Protein–RNA interactions for Protein: P13611

VCAN, Versican core protein, humanhuman

Predictions only

Length 3,396 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VCANP13611 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VCANP13611 TSPAN4-209ENST00000409543 1031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
VCANP13611 SLC26A5-209ENST00000393735 1947 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VCANP13611 TYMSOS-201ENST00000323813 844 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VCANP13611 LINC00421-201ENST00000413833 1054 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VCANP13611 AC010646.1-201ENST00000594059 515 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.02■■□□□ 1.12
VCANP13611 Six3os1_6.1-201ENST00000620790 196 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
VCANP13611 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VCANP13611 HCRT-201ENST00000293330 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VCANP13611 IFI6-203ENST00000362020 828 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VCANP13611 NAT6-202ENST00000417393 1163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VCANP13611 SNCB-202ENST00000393693 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VCANP13611 ART5-202ENST00000397067 1154 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VCANP13611 AC090527.2-201ENST00000564080 1060 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
VCANP13611 BTBD1-202ENST00000379403 1467 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
VCANP13611 SSSCA1-206ENST00000531405 879 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
VCANP13611 AC124016.1-201ENST00000609552 612 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
VCANP13611 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VCANP13611 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VCANP13611 BBC3-201ENST00000300880 1347 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VCANP13611 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VCANP13611 ILK-203ENST00000420936 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VCANP13611 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
VCANP13611 SNAPIN-201ENST00000368685 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VCANP13611 AC068587.7-201ENST00000641602 218 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
VCANP13611 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VCANP13611 ADAP2-204ENST00000580525 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VCANP13611 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VCANP13611 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VCANP13611 KRTAP5-11-201ENST00000398530 1021 ntAPPRIS P2 BASIC22■■□□□ 1.11
VCANP13611 CYYR1-202ENST00000400043 735 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VCANP13611 KRTAP5-11-203ENST00000617152 558 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
VCANP13611 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC22■■□□□ 1.11
VCANP13611 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VCANP13611 ECHDC2-221ENST00000536120 1446 ntTSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
VCANP13611 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VCANP13611 ZPBP-201ENST00000046087 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VCANP13611 MMP25-AS1-204ENST00000572574 794 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
VCANP13611 MTDHP1-201ENST00000605323 784 ntBASIC22■■□□□ 1.11
VCANP13611 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VCANP13611 SMAGP-205ENST00000603864 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
VCANP13611 SAXO1-201ENST00000380530 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
VCANP13611 AL355472.2-201ENST00000422958 438 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
VCANP13611 NME6-213ENST00000451657 871 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
VCANP13611 SMIM20-201ENST00000506197 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
VCANP13611 PENK-204ENST00000518770 863 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
VCANP13611 BAALC-AS1-206ENST00000521383 736 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
VCANP13611 MOK-228ENST00000523231 1114 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
VCANP13611 AL356020.1-201ENST00000554235 1076 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
VCANP13611 TNIP2-203ENST00000503235 1653 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
VCANP13611 CIRBP-215ENST00000588030 1509 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
VCANP13611 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
VCANP13611 RNASET2-203ENST00000366855 1417 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
VCANP13611 LINC01184-202ENST00000501173 949 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
VCANP13611 CDKN3-209ENST00000556102 938 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
VCANP13611 MIF4GD-205ENST00000578305 569 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
VCANP13611 C20orf204-205ENST00000636176 961 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
VCANP13611 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
VCANP13611 NSMF-203ENST00000371472 1852 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
VCANP13611 SEC11A-201ENST00000268220 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
VCANP13611 PBXIP1-201ENST00000368460 1175 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
VCANP13611 RBPMS-AS1-202ENST00000519753 1031 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
VCANP13611 ICAM2-207ENST00000579687 1154 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
VCANP13611 AC016737.2-201ENST00000609273 358 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
VCANP13611 MAN2C1-244ENST00000618257 1346 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
VCANP13611 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
VCANP13611 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
VCANP13611 ATPIF1-203ENST00000468425 539 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
VCANP13611 GPALPP1-207ENST00000611650 899 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
VCANP13611 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
VCANP13611 CACYBP-202ENST00000405362 1059 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
VCANP13611 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
VCANP13611 ISCU-202ENST00000392807 1069 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
VCANP13611 ISCU-203ENST00000431221 799 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
VCANP13611 AL590666.2-201ENST00000448869 758 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
VCANP13611 AC015712.2-203ENST00000560461 688 ntTSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
VCANP13611 LY6L-201ENST00000562505 988 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
VCANP13611 AC091551.1-201ENST00000590722 1228 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
VCANP13611 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
VCANP13611 NDUFV3-202ENST00000354250 1575 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
VCANP13611 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
VCANP13611 OXER1-201ENST00000378661 1781 ntAPPRIS P1 BASIC21.97■■□□□ 1.11
VCANP13611 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
VCANP13611 AC009947.2-201ENST00000444014 672 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
VCANP13611 METRN-205ENST00000568415 612 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
VCANP13611 FBXO17-202ENST00000595329 1299 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
VCANP13611 AL121906.2-201ENST00000621597 723 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
VCANP13611 NFS1-214ENST00000541387 1436 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
VCANP13611 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
VCANP13611 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC21.97■■□□□ 1.11
VCANP13611 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
VCANP13611 AMDHD2-201ENST00000293971 1459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
VCANP13611 DHRS4L2-202ENST00000397071 1117 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
VCANP13611 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
VCANP13611 DECR2-212ENST00000627716 352 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
VCANP13611 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
VCANP13611 TPM1-208ENST00000404484 1568 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
VCANP13611 CASTOR1-201ENST00000404953 1460 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
VCANP13611 ZDHHC24-203ENST00000526986 1424 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
VCANP13611 AC134772.1-201ENST00000438872 885 ntTSL 3 BASIC21.96■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.6 ms