Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 C12orf75-205ENST00000549893 719 ntTSL 3 BASIC19.02■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 NMRAL1-212ENST00000574425 1240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 NRG2-204ENST00000358522 2559 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 GPR137-201ENST00000313074 1485 ntTSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 GPR137-203ENST00000411458 1495 ntTSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 BARX2-201ENST00000281437 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 ZNF331-202ENST00000411977 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 BAALC-205ENST00000438105 2662 ntTSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 A1BG-201ENST00000263100 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 LGALS9B-201ENST00000324290 1243 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.01■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 CYB5R4-201ENST00000369679 768 ntTSL 3 BASIC19.01■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 AC005181.1-201ENST00000604782 1256 ntBASIC19.01■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 ARFRP1-202ENST00000607873 1061 ntTSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 AC120498.10-201ENST00000621827 505 ntBASIC19.01■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 FAM20C-201ENST00000313766 2751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 DBP-201ENST00000222122 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 ZNF584-201ENST00000306910 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 RAB28-203ENST00000338176 1787 ntTSL 3 BASIC19.01■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 GPR143-203ENST00000467482 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 ZDHHC8P1-201ENST00000255890 2382 ntTSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 EED-201ENST00000263360 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 DRAM2-201ENST00000286692 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 HIST1H2AM-201ENST00000359611 393 ntAPPRIS P1 BASIC19■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 MAP1LC3A-202ENST00000374837 961 ntTSL 3 BASIC19■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 COL19A1-203ENST00000478620 589 ntTSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 BEX2-204ENST00000536889 1077 ntTSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 AC010536.3-201ENST00000620306 533 ntBASIC19■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 ARHGAP27-201ENST00000290470 1376 ntTSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 NFS1-204ENST00000397425 1956 ntTSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 USP45-202ENST00000329966 1444 ntTSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 TADA2B-204ENST00000512388 1343 ntTSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 KCNK15-201ENST00000372861 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 GNA11-201ENST00000078429 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 TLE3-216ENST00000559191 1575 ntTSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 CREB3L3-202ENST00000595923 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 SIRT3-202ENST00000524564 1395 ntTSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 UBE2C-203ENST00000352551 665 ntTSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 LINC01117-201ENST00000443670 699 ntTSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 AC083906.2-201ENST00000511578 360 ntBASIC18.99■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 CD99P1-205ENST00000527459 561 ntBASIC18.99■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 AC142086.2-201ENST00000569753 217 ntBASIC18.99■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 AC027307.1-201ENST00000590252 457 ntTSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 CD24-202ENST00000610952 802 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 AC008175.2-201ENST00000612840 297 ntBASIC18.99■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 MAZ-216ENST00000616501 991 ntTSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 CD99-212ENST00000624481 1089 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 GFI1-201ENST00000294702 2784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 NOC4L-201ENST00000330579 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 YBX1-201ENST00000321358 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 ADRM1-204ENST00000491935 1530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 LRCH4-209ENST00000497245 2014 ntTSL 5 BASIC18.98■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 BX322557.1-202ENST00000400362 1460 ntTSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 AQP6-201ENST00000315520 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 SERPINB5-201ENST00000382771 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 POU5F1P4-201ENST00000413175 1085 ntBASIC18.98■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 JDP2-202ENST00000419727 972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 HTATIP2-208ENST00000532505 595 ntTSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 OAS3-207ENST00000551007 998 ntTSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 IL34-204ENST00000566361 1001 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 AC013268.1-206ENST00000638368 961 ntBASIC18.98■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 AC112229.1-201ENST00000639295 961 ntBASIC18.98■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 TRH-201ENST00000302649 1978 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 NAT8L-202ENST00000423729 5870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 DCPS-201ENST00000263579 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 AVPI1-201ENST00000370626 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 KAT2B-201ENST00000263754 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 ARFGAP3-201ENST00000263245 2857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 PHLDB3-207ENST00000599242 2286 ntTSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 EDA-210ENST00000527388 927 ntTSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 TMEM179B-205ENST00000533861 797 ntTSL 5 BASIC18.97■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 AC133552.2-202ENST00000575694 574 ntBASIC18.97■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 FP565260.3-201ENST00000612610 1162 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 GGTLC3-201ENST00000619998 968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.97■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC18.97■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC18.97■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 KCTD13-202ENST00000561540 1773 ntTSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
HOXD4P09016 VGLL3-201ENST00000383698 2475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.2 ms