Protein–RNA interactions for Protein: Q9NY35

CLDND1, Claudin domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 253 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLDND1Q9NY35 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CLDND1Q9NY35 METTL27-201ENST00000297873 941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CLDND1Q9NY35 KRT17P3-201ENST00000420566 1262 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
CLDND1Q9NY35 A3GALT2-201ENST00000442999 1023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CLDND1Q9NY35 AL356020.1-201ENST00000554235 1076 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CLDND1Q9NY35 AC010531.6-201ENST00000602282 401 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CLDND1Q9NY35 LINC01023-201ENST00000606054 436 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
CLDND1Q9NY35 ZNF37BP-201ENST00000435805 1695 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CLDND1Q9NY35 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CLDND1Q9NY35 ARNTL2-209ENST00000546179 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CLDND1Q9NY35 FAM98C-201ENST00000252530 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CLDND1Q9NY35 RAC3-201ENST00000306897 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CLDND1Q9NY35 FAM207A-202ENST00000397826 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CLDND1Q9NY35 ZDHHC20-204ENST00000415724 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CLDND1Q9NY35 GLYCTK-205ENST00000473032 935 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CLDND1Q9NY35 SFXN1-203ENST00000502393 637 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CLDND1Q9NY35 AC097641.1-201ENST00000580671 588 ntTSL 4 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CLDND1Q9NY35 FAM98C-205ENST00000588262 826 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CLDND1Q9NY35 SOCS7-202ENST00000613678 1827 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CLDND1Q9NY35 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CLDND1Q9NY35 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CLDND1Q9NY35 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CLDND1Q9NY35 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CLDND1Q9NY35 FAHD1-202ENST00000382668 1845 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CLDND1Q9NY35 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CLDND1Q9NY35 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CLDND1Q9NY35 DUSP28-201ENST00000343217 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CLDND1Q9NY35 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CLDND1Q9NY35 SAC3D1-205ENST00000531072 1362 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CLDND1Q9NY35 YWHAZ-209ENST00000419477 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CLDND1Q9NY35 AL161908.1-201ENST00000451449 449 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CLDND1Q9NY35 TNIK-208ENST00000465393 750 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CLDND1Q9NY35 KRT18P21-201ENST00000515767 1272 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
CLDND1Q9NY35 MIR381HG-201ENST00000553692 425 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CLDND1Q9NY35 MAX-217ENST00000557277 728 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CLDND1Q9NY35 AC122129.2-201ENST00000583598 466 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CLDND1Q9NY35 PHOSPHO2-206ENST00000616481 1252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CLDND1Q9NY35 PHOSPHO2-208ENST00000617738 1053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CLDND1Q9NY35 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CLDND1Q9NY35 TGIF1-207ENST00000407501 1585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CLDND1Q9NY35 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CLDND1Q9NY35 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CLDND1Q9NY35 NDUFA8-201ENST00000373768 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CLDND1Q9NY35 HPF1-201ENST00000393381 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CLDND1Q9NY35 FTCDNL1-202ENST00000420128 1021 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CLDND1Q9NY35 STAG3L3-201ENST00000423834 1262 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CLDND1Q9NY35 GCC2-AS1-202ENST00000440975 574 ntTSL 4 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CLDND1Q9NY35 RN7SL471P-201ENST00000580476 299 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
CLDND1Q9NY35 AC005225.2-202ENST00000617980 408 ntTSL 4 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CLDND1Q9NY35 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CLDND1Q9NY35 LHPP-202ENST00000368842 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CLDND1Q9NY35 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CLDND1Q9NY35 RNASET2-203ENST00000366855 1417 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CLDND1Q9NY35 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CLDND1Q9NY35 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CLDND1Q9NY35 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CLDND1Q9NY35 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CLDND1Q9NY35 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CLDND1Q9NY35 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CLDND1Q9NY35 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CLDND1Q9NY35 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CLDND1Q9NY35 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CLDND1Q9NY35 PAQR6-205ENST00000368270 1765 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CLDND1Q9NY35 VKORC1-202ENST00000319788 1077 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CLDND1Q9NY35 CD44-222ENST00000526025 1052 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CLDND1Q9NY35 PNMA6B-201ENST00000538162 1200 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
CLDND1Q9NY35 AC113189.1-201ENST00000570444 327 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CLDND1Q9NY35 IRF3-222ENST00000599144 1117 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CLDND1Q9NY35 AC027682.4-201ENST00000605277 798 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CLDND1Q9NY35 CD99-210ENST00000611428 1243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CLDND1Q9NY35 APOC3-205ENST00000630701 541 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CLDND1Q9NY35 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CLDND1Q9NY35 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
CLDND1Q9NY35 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
CLDND1Q9NY35 AC061975.6-201ENST00000579045 1553 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
CLDND1Q9NY35 FBL-201ENST00000221801 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CLDND1Q9NY35 KIAA1522-201ENST00000294521 878 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CLDND1Q9NY35 MTFP1-202ENST00000355143 891 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CLDND1Q9NY35 HP1BP3-202ENST00000375000 928 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CLDND1Q9NY35 AGTRAP-203ENST00000376629 1100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CLDND1Q9NY35 ZPBP-203ENST00000419417 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CLDND1Q9NY35 FAM163B-202ENST00000496132 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CLDND1Q9NY35 RPS20-210ENST00000523936 899 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CLDND1Q9NY35 RRAS2-203ENST00000526063 970 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CLDND1Q9NY35 RRAS2-208ENST00000532814 982 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CLDND1Q9NY35 ASGR1-204ENST00000572879 797 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CLDND1Q9NY35 ICAM2-207ENST00000579687 1154 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CLDND1Q9NY35 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CLDND1Q9NY35 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CLDND1Q9NY35 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CLDND1Q9NY35 CLDN5-204ENST00000618236 1374 ntAPPRIS P1 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CLDND1Q9NY35 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
CLDND1Q9NY35 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CLDND1Q9NY35 HDAC11-205ENST00000404548 577 ntTSL 4 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CLDND1Q9NY35 ANAPC11-208ENST00000572851 686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CLDND1Q9NY35 C17orf62-230ENST00000583617 866 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CLDND1Q9NY35 ACYP2-207ENST00000606082 713 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CLDND1Q9NY35 A1BG-201ENST00000263100 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CLDND1Q9NY35 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CLDND1Q9NY35 AC092368.3-202ENST00000574180 1591 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.3 ms