Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 T-202ENST00000366871 2250 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIG1P18858 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIG1P18858 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIG1P18858 CDC37L1-202ENST00000381858 1244 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIG1P18858 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIG1P18858 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIG1P18858 NDUFAF3-202ENST00000326925 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIG1P18858 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIG1P18858 NSUN2-206ENST00000506139 2619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIG1P18858 AC003102.1-202ENST00000563394 1796 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
LIG1P18858 AC009014.1-201ENST00000607574 1667 ntAPPRIS P1 BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIG1P18858 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC24.2■■□□□ 1.47
LIG1P18858 PEX5-204ENST00000412720 2105 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.47
LIG1P18858 SMIM10L2B-201ENST00000433425 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
LIG1P18858 AC010616.1-201ENST00000597630 2078 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.47
LIG1P18858 PAQR6-215ENST00000623241 1961 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
LIG1P18858 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
LIG1P18858 PRMT8-202ENST00000382622 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
LIG1P18858 GPC1-202ENST00000420138 1835 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
LIG1P18858 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
LIG1P18858 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC24.2■■□□□ 1.46
LIG1P18858 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC24.2■■□□□ 1.46
LIG1P18858 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
LIG1P18858 TMEM62-201ENST00000260403 2771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
LIG1P18858 NR2F2-204ENST00000453270 1712 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
LIG1P18858 RCN1-201ENST00000054950 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
LIG1P18858 DNAJC7-203ENST00000457167 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
LIG1P18858 LINC01521-201ENST00000504184 1943 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
LIG1P18858 ZNF584-201ENST00000306910 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIG1P18858 IGDCC4-201ENST00000352385 6508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIG1P18858 ZC3HAV1L-201ENST00000275766 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIG1P18858 LRP5L-203ENST00000444995 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIG1P18858 MTURN-201ENST00000324453 5937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIG1P18858 DNAJB5-201ENST00000312316 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIG1P18858 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIG1P18858 AL161908.1-203ENST00000425370 506 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIG1P18858 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIG1P18858 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIG1P18858 FAM110A-206ENST00000541082 1614 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIG1P18858 KRT3-201ENST00000417996 2319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIG1P18858 AP006284.1-201ENST00000527620 2210 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIG1P18858 FIP1L1-201ENST00000306932 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIG1P18858 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIG1P18858 BCKDK-201ENST00000219794 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIG1P18858 HPCAL1-201ENST00000307845 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIG1P18858 LRR1-201ENST00000298288 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
LIG1P18858 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
LIG1P18858 FAM3A-202ENST00000359889 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
LIG1P18858 DUSP2-201ENST00000288943 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
LIG1P18858 NAE1-203ENST00000379463 1909 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
LIG1P18858 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
LIG1P18858 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
LIG1P18858 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC24.18■■□□□ 1.46
LIG1P18858 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
LIG1P18858 AKT2-210ENST00000424901 5170 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
LIG1P18858 NTN1-201ENST00000173229 5954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
LIG1P18858 LINC01006-201ENST00000333319 2292 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
LIG1P18858 GFI1-202ENST00000370332 2855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIG1P18858 CHRNB2-205ENST00000637900 2390 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIG1P18858 PDXDC1-205ENST00000535621 2048 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIG1P18858 FLT1-204ENST00000541932 2969 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIG1P18858 AL049796.1-201ENST00000565336 1766 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
LIG1P18858 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIG1P18858 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIG1P18858 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIG1P18858 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIG1P18858 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIG1P18858 FIZ1-205ENST00000592585 489 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIG1P18858 SAMD10-201ENST00000369886 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIG1P18858 TEAD2-208ENST00000598810 2191 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIG1P18858 TEAD2-210ENST00000601519 2167 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIG1P18858 HTATIP2-201ENST00000419348 1477 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIG1P18858 TATDN2-201ENST00000287652 5342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIG1P18858 ATP9A-202ENST00000338821 8106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIG1P18858 KLF9-201ENST00000377126 5175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIG1P18858 HMGA2-205ENST00000425208 1444 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIG1P18858 PXYLP1-203ENST00000502783 2066 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIG1P18858 CDK18-203ENST00000429964 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIG1P18858 OLIG3-201ENST00000367734 2049 ntAPPRIS P1 BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIG1P18858 E4F1-206ENST00000565090 2028 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIG1P18858 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
LIG1P18858 LINC01089-202ENST00000429892 1521 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
LIG1P18858 KREMEN2-201ENST00000303746 2326 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
LIG1P18858 SMIM3-201ENST00000526627 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
LIG1P18858 MAG-203ENST00000537831 2341 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
LIG1P18858 TDRP-202ENST00000427263 2465 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
LIG1P18858 TMEM125-201ENST00000432792 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
LIG1P18858 SMUG1-215ENST00000508394 1697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
LIG1P18858 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
LIG1P18858 PAXIP1-202ENST00000404141 3827 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
LIG1P18858 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
LIG1P18858 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
LIG1P18858 AC087239.1-201ENST00000622671 572 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
LIG1P18858 TGFBR1-202ENST00000374994 6516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
LIG1P18858 GGA2-211ENST00000567468 1713 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
LIG1P18858 FOXD4L3-201ENST00000342833 2039 ntAPPRIS P1 BASIC24.15■■□□□ 1.46
LIG1P18858 SOCS7-202ENST00000613678 1827 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
LIG1P18858 WT1-210ENST00000639563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
LIG1P18858 SHOX2-203ENST00000441443 3038 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
LIG1P18858 RTL8C-201ENST00000257013 1181 ntAPPRIS P1 BASIC24.15■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.1 ms