Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 FBL-201ENST00000221801 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 SCO2-201ENST00000252785 992 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.32■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 YWHAZ-209ENST00000419477 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.32■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 KRT17P3-201ENST00000420566 1262 ntBASIC28.32■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 UMAD1-202ENST00000463725 559 ntTSL 4 BASIC28.32■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 HP1BP3-202ENST00000375000 928 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 HDAC11-205ENST00000404548 577 ntTSL 4 BASIC28.31■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 AL355472.2-201ENST00000422958 438 ntBASIC28.31■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 STXBP1-203ENST00000476182 566 ntTSL 5 BASIC28.31■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 MIR381HG-201ENST00000553692 425 ntTSL 3 BASIC28.31■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 FOXN3-AS1-201ENST00000555562 1077 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 AC244517.4-202ENST00000624089 484 ntTSL 3 BASIC28.31■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 KRT17P1-201ENST00000399211 1546 ntBASIC28.3■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC28.3■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 C20orf196-202ENST00000378979 585 ntTSL 2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 AL121761.1-202ENST00000412571 415 ntTSL 2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 CALM1-202ENST00000447653 1104 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 NME6-213ENST00000451657 871 ntTSL 2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 PDCD6-206ENST00000507528 1088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 BX088651.1-201ENST00000540551 451 ntBASIC28.3■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 SMIM8-209ENST00000608868 815 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 HAUS4-205ENST00000541587 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 MIF4GD-202ENST00000325102 1306 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 NDUFA8-201ENST00000373768 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 ZDHHC20-204ENST00000415724 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 GCFC2-207ENST00000470503 1066 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 RN7SL471P-201ENST00000580476 299 ntBASIC28.29■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 FOXN3-209ENST00000555353 1595 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 AP006587.3-201ENST00000525742 1516 ntBASIC28.28■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 TSTD1-202ENST00000368023 574 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.28■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 GPX1-202ENST00000419783 1146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 AC108025.1-201ENST00000453678 1058 ntTSL 5 BASIC28.28■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 ABHD17AP6-201ENST00000458502 1044 ntBASIC28.28■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 C12orf43-208ENST00000539736 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.28■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 AL034346.1-201ENST00000568244 1277 ntBASIC28.28■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 AC005225.2-202ENST00000617980 408 ntTSL 4 BASIC28.28■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.28■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC28.28■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 DHRS2-202ENST00000344777 1678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 HAUS1-201ENST00000282058 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 HIST2H2AB-201ENST00000331128 393 ntAPPRIS P1 BASIC28.27■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 POU5F1P4-201ENST00000413175 1085 ntBASIC28.27■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 ICAM2-207ENST00000579687 1154 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.27■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 HLA-B-256ENST00000639848 1089 ntBASIC28.27■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 TMEM175-212ENST00000508204 1399 ntTSL 3 BASIC28.26■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 EEF1D-225ENST00000529272 1311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 IMMP2L-201ENST00000331762 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 MTFP1-202ENST00000355143 891 ntTSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 ELAVL3-202ENST00000438662 1223 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 TNIK-208ENST00000465393 750 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 FBXL8-203ENST00000518148 1054 ntTSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC28.26■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 AL356020.1-201ENST00000554235 1076 ntTSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 NUBP2-206ENST00000565134 815 ntTSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 AC233263.1-201ENST00000578059 224 ntBASIC28.26■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 AC000035.1-201ENST00000634116 343 ntTSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 CBWD3-202ENST00000377342 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 SCARB1-211ENST00000546215 1597 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 AL161908.1-201ENST00000451449 449 ntTSL 2 BASIC28.25■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 ISG20-210ENST00000560741 800 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 MCRIP1-206ENST00000573478 1123 ntTSL 2 BASIC28.25■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 ANAPC11-212ENST00000577425 603 ntTSL 3 BASIC28.25■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 ZNF134-203ENST00000600344 483 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 IGFBP1-203ENST00000468955 1369 ntTSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 MMP23B-201ENST00000356026 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC28.24■■■□□ 2.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 65.7 ms