Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 CDKN2C-203ENST00000396148 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 FMR1-AS1-202ENST00000596112 1845 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC24.41■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 KRT18P61-201ENST00000585825 1298 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 SLC35A3-213ENST00000638988 1286 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 DCTD-202ENST00000438320 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 Z98882.1-201ENST00000622160 2253 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 CCDC189-206ENST00000543610 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 DPYS-201ENST00000351513 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 MDFI-203ENST00000373051 1622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 TPSG1-201ENST00000234798 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 CENPVL3-201ENST00000417339 864 ntAPPRIS P1 BASIC24.4■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 FAXDC2-211ENST00000520968 558 ntTSL 4 BASIC24.4■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 GABARAPL2-205ENST00000568455 646 ntTSL 3 BASIC24.4■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 PPP1R3F-203ENST00000466508 1885 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 SPOP-206ENST00000504102 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 JUNB-201ENST00000302754 1820 ntAPPRIS P1 BASIC24.4■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 LMAN2-201ENST00000303127 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 EPO-201ENST00000252723 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 NGLY1-204ENST00000396649 2024 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 AC004854.2-201ENST00000608450 1441 ntBASIC24.39■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC24.39■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 CD55-205ENST00000367067 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 MRAS-202ENST00000423968 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 PPP3CC-203ENST00000397775 2094 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 LCK-214ENST00000619559 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 HSD11B1L-201ENST00000301382 1457 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 NR2F2-204ENST00000453270 1712 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 UCN-201ENST00000296099 795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 COX20-201ENST00000366528 568 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 AC019068.1-201ENST00000415226 552 ntTSL 4 BASIC24.38■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 PGAP3-204ENST00000429199 970 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 ATOX1-207ENST00000524142 749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 HIST1H2AL-201ENST00000613174 393 ntAPPRIS P1 BASIC24.38■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 AL133516.1-201ENST00000633012 540 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 GRK4-201ENST00000345167 2013 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 SLC35D3-201ENST00000331858 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 DACT1-204ENST00000541264 2610 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 PTPN18-202ENST00000347849 2472 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 FARSA-201ENST00000314606 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 FAH-202ENST00000407106 2152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 RAB28-208ENST00000630951 1679 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 CLN8-213ENST00000637156 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 CPED1-202ENST00000340646 1056 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 BHLHA9-201ENST00000391429 902 ntAPPRIS P1 BASIC24.37■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 AC034268.1-201ENST00000441047 882 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 ATP6V0B-204ENST00000471859 865 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 AP002748.1-201ENST00000504911 580 ntTSL 3 BASIC24.37■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 SFTPC-205ENST00000521315 1046 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 SERPINB5-201ENST00000382771 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 AP004607.4-201ENST00000530158 1459 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 AC026310.3-201ENST00000625186 2373 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 ARHGEF25-201ENST00000286494 2552 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 GNB1L-202ENST00000403325 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 HPCAL1-201ENST00000307845 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 RARG-204ENST00000543726 1779 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 C12orf76-203ENST00000546651 1755 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 NEURL4-201ENST00000315614 5182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 COCH-205ENST00000475087 1997 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 PRPSAP2-201ENST00000268835 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 ZSWIM7-205ENST00000472495 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 RNF146-206ENST00000480444 843 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 AC092468.1-201ENST00000491321 562 ntTSL 4 BASIC24.36■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 AC053503.5-201ENST00000601508 636 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 TNFRSF11A-207ENST00000639222 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 TMEM182-210ENST00000639249 1025 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 ILDR2-204ENST00000525740 2242 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 DUSP2-201ENST00000288943 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 SLC41A3-201ENST00000315891 1797 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 REXO1-201ENST00000170168 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 FBXO27-202ENST00000509137 2130 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 ST3GAL3-207ENST00000353126 1969 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 RNF38-205ENST00000377877 1974 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 STX18-205ENST00000505286 1380 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 GZMM-201ENST00000264553 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 SERP1-208ENST00000491660 830 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 LINC01942-201ENST00000521373 513 ntTSL 4 BASIC24.35■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 SLC25A45-206ENST00000526432 894 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 MIF4GD-211ENST00000580571 952 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 GPR27-201ENST00000304411 2447 ntAPPRIS P1 BASIC24.35■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 YBX1-201ENST00000321358 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 SEC61A2-205ENST00000379033 2462 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 LRRC3B-201ENST00000396641 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 OIP5-AS1-202ENST00000501665 1384 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 PPP1R12B-212ENST00000480184 1808 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 GUK1-207ENST00000366726 873 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.34■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 RASGRP2-203ENST00000377486 667 ntTSL 3 BASIC24.34■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 AC093833.1-201ENST00000442821 553 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
VPS54Q9P1Q0 NDUFB2-207ENST00000465506 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.8 ms