Protein–RNA interactions for Protein: Q13342

SP140, Nuclear body protein SP140, humanhuman

Predictions only

Length 867 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SP140Q13342 ZIM2-201ENST00000593711 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
SP140Q13342 TMEM17-201ENST00000335390 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
SP140Q13342 ERLEC1-203ENST00000405123 1756 ntTSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
SP140Q13342 VGF-202ENST00000445482 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
SP140Q13342 CTGF-201ENST00000367976 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
SP140Q13342 OTOP1-201ENST00000296358 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
SP140Q13342 RBKS-201ENST00000302188 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
SP140Q13342 GALK1-201ENST00000225614 1445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
SP140Q13342 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
SP140Q13342 NDUFS3-201ENST00000263774 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
SP140Q13342 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
SP140Q13342 BCAP29-209ENST00000465919 942 ntTSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
SP140Q13342 AC011511.3-201ENST00000587088 355 ntTSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
SP140Q13342 AC011446.1-201ENST00000591825 458 ntTSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
SP140Q13342 AC004528.2-201ENST00000610701 440 ntTSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
SP140Q13342 OSR1-201ENST00000272223 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
SP140Q13342 ACHE-201ENST00000241069 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
SP140Q13342 LYPD1-202ENST00000397463 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
SP140Q13342 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
SP140Q13342 CHN1-203ENST00000409156 1761 ntTSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
SP140Q13342 RNF208-202ENST00000392827 1135 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.55■□□□□ 0.88
SP140Q13342 NFS1-204ENST00000397425 1956 ntTSL 5 BASIC20.55■□□□□ 0.88
SP140Q13342 TM7SF2-201ENST00000279263 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
SP140Q13342 TMEM9B-205ENST00000534025 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
SP140Q13342 IGDCC4-201ENST00000352385 6508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
SP140Q13342 ZNF622-201ENST00000308683 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
SP140Q13342 TMEM125-201ENST00000432792 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
SP140Q13342 ACYP2-201ENST00000303536 789 ntTSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
SP140Q13342 ASPDH-202ENST00000389208 1040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.54■□□□□ 0.88
SP140Q13342 ZPBP-201ENST00000046087 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
SP140Q13342 AC093817.1-201ENST00000507296 812 ntTSL 3 BASIC20.54■□□□□ 0.88
SP140Q13342 AC106738.1-201ENST00000560487 359 ntTSL 3 BASIC20.54■□□□□ 0.88
SP140Q13342 FAM71E1-204ENST00000600100 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
SP140Q13342 RAB43-208ENST00000615093 783 ntTSL 5 BASIC20.54■□□□□ 0.88
SP140Q13342 MRAS-202ENST00000423968 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
SP140Q13342 GNG4-203ENST00000391854 5104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
SP140Q13342 ARL6IP4-220ENST00000543566 1591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
SP140Q13342 EIPR1-206ENST00000443925 1771 ntTSL 3 BASIC20.54■□□□□ 0.88
SP140Q13342 CCDC185-201ENST00000366875 2054 ntAPPRIS P1 BASIC20.54■□□□□ 0.88
SP140Q13342 GLI4-201ENST00000340042 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
SP140Q13342 PEX11G-203ENST00000593942 1345 ntTSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
SP140Q13342 ZYG11B-202ENST00000545132 2294 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
SP140Q13342 DGKQ-201ENST00000273814 4636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
SP140Q13342 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
SP140Q13342 AP002748.1-201ENST00000504911 580 ntTSL 3 BASIC20.53■□□□□ 0.88
SP140Q13342 FAXDC2-211ENST00000520968 558 ntTSL 4 BASIC20.53■□□□□ 0.88
SP140Q13342 LRRC37A17P-202ENST00000570478 572 ntTSL 4 BASIC20.53■□□□□ 0.88
SP140Q13342 AL512625.3-202ENST00000591993 1091 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
SP140Q13342 FP565260.3-201ENST00000612610 1162 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
