Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 TNIP2-203ENST00000503235 1653 ntTSL 3 BASIC24.33■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 CERKL-203ENST00000374969 1330 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 GPR137-201ENST00000313074 1485 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 GPR137-203ENST00000411458 1495 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 TYMP-202ENST00000395678 1614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 RARRES2-202ENST00000466675 1618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 FBXW11-203ENST00000393802 2181 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 AC009014.1-201ENST00000607574 1667 ntAPPRIS P1 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 MLNR-201ENST00000218721 1239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 SCO2-201ENST00000252785 992 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 RHOD-201ENST00000308831 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 GRPEL2-202ENST00000416916 1006 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 CDKN3-204ENST00000442975 727 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 FGF12-AS2-201ENST00000443165 580 ntTSL 4 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 VPS53-216ENST00000574029 585 ntTSL 4 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 AP005205.2-201ENST00000577327 491 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 SLC35A2-211ENST00000634461 533 ntTSL 4 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 AC132008.2-203ENST00000418868 1552 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 SNX7-201ENST00000306121 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 PPP1R3F-203ENST00000466508 1885 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 MIF4GD-202ENST00000325102 1306 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 BX322557.1-202ENST00000400362 1460 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 GTPBP6-201ENST00000326153 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 AC084757.3-201ENST00000558061 1943 ntTSL 3 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 CENPB-201ENST00000379751 2840 ntAPPRIS P1 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 LMAN2-201ENST00000303127 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 METTL26-203ENST00000397664 604 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 AC004911.1-201ENST00000416316 871 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 INTS11-205ENST00000429572 1104 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 MFSD11-216ENST00000590393 1141 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 AC011767.1-201ENST00000617410 1153 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 UBE2Q2P2-204ENST00000618775 648 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 CACNB3-205ENST00000547392 2237 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 NAA20-203ENST00000398602 1604 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 DCTD-202ENST00000438320 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 GRINA-202ENST00000395068 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 NGLY1-204ENST00000396649 2024 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 HAND1-201ENST00000231121 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 ILDR2-205ENST00000526687 2299 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 DHPS-223ENST00000614126 1124 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 PRICKLE3-206ENST00000599218 2062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 PSPH-202ENST00000395471 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 OLIG3-201ENST00000367734 2049 ntAPPRIS P1 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 TNFRSF18-201ENST00000328596 851 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 ABHD14A-202ENST00000458031 1113 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 COL19A1-203ENST00000478620 589 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 H1FX-AS1-204ENST00000511998 917 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 DLX3-202ENST00000512495 834 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 AC037459.4-201ENST00000517384 585 ntTSL 4 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 AC243732.1-201ENST00000612648 864 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 PLSCR3-201ENST00000324822 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 SH2D3A-201ENST00000245908 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 TM7SF2-201ENST00000279263 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 MESP1-201ENST00000300057 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 CEBPE-201ENST00000206513 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 MCMBP-202ENST00000369077 2465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 FBXL14-201ENST00000339235 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 ASRGL1-201ENST00000301776 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 CD47-202ENST00000361309 1285 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 AC009086.2-201ENST00000449759 610 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 DUX4L16-201ENST00000555130 1264 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 AC080038.1-201ENST00000611274 1154 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 ABHD1-207ENST00000621324 1078 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 KLF1-201ENST00000264834 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 UNC119-201ENST00000301032 1653 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 ZNF622-201ENST00000308683 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 ADORA2A-AS1-203ENST00000427813 2027 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 EIPR1-206ENST00000443925 1771 ntTSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 PLAC9-202ENST00000372267 472 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 BRI3-207ENST00000539286 699 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 AC010536.3-201ENST00000620306 533 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 CD99-212ENST00000624481 1089 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 MAP1LC3A-201ENST00000360668 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 PTOV1-212ENST00000599732 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43 ms