1.89
COL5A3P25940 CAPN10-203ENST00000352879 862 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
COL5A3P25940 AC233263.1-201ENST00000578059 224 ntBASIC26.84■■□□□ 1.89
COL5A3P25940 WDR88-201ENST00000355868 1718 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.83■■□□□ 1.89
COL5A3P25940 CD247-201ENST00000362089 1609 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
COL5A3P25940 PRKAA1-202ENST00000354209 1918 ntTSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
COL5A3P25940 CLTA-202ENST00000345519 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
COL5A3P25940 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
COL5A3P25940 ENTPD2-201ENST00000312665 1500 ntTSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 UNC50-201ENST00000357765 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 PEX7-202ENST00000367756 680 ntTSL 3 BASIC26.82■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 MAD2L2-204ENST00000376667 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.82■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 GCC2-AS1-202ENST00000440975 574 ntTSL 4 BASIC26.82■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 TNIK-208ENST00000465393 750 ntTSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 AC010531.6-201ENST00000602282 401 ntTSL 2 BASIC26.82■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 RRNAD1-202ENST00000368218 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.82■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 RORA-204ENST00000449337 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 AVP-201ENST00000380293 619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 TNFRSF1B-204ENST00000536782 557 ntTSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 PGAM5-204ENST00000543955 1773 ntTSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 MGAT4D-208ENST00000515354 1806 ntTSL 3 BASIC26.81■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 CERS4-209ENST00000559450 1637 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.81■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC26.81■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 NPDC1-202ENST00000371601 1494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 C10orf76-201ENST00000311122 724 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 LRP5L-203ENST00000444995 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.81■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 MIR210HG-201ENST00000500447 1965 ntTSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 TMEM198B-205ENST00000487582 1581 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 B4GALNT1-202ENST00000418555 1861 ntTSL 2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 MRPL15-201ENST00000260102 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 OGG1-209ENST00000383826 1069 ntTSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 GPR35-203ENST00000407714 1258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 THAP6-213ENST00000514480 1161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 HLA-B-256ENST00000639848 1089 ntBASIC26.8■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 COMMD5-207ENST00000543949 1571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.8■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 SNX21-212ENST00000491381 1607 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC26.8■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 FUZ-216ENST00000533418 1524 ntTSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 GGTLC1-203ENST00000335694 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 CEACAM3-201ENST00000344550 1022 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 EGFL7-202ENST00000371698 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 UBE2SP1-201ENST00000450587 669 ntBASIC26.79■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 FAM66A-201ENST00000525829 921 ntTSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 AC090527.2-201ENST00000564080 1060 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.79■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 RNASET2-214ENST00000620173 1391 ntTSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 DUSP28-201ENST00000343217 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 GAR1-201ENST00000226796 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 IMMP2L-201ENST00000331762 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 DUSP15-205ENST00000398084 1256 ntTSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 MTFP1-203ENST00000407550 912 ntTSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 LINC01301-204ENST00000530725 577 ntTSL 4 BASIC26.79■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 AC073912.1-201ENST00000546264 587 ntTSL 3 BASIC26.79■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 C17orf97-203ENST00000571106 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 AUNIP-203ENST00000538789 1392 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 TOP1MT-201ENST00000329245 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 LRRC26-201ENST00000371542 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 ZDHHC12-202ENST00000372667 1187 ntTSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 RRAS2-203ENST00000526063 970 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 RRAS2-208ENST00000532814 982 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 CXADR-204ENST00000400166 1080 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 GLYCTK-205ENST00000473032 935 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 ANAPC11-208ENST00000572851 686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 UBALD1-209ENST00000591897 1275 ntTSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 FAM197Y4-202ENST00000622692 608 ntBASIC26.77■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 EEF1DP3-201ENST00000428783 1309 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 DTD1-201ENST00000377452 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 NFIX-205ENST00000585575 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 ABHD12B-202ENST00000353130 1477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 C6orf132-202ENST00000356542 894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 HLA-G-204ENST00000376828 1490 ntAPPRIS ALT2 BASIC26.76■■□□□ 1.88
COL5A3P25940 RGCC-201ENST00000379359 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.88
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.7 ms