Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 AC083906.2-201ENST00000511578 360 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 FP565260.3-201ENST00000612610 1162 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 MATK-203ENST00000395045 2073 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 ZNF282-204ENST00000610704 3722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 FHL3-201ENST00000373016 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 OSR2-210ENST00000523368 1519 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 INTS11-205ENST00000429572 1104 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 CD99-212ENST00000624481 1089 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 ANKRD28-201ENST00000399451 6564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 GPR137-201ENST00000313074 1485 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 GPR137-203ENST00000411458 1495 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 VIL1-204ENST00000440053 1454 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 EIF5A-205ENST00000419711 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 AC027307.1-201ENST00000590252 457 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 CD24-202ENST00000610952 802 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 SPINT2-202ENST00000454580 1367 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 ALDH16A1-202ENST00000455361 2470 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 BEX2-204ENST00000536889 1077 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 SLC7A5P1-201ENST00000568957 537 ntBASIC24.39■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 LITAF-205ENST00000570904 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 AP005205.2-201ENST00000577327 491 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 UCHL5-205ENST00000367454 1815 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 VGF-202ENST00000445482 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 PLAGL1-207ENST00000417959 1645 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 TTC9-201ENST00000256367 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 ASCL2-201ENST00000331289 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 MEIS2-207ENST00000557796 2666 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 ITGB1BP1-203ENST00000359712 2126 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 HLA-DPB1-211ENST00000418931 1560 ntAPPRIS P2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 AP000547.3-201ENST00000592918 1576 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 MRPL39-201ENST00000307301 1199 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 MRPL39-202ENST00000352957 1110 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 HAGH-201ENST00000397353 1257 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 GAMT-205ENST00000640762 751 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 STIM2-204ENST00000467087 5154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 CASTOR1-201ENST00000404953 1460 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 TUSC3-203ENST00000503731 1498 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 TMPO-201ENST00000261210 820 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 MANBAL-202ENST00000373606 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 METTL15-202ENST00000403099 795 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 ARL5A-202ENST00000428992 747 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 RNF146-206ENST00000480444 843 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 AL136982.7-201ENST00000609363 465 ntTSL 4 BASIC24.37■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 MPPED1-203ENST00000443721 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 YBX1-201ENST00000321358 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 NKX1-2-201ENST00000451024 3364 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 SNX21-212ENST00000491381 1607 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 UQCRFS1P1-201ENST00000435169 820 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 MAGI2-AS3-209ENST00000448195 774 ntTSL 3 BASIC24.36■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 TSPY6P-201ENST00000448518 926 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 OAS3-207ENST00000551007 998 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 HSD11B1L-201ENST00000301382 1457 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 PNLIPRP2-204ENST00000591655 1456 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 MIR210HG-201ENST00000500447 1965 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC24.36■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 TPD52L1-203ENST00000368402 1308 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 PDK3-201ENST00000379162 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 DGKQ-201ENST00000273814 4636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 BMP1-204ENST00000397814 836 ntTSL 4 BASIC24.35■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 TERF1P5-201ENST00000477545 1207 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 ASPSCR1-211ENST00000581647 720 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 ELAC1-204ENST00000591429 975 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 MED17-221ENST00000639724 2317 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 MRAS-202ENST00000423968 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 NAA10-208ENST00000464845 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 SPRN-201ENST00000414069 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 SMCO4-201ENST00000298966 1104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.7 ms