Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 ARL6IP4-204ENST00000392435 1339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 CCSAP-203ENST00000366687 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 IFNGR2-203ENST00000405436 1684 ntTSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 MT3-201ENST00000200691 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 CD8B-205ENST00000393761 932 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 BMP1-204ENST00000397814 836 ntTSL 4 BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 INTS11-205ENST00000429572 1104 ntTSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 CD8B-206ENST00000431506 692 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 KRT18P6-201ENST00000555540 1265 ntBASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 AC105036.2-201ENST00000569468 176 ntBASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 AC018730.2-201ENST00000598623 443 ntTSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 F2RL3-202ENST00000599210 613 ntTSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 GPR137-201ENST00000313074 1485 ntTSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 GPR137-203ENST00000411458 1495 ntTSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 TOP1MT-201ENST00000329245 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 MRPL37-206ENST00000605337 1582 ntTSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 TMEM218-201ENST00000279968 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 NAA20-201ENST00000310450 920 ntTSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 FAM160B1-201ENST00000369246 666 ntTSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 KLF13-207ENST00000560473 489 ntTSL 3 BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 ULK4P1-204ENST00000565949 721 ntTSL 4 BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 AC133552.2-202ENST00000575694 574 ntBASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 PAQR4-205ENST00000576565 842 ntTSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 ELAC1-204ENST00000591429 975 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 TMEM191A-211ENST00000637163 1067 ntBASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 AC080112.2-201ENST00000578774 2094 ntTSL 4 BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 QKI-201ENST00000275262 6964 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 STIM2-204ENST00000467087 5154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 PLAGL1-207ENST00000417959 1645 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 TMEM198B-205ENST00000487582 1581 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 KRT7-201ENST00000331817 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 LRIG1-201ENST00000273261 5273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 DTYMK-201ENST00000305784 1232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 NOXO1-203ENST00000397280 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 YBEY-204ENST00000397692 433 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 APTR-203ENST00000430801 583 ntTSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 RGMA-211ENST00000557420 989 ntTSL 3 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 AP005205.2-201ENST00000577327 491 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 LIMD2-202ENST00000578061 756 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 AC053503.5-201ENST00000601508 636 ntBASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 AC013268.1-206ENST00000638368 961 ntBASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 AC112229.1-201ENST00000639295 961 ntBASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 ESYT2-201ENST00000251527 5960 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 INPPL1-201ENST00000298229 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 SPINT2-202ENST00000454580 1367 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 DPP7-201ENST00000371579 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 BHLHA15-201ENST00000314018 706 ntAPPRIS P1 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 CYB5R4-201ENST00000369679 768 ntTSL 3 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 CALM1-202ENST00000447653 1104 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 TSPY20P-201ENST00000450910 630 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 SLC7A5P1-201ENST00000568957 537 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 BHLHA15-202ENST00000609256 796 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 RBMS1-205ENST00000409972 1815 ntTSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 RAPSN-205ENST00000529341 1408 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 NABP2-203ENST00000380198 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 CSNK1G3-206ENST00000511130 1356 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 PTP4A3-203ENST00000520105 1866 ntTSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 PWWP2A-205ENST00000523662 1819 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 MGAT3-201ENST00000341184 5062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 XXYLT1-202ENST00000356740 564 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 UQCRFS1P1-201ENST00000435169 820 ntBASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 AC069152.1-201ENST00000438030 544 ntBASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 AC009086.2-201ENST00000449759 610 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 TERF1P5-201ENST00000477545 1207 ntBASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 SNHG6-203ENST00000520944 638 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 SLC35A3-218ENST00000639994 1114 ntTSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 SEPT5-210ENST00000455784 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 ARSB-201ENST00000264914 5327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.2 ms