Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 SEPT5-210ENST00000455784 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 CXCL16-203ENST00000574412 1668 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 BRI3-207ENST00000539286 699 ntTSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 PARD6A-203ENST00000602551 1171 ntTSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 CCDC74A-201ENST00000295171 1543 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 CCDC74B-201ENST00000310463 1549 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.03■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 TTYH1-203ENST00000376531 1763 ntTSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 BX322557.1-202ENST00000400362 1460 ntTSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 DTNB-210ENST00000407186 2275 ntTSL 5 BASIC27.03■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 CDCA4P2-201ENST00000441182 718 ntBASIC27.03■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 AC021660.2-201ENST00000502999 388 ntTSL 3 BASIC27.03■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 C19orf67-203ENST00000548523 1427 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.03■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 PML-217ENST00000567543 1404 ntTSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 AC010536.3-201ENST00000620306 533 ntBASIC27.03■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 CACNG8-201ENST00000270458 8747 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 ATP8A1-207ENST00000510289 2238 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 PSMD7-201ENST00000219313 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 HAUS4-205ENST00000541587 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 ALKBH7-201ENST00000245812 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 BX890604.1-207ENST00000486571 904 ntTSL 5 BASIC27.02■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 HMX1-202ENST00000506970 651 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 DUX4L16-201ENST00000555130 1264 ntBASIC27.02■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 RAP2CP1-201ENST00000605103 478 ntBASIC27.02■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 PARP1-210ENST00000629232 477 ntTSL 5 BASIC27.02■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 KCNQ5-208ENST00000414165 6236 ntTSL 5 BASIC27.02■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC27.02■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 CD55-205ENST00000367067 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.02■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 GNB1L-202ENST00000403325 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 TMEM41B-207ENST00000611268 1440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
CHMP4AQ9BY43 MIF4GD-202ENST00000325102 1306 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.91
CHMP4AQ9BY43 KANSL1-AS1-201ENST00000398275 517 ntTSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
CHMP4AQ9BY43 AC062017.1-203ENST00000413029 455 ntTSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.91
CHMP4AQ9BY43 AGAP1-IT1-201ENST00000440498 664 ntTSL 3 BASIC27.01■■□□□ 1.91
CHMP4AQ9BY43 SLC7A5P2-201ENST00000553010 536 ntBASIC27.01■■□□□ 1.91
CHMP4AQ9BY43 GCH1-206ENST00000543643 1897 ntTSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
CHMP4AQ9BY43 ACAA1-202ENST00000333167 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
CHMP4AQ9BY43 WDR86-203ENST00000469830 1691 ntTSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.91
CHMP4AQ9BY43 SMPD2-201ENST00000258052 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
CHMP4AQ9BY43 AC010542.4-201ENST00000563151 1910 ntBASIC27■■□□□ 1.91
CHMP4AQ9BY43 ANKRD19P-205ENST00000473204 2370 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
CHMP4AQ9BY43 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC27■■□□□ 1.91
CHMP4AQ9BY43 MFSD14C-208ENST00000637864 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
CHMP4AQ9BY43 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
CHMP4AQ9BY43 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
CHMP4AQ9BY43 CITED1-201ENST00000246139 1231 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
CHMP4AQ9BY43 YIF1A-205ENST00000471387 854 ntTSL 5 BASIC27■■□□□ 1.91
CHMP4AQ9BY43 F2RL3-202ENST00000599210 613 ntTSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
CHMP4AQ9BY43 AC243732.1-201ENST00000612648 864 ntBASIC27■■□□□ 1.91
CHMP4AQ9BY43 CD99-212ENST00000624481 1089 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
CHMP4AQ9BY43 AC013268.1-206ENST00000638368 961 ntBASIC27■■□□□ 1.91
CHMP4AQ9BY43 AC112229.1-201ENST00000639295 961 ntBASIC27■■□□□ 1.91
CHMP4AQ9BY43 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
CHMP4AQ9BY43 AC132008.2-203ENST00000418868 1552 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
CHMP4AQ9BY43 AVPI1-201ENST00000370626 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
CHMP4AQ9BY43 HLA-G-204ENST00000376828 1490 ntAPPRIS ALT2 BASIC27■■□□□ 1.91
CHMP4AQ9BY43 MAGIX-207ENST00000615915 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.99■■□□□ 1.91
CHMP4AQ9BY43 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
CHMP4AQ9BY43 UCHL5-204ENST00000367451 1346 ntTSL 5 BASIC26.99■■□□□ 1.91
CHMP4AQ9BY43 AC026471.6-201ENST00000622954 1905 ntBASIC26.99■■□□□ 1.91
CHMP4AQ9BY43 RAMP2-201ENST00000253796 780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
CHMP4AQ9BY43 AIDA-202ENST00000355727 1072 ntTSL 5 BASIC26.99■■□□□ 1.91
CHMP4AQ9BY43 ARL6IP4-205ENST00000412505 818 ntTSL 5 BASIC26.99■■□□□ 1.91
CHMP4AQ9BY43 AC007322.1-201ENST00000426983 750 ntBASIC26.99■■□□□ 1.91
CHMP4AQ9BY43 TERF1P5-201ENST00000477545 1207 ntBASIC26.99■■□□□ 1.91
CHMP4AQ9BY43 ZNF561-AS1-205ENST00000588765 579 ntTSL 4 BASIC26.99■■□□□ 1.91
CHMP4AQ9BY43 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC26.99■■□□□ 1.91
CHMP4AQ9BY43 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC26.99■■□□□ 1.91
CHMP4AQ9BY43 KRT7-201ENST00000331817 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
CHMP4AQ9BY43 SPINT2-202ENST00000454580 1367 ntTSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
CHMP4AQ9BY43 NAA20-203ENST00000398602 1604 ntTSL 5 BASIC26.98■■□□□ 1.91
CHMP4AQ9BY43 LRP5-201ENST00000294304 5159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
CHMP4AQ9BY43 CFD-201ENST00000327726 1201 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
CHMP4AQ9BY43 AC007322.4-201ENST00000509611 723 ntBASIC26.98■■□□□ 1.91
CHMP4AQ9BY43 NMRAL1-212ENST00000574425 1240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.98■■□□□ 1.91
CHMP4AQ9BY43 AP005205.2-201ENST00000577327 491 ntTSL 2 BASIC26.98■■□□□ 1.91
CHMP4AQ9BY43 NARF-205ENST00000412079 1760 ntTSL 5 BASIC26.98■■□□□ 1.91
CHMP4AQ9BY43 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
CHMP4AQ9BY43 HERC2P8-204ENST00000567073 1988 ntTSL 5 BASIC26.98■■□□□ 1.91
CHMP4AQ9BY43 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
CHMP4AQ9BY43 PGRMC2-201ENST00000296425 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
CHMP4AQ9BY43 VKORC1L1-202ENST00000434382 1541 ntTSL 2 BASIC26.97■■□□□ 1.91
CHMP4AQ9BY43 Z97986.1-201ENST00000565879 476 ntTSL 5 BASIC26.97■■□□□ 1.91
CHMP4AQ9BY43 AC005789.1-201ENST00000585411 297 ntTSL 3 BASIC26.97■■□□□ 1.91
CHMP4AQ9BY43 GPX1-204ENST00000620890 897 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.97■■□□□ 1.91
CHMP4AQ9BY43 SELENOO-201ENST00000380903 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
CHMP4AQ9BY43 SELENOO-203ENST00000611222 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.97■■□□□ 1.91
CHMP4AQ9BY43 CREB3L3-202ENST00000595923 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.2 ms