Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 ANKHD1-205ENST00000394723 2135 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
CHMP3Q9Y3E7 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
CHMP3Q9Y3E7 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
CHMP3Q9Y3E7 AC010542.4-201ENST00000563151 1910 ntBASIC26.37■■□□□ 1.81
CHMP3Q9Y3E7 AC092384.1-201ENST00000378347 1812 ntTSL 2 BASIC26.37■■□□□ 1.81
CHMP3Q9Y3E7 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC26.37■■□□□ 1.81
CHMP3Q9Y3E7 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
CHMP3Q9Y3E7 SPAST-204ENST00000621856 1715 ntTSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
CHMP3Q9Y3E7 ARHGAP27-201ENST00000290470 1376 ntTSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
CHMP3Q9Y3E7 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
CHMP3Q9Y3E7 PIGP-203ENST00000399098 972 ntTSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
CHMP3Q9Y3E7 AP005205.2-201ENST00000577327 491 ntTSL 2 BASIC26.37■■□□□ 1.81
CHMP3Q9Y3E7 AC010536.3-201ENST00000620306 533 ntBASIC26.37■■□□□ 1.81
CHMP3Q9Y3E7 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
CHMP3Q9Y3E7 ZNF584-203ENST00000593920 2187 ntTSL 2 BASIC26.37■■□□□ 1.81
CHMP3Q9Y3E7 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
CHMP3Q9Y3E7 NRXN2-205ENST00000409571 6381 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
CHMP3Q9Y3E7 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
CHMP3Q9Y3E7 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
CHMP3Q9Y3E7 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
CHMP3Q9Y3E7 ARL6IP4-205ENST00000412505 818 ntTSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
CHMP3Q9Y3E7 NDUFS3-207ENST00000529276 558 ntTSL 2 BASIC26.36■■□□□ 1.81
CHMP3Q9Y3E7 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
CHMP3Q9Y3E7 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC26.35■■□□□ 1.81
CHMP3Q9Y3E7 KHDC3L-201ENST00000370367 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
CHMP3Q9Y3E7 ZNF696-204ENST00000520333 605 ntTSL 5 BASIC26.35■■□□□ 1.81
CHMP3Q9Y3E7 TMEM179B-205ENST00000533861 797 ntTSL 5 BASIC26.35■■□□□ 1.81
CHMP3Q9Y3E7 SLC25A29-212ENST00000555927 960 ntTSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
CHMP3Q9Y3E7 AC005181.1-201ENST00000604782 1256 ntBASIC26.35■■□□□ 1.81
CHMP3Q9Y3E7 AC120498.10-201ENST00000621827 505 ntBASIC26.35■■□□□ 1.81
CHMP3Q9Y3E7 H2AFX-202ENST00000530167 1614 ntAPPRIS P1 BASIC26.35■■□□□ 1.81
CHMP3Q9Y3E7 CCNG2-204ENST00000502280 1459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
CHMP3Q9Y3E7 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
CHMP3Q9Y3E7 HUNK-201ENST00000270112 7385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
CHMP3Q9Y3E7 CHRAC1-203ENST00000519533 1678 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
CHMP3Q9Y3E7 OSR2-210ENST00000523368 1519 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
CHMP3Q9Y3E7 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC26.34■■□□□ 1.81
CHMP3Q9Y3E7 FBXW7-202ENST00000281708 4976 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
CHMP3Q9Y3E7 MFSD14C-203ENST00000602917 786 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
CHMP3Q9Y3E7 AC104771.1-201ENST00000603335 964 ntBASIC26.34■■□□□ 1.81
CHMP3Q9Y3E7 AL050303.2-201ENST00000619798 666 ntBASIC26.34■■□□□ 1.81
CHMP3Q9Y3E7 CASTOR1-201ENST00000404953 1460 ntTSL 5 BASIC26.34■■□□□ 1.81
CHMP3Q9Y3E7 TPD52L1-203ENST00000368402 1308 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
CHMP3Q9Y3E7 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
CHMP3Q9Y3E7 PLAGL1-207ENST00000417959 1645 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
CHMP3Q9Y3E7 MXRA8-203ENST00000445648 2001 ntTSL 2 BASIC26.33■■□□□ 1.81
CHMP3Q9Y3E7 HMX1-202ENST00000506970 651 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
CHMP3Q9Y3E7 AL109923.1-201ENST00000618799 583 ntBASIC26.33■■□□□ 1.81
CHMP3Q9Y3E7 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
CHMP3Q9Y3E7 TMEM151B-202ENST00000451188 4895 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.33■■□□□ 1.8