SP140Q13342 AL831711.1-201ENST00000636824 569 ntTSL 4 BASIC20.53■□□□□ 0.88
SP140Q13342 CERKL-204ENST00000374970 1392 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
SP140Q13342 RNF38-205ENST00000377877 1974 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
SP140Q13342 PMPCA-203ENST00000399219 1987 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
SP140Q13342 MATK-203ENST00000395045 2073 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
SP140Q13342 SEC61A2-205ENST00000379033 2462 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
SP140Q13342 AL024507.2-201ENST00000606070 2574 ntBASIC20.53■□□□□ 0.88
SP140Q13342 YWHAZ-205ENST00000395956 2974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
SP140Q13342 POLR2F-205ENST00000442738 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
SP140Q13342 NGLY1-204ENST00000396649 2024 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
SP140Q13342 PDXDC1-205ENST00000535621 2048 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
SP140Q13342 RASSF1-203ENST00000359365 1923 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
SP140Q13342 NTN1-201ENST00000173229 5954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
SP140Q13342 PABPC1L2B-201ENST00000373521 2197 ntAPPRIS P1 BASIC20.52■□□□□ 0.88
SP140Q13342 FIP1L1-201ENST00000306932 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
SP140Q13342 AL583722.4-201ENST00000555524 716 ntTSL 3 BASIC20.52■□□□□ 0.88
SP140Q13342 CCDC92B-201ENST00000575506 885 ntBASIC20.52■□□□□ 0.88
SP140Q13342 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
SP140Q13342 ANAPC13-204ENST00000510994 1840 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
SP140Q13342 PTPN18-202ENST00000347849 2472 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
SP140Q13342 LINC01140-202ENST00000467438 2375 ntTSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
SP140Q13342 ADCK2-201ENST00000072869 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
SP140Q13342 SEPT5-210ENST00000455784 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.87
SP140Q13342 AC007128.1-201ENST00000424460 1853 ntTSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.87
SP140Q13342 TALDO1-201ENST00000319006 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.87
SP140Q13342 C7orf25-201ENST00000350427 2451 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
SP140Q13342 FBXL19-205ENST00000562319 2462 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
SP140Q13342 GPC1-202ENST00000420138 1835 ntTSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
SP140Q13342 EPHX3-204ENST00000602233 1805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
SP140Q13342 HAND1-201ENST00000231121 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
SP140Q13342 UBE2I-205ENST00000402301 1708 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
SP140Q13342 CPNE9-203ENST00000383832 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
SP140Q13342 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
SP140Q13342 ORAI3-202ENST00000562699 628 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
SP140Q13342 SLC35A3-213ENST00000638988 1286 ntTSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
SP140Q13342 ARSA-202ENST00000356098 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
SP140Q13342 CERS4-208ENST00000559336 1515 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
SP140Q13342 CDCP1-202ENST00000425231 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
SP140Q13342 TEAD2-201ENST00000311227 2164 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
SP140Q13342 NAPEPLD-208ENST00000427257 1822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
SP140Q13342 IQSEC3-201ENST00000382841 2701 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
SP140Q13342 BCKDHB-203ENST00000369760 743 ntTSL 3 BASIC20.5■□□□□ 0.87
SP140Q13342 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
SP140Q13342 FAM219A-205ENST00000379084 893 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
SP140Q13342 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
SP140Q13342 AC092468.1-201ENST00000491321 562 ntTSL 4 BASIC20.5■□□□□ 0.87
SP140Q13342 KRT18P14-201ENST00000534205 1250 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
SP140Q13342 TSPAN11-202ENST00000535215 988 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
SP140Q13342 IGFALS-203ENST00000568221 730 ntTSL 4 BASIC20.5■□□□□ 0.87
SP140Q13342 AC138907.5-202ENST00000569484 235 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
SP140Q13342 ACBD4-216ENST00000619916 1276 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.7 ms