Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6I4

USP3, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 3, humanhuman

Predictions only

Length 520 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3Q9Y6I4 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 LINC01184-201ENST00000499346 1380 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 C19orf24-201ENST00000409293 983 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 LTB-211ENST00000446745 853 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 CCDC38-201ENST00000344280 2277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 ASRGL1-201ENST00000301776 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 ZSCAN18-217ENST00000601144 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 GNB1L-202ENST00000403325 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 RFLNA-201ENST00000324038 2148 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 ME2-206ENST00000638410 2289 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 ME2-210ENST00000639255 2262 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 PRR20B-201ENST00000377930 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 PRR20A-201ENST00000377931 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 PRR20E-201ENST00000434815 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 PRR20D-201ENST00000452123 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 PRR20C-201ENST00000544357 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 PRR20C-202ENST00000614894 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 FAM207A-201ENST00000291634 927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 MANBAL-202ENST00000373606 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 LYRM9-201ENST00000379102 501 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 MT1M-201ENST00000379818 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 POU5F1P4-201ENST00000413175 1085 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 CDKN3-204ENST00000442975 727 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 LYRM9-206ENST00000508862 807 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 HTATIP2-208ENST00000532505 595 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 MVB12A-212ENST00000543795 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 LINC01901-201ENST00000585822 1115 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 AC008175.2-201ENST00000612840 297 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 BID-214ENST00000617586 542 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 H2AFX-202ENST00000530167 1614 ntAPPRIS P1 BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 TPST1-201ENST00000304842 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 KRT18P55-201ENST00000577198 1950 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 AP000547.3-201ENST00000592918 1576 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 SLC18A3-201ENST00000374115 2420 ntAPPRIS P1 BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 PARP1-202ENST00000366792 553 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 TRIQK-221ENST00000524107 737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 SLC7A5P2-201ENST00000553010 536 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 DM1-AS-203ENST00000590076 730 ntTSL 4 BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 MFSD11-216ENST00000590393 1141 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 AC011767.1-201ENST00000617410 1153 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 SLC35A2-211ENST00000634461 533 ntTSL 4 BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 MYCNOS-205ENST00000641950 531 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 CD55-205ENST00000367067 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 LINC01089-202ENST00000429892 1521 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 ST3GAL4-201ENST00000227495 1790 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 KRT7-201ENST00000331817 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 SLC35F5-203ENST00000409342 2284 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 FBXW11-203ENST00000393802 2181 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 VRK2-201ENST00000340157 1888 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 PDCD2-203ENST00000443345 1897 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 PGAM5-204ENST00000543955 1773 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 PLAC9-202ENST00000372267 472 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 PPA1-202ENST00000373232 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 MAP1LC3A-202ENST00000374837 961 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 GATA3-AS1-204ENST00000438755 675 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 ABHD14A-202ENST00000458031 1113 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 AC080013.1-202ENST00000465477 674 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 AC080038.1-201ENST00000611274 1154 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 TYMP-202ENST00000395678 1614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 GSG1L-202ENST00000395724 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 SH2B2-202ENST00000536178 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 FAM66C-208ENST00000541558 2087 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 RARRES2-201ENST00000223271 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 AC062017.1-203ENST00000413029 455 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 AGAP1-IT1-201ENST00000440498 664 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 YIF1A-205ENST00000471387 854 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 HAS1-203ENST00000594621 760 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 VPS9D1-AS1-202ENST00000562866 1753 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 AC061975.6-201ENST00000579045 1553 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 P2RY2-203ENST00000393597 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 IRX4-207ENST00000613726 2403 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 SMAGP-205ENST00000603864 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 CERKL-203ENST00000374969 1330 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 BX322557.1-202ENST00000400362 1460 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 POTEC-204ENST00000620346 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 RHOD-201ENST00000308831 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 PEX5-204ENST00000412720 2105 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 F2RL3-202ENST00000599210 613 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 C5AR2-202ENST00000600626 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 RAP2CP1-201ENST00000605103 478 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 NARF-205ENST00000412079 1760 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 CLN8-213ENST00000637156 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 SH2B1-204ENST00000395532 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 SPAG16-202ENST00000331683 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 CDCA4P2-201ENST00000441182 718 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.5 ms