Protein–RNA interactions for Protein: P02461

COL3A1, Collagen alpha-1(III) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL3A1P02461 ALKBH7-201ENST00000245812 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
COL3A1P02461 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
COL3A1P02461 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
COL3A1P02461 DCTD-202ENST00000438320 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
COL3A1P02461 TANGO2-212ENST00000434570 2180 ntTSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
COL3A1P02461 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
COL3A1P02461 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC28.13■■■□□ 2.09
COL3A1P02461 NDUFS3-207ENST00000529276 558 ntTSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
COL3A1P02461 PET100-202ENST00000594797 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
COL3A1P02461 PGRMC2-201ENST00000296425 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
COL3A1P02461 OLIG3-201ENST00000367734 2049 ntAPPRIS P1 BASIC28.12■■■□□ 2.09
COL3A1P02461 BX890604.1-207ENST00000486571 904 ntTSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
COL3A1P02461 AC091138.1-202ENST00000578967 457 ntTSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
COL3A1P02461 AC231657.2-201ENST00000624556 255 ntBASIC28.12■■■□□ 2.09
COL3A1P02461 AC013268.1-206ENST00000638368 961 ntBASIC28.12■■■□□ 2.09
COL3A1P02461 AC112229.1-201ENST00000639295 961 ntBASIC28.12■■■□□ 2.09
COL3A1P02461 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
COL3A1P02461 GAS1-201ENST00000298743 2827 ntAPPRIS P1 BASIC28.11■■■□□ 2.09
COL3A1P02461 OIP5-201ENST00000220514 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
COL3A1P02461 XBP1-202ENST00000344347 1131 ntTSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
COL3A1P02461 KANSL1-AS1-201ENST00000398275 517 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
COL3A1P02461 C11orf24-209ENST00000533310 980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
COL3A1P02461 GNAO1-211ENST00000570235 568 ntTSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
COL3A1P02461 LINC02091-201ENST00000576171 1185 ntTSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
COL3A1P02461 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
COL3A1P02461 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
COL3A1P02461 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
COL3A1P02461 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
COL3A1P02461 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
COL3A1P02461 RNF38-205ENST00000377877 1974 ntTSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
COL3A1P02461 SPOP-206ENST00000504102 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
COL3A1P02461 NAA10-208ENST00000464845 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
COL3A1P02461 STX5-203ENST00000394690 1568 ntTSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
COL3A1P02461 RWDD4-206ENST00000512740 1393 ntTSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
COL3A1P02461 MAP2K4P1-201ENST00000438453 1195 ntBASIC28.1■■■□□ 2.09
COL3A1P02461 LINC02199-202ENST00000510067 1008 ntTSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
COL3A1P02461 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
COL3A1P02461 GAL3ST3-201ENST00000312006 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
COL3A1P02461 TBXA2R-202ENST00000411851 1494 ntTSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
COL3A1P02461 LINC01117-201ENST00000443670 699 ntTSL 5 BASIC28.09■■■□□ 2.09
COL3A1P02461 HAS1-203ENST00000594621 760 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
COL3A1P02461 AC012313.6-201ENST00000599889 790 ntTSL 3 BASIC28.09■■■□□ 2.09
COL3A1P02461 PARD6A-203ENST00000602551 1171 ntTSL 5 BASIC28.09■■■□□ 2.09
COL3A1P02461 AC243732.1-201ENST00000612648 864 ntBASIC28.09■■■□□ 2.09
COL3A1P02461 TM7SF2-201ENST00000279263 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
COL3A1P02461 MFF-203ENST00000349901 1716 ntTSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
COL3A1P02461 BRWD1-202ENST00000341322 2495 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
COL3A1P02461 CLN8-213ENST00000637156 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
COL3A1P02461 FBXL14-201ENST00000339235 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
COL3A1P02461 ID1-201ENST00000376105 1233 ntBASIC28.08■■■□□ 2.09