CHMP3Q9Y3E7 ATP8A1-207ENST00000510289 2238 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.8
CHMP3Q9Y3E7 ANAPC13-204ENST00000510994 1840 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.32■■□□□ 1.8
CHMP3Q9Y3E7 ANKRD44-204ENST00000409919 1622 ntTSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
CHMP3Q9Y3E7 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC26.32■■□□□ 1.8
CHMP3Q9Y3E7 PARD6A-203ENST00000602551 1171 ntTSL 5 BASIC26.32■■□□□ 1.8
CHMP3Q9Y3E7 HERC2P8-204ENST00000567073 1988 ntTSL 5 BASIC26.32■■□□□ 1.8
CHMP3Q9Y3E7 NAA10-208ENST00000464845 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
CHMP3Q9Y3E7 AC061975.6-201ENST00000579045 1553 ntBASIC26.32■■□□□ 1.8
CHMP3Q9Y3E7 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.32■■□□□ 1.8
CHMP3Q9Y3E7 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
CHMP3Q9Y3E7 PFKFB3-216ENST00000625260 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.31■■□□□ 1.8
CHMP3Q9Y3E7 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC26.31■■□□□ 1.8
CHMP3Q9Y3E7 MRPL39-201ENST00000307301 1199 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.31■■□□□ 1.8
CHMP3Q9Y3E7 MRPL39-202ENST00000352957 1110 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
CHMP3Q9Y3E7 MANBAL-202ENST00000373606 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
CHMP3Q9Y3E7 NCF1B-203ENST00000435988 1254 ntBASIC26.31■■□□□ 1.8
CHMP3Q9Y3E7 CNN2P6-201ENST00000439038 900 ntBASIC26.31■■□□□ 1.8
CHMP3Q9Y3E7 SEC23A-213ENST00000557280 561 ntTSL 4 BASIC26.31■■□□□ 1.8
CHMP3Q9Y3E7 NGLY1-204ENST00000396649 2024 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
CHMP3Q9Y3E7 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
CHMP3Q9Y3E7 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
CHMP3Q9Y3E7 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
CHMP3Q9Y3E7 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
CHMP3Q9Y3E7 NT5C-201ENST00000245552 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
CHMP3Q9Y3E7 AL355802.2-201ENST00000402069 882 ntBASIC26.3■■□□□ 1.8
CHMP3Q9Y3E7 POU5F1P4-201ENST00000413175 1085 ntBASIC26.3■■□□□ 1.8
CHMP3Q9Y3E7 EIF5A-205ENST00000419711 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
CHMP3Q9Y3E7 UQCRFS1P1-201ENST00000435169 820 ntBASIC26.3■■□□□ 1.8
CHMP3Q9Y3E7 AL136982.7-201ENST00000609363 465 ntTSL 4 BASIC26.3■■□□□ 1.8
CHMP3Q9Y3E7 TNIP2-203ENST00000503235 1653 ntTSL 3 BASIC26.3■■□□□ 1.8
CHMP3Q9Y3E7 HAUS4-203ENST00000347758 1428 ntTSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
CHMP3Q9Y3E7 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
CHMP3Q9Y3E7 VIL1-204ENST00000440053 1454 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
CHMP3Q9Y3E7 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
CHMP3Q9Y3E7 CCM2-206ENST00000474617 1532 ntTSL 5 BASIC26.29■■□□□ 1.8
CHMP3Q9Y3E7 DMPK-220ENST00000618091 2503 ntTSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
CHMP3Q9Y3E7 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
CHMP3Q9Y3E7 GPX1P1-201ENST00000388829 606 ntBASIC26.29■■□□□ 1.8
CHMP3Q9Y3E7 AGAP1-IT1-201ENST00000440498 664 ntTSL 3 BASIC26.29■■□□□ 1.8
CHMP3Q9Y3E7 AL161421.1-201ENST00000619666 1101 ntTSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
CHMP3Q9Y3E7 CD99-212ENST00000624481 1089 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
CHMP3Q9Y3E7 MGAT4D-208ENST00000515354 1806 ntTSL 3 BASIC26.29■■□□□ 1.8
CHMP3Q9Y3E7 PML-217ENST00000567543 1404 ntTSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
CHMP3Q9Y3E7 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
CHMP3Q9Y3E7 COMMD5-207ENST00000543949 1571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.29■■□□□ 1.8
CHMP3Q9Y3E7 SH3RF3-201ENST00000309415 5803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
CHMP3Q9Y3E7 BICDL2-201ENST00000389347 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
CHMP3Q9Y3E7 RBBP7-202ENST00000380084 2036 ntTSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
CHMP3Q9Y3E7 TERF1P5-201ENST00000477545 1207 ntBASIC26.28■■□□□ 1.8
CHMP3Q9Y3E7 AC021660.2-201ENST00000502999 388 ntTSL 3 BASIC26.28■■□□□ 1.8
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.9 ms