COL3A1P02461 HLA-L-209ENST00000420110 1011 ntBASIC28.08■■■□□ 2.09
COL3A1P02461 TMEM41B-205ENST00000533723 723 ntTSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
COL3A1P02461 DYNC1I1-211ENST00000537881 2146 ntTSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
COL3A1P02461 AC005789.1-201ENST00000585411 297 ntTSL 3 BASIC28.08■■■□□ 2.09
COL3A1P02461 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
COL3A1P02461 GRINA-202ENST00000395068 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
COL3A1P02461 BST1-202ENST00000382346 1993 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
COL3A1P02461 UBE2I-205ENST00000402301 1708 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
COL3A1P02461 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
COL3A1P02461 FAH-202ENST00000407106 2152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
COL3A1P02461 CCDC74A-201ENST00000295171 1543 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
COL3A1P02461 CCDC74B-201ENST00000310463 1549 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
COL3A1P02461 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
COL3A1P02461 GGTLC1-202ENST00000286890 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
COL3A1P02461 NCF1B-203ENST00000435988 1254 ntBASIC28.08■■■□□ 2.09
COL3A1P02461 DHRS4L2-204ENST00000537912 918 ntTSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
COL3A1P02461 DM1-AS-203ENST00000590076 730 ntTSL 4 BASIC28.08■■■□□ 2.09
COL3A1P02461 AC104771.1-201ENST00000603335 964 ntBASIC28.08■■■□□ 2.09
COL3A1P02461 PARP1-210ENST00000629232 477 ntTSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
COL3A1P02461 P2RY2-203ENST00000393597 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
COL3A1P02461 PPP2R5E-204ENST00000555899 2164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
COL3A1P02461 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
COL3A1P02461 GPR137-201ENST00000313074 1485 ntTSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
COL3A1P02461 GPR137-203ENST00000411458 1495 ntTSL 2 BASIC28.07■■■□□ 2.08
COL3A1P02461 EIF2B4-211ENST00000616081 1754 ntTSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
COL3A1P02461 SCARB2-219ENST00000639738 1517 ntTSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
COL3A1P02461 HENMT1-203ENST00000402983 1696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
COL3A1P02461 AC009014.1-201ENST00000607574 1667 ntAPPRIS P1 BASIC28.07■■■□□ 2.08
COL3A1P02461 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
COL3A1P02461 CASP16P-201ENST00000428155 1433 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
COL3A1P02461 TERF1P5-201ENST00000477545 1207 ntBASIC28.07■■■□□ 2.08
COL3A1P02461 MDK-213ENST00000617138 635 ntTSL 2 BASIC28.07■■■□□ 2.08
COL3A1P02461 SPR-201ENST00000234454 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
COL3A1P02461 ZNF622-201ENST00000308683 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
COL3A1P02461 HOXC9-203ENST00000508190 1505 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.06■■■□□ 2.08
COL3A1P02461 ARHGAP27-201ENST00000290470 1376 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
COL3A1P02461 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
COL3A1P02461 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
COL3A1P02461 CA7-201ENST00000338437 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
COL3A1P02461 AC068338.2-201ENST00000563278 1430 ntBASIC28.06■■■□□ 2.08
COL3A1P02461 METTL15-202ENST00000403099 795 ntTSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
COL3A1P02461 AL645608.9-201ENST00000442292 829 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
COL3A1P02461 ZNF696-204ENST00000520333 605 ntTSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
COL3A1P02461 DHRS4-207ENST00000559632 1003 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
COL3A1P02461 AC005181.1-201ENST00000604782 1256 ntBASIC28.06■■■□□ 2.08
COL3A1P02461 DHPS-223ENST00000614126 1124 ntTSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
COL3A1P02461 GXYLT1P5-201ENST00000614548 1189 ntBASIC28.06■■■□□ 2.08
COL3A1P02461 GAMT-205ENST00000640762 751 ntTSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
COL3A1P02461 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
COL3A1P02461 OTUB1-211ENST00000543004 1647 ntTSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.4 ms