Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 SMTNL2-202ENST00000389313 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 RAB11FIP5-201ENST00000258098 4342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 SHANK1-202ENST00000359082 6459 ntTSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 RNF180-201ENST00000296615 1727 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 PPP1R12B-212ENST00000480184 1808 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 ADM-207ENST00000530439 1839 ntTSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 SOCS2-201ENST00000340600 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 PIKFYVE-203ENST00000392202 2039 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 BLCAP-208ENST00000414542 2205 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.71■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 LTBP1-203ENST00000404816 6333 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 MAP2K5-204ENST00000395476 1689 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 IL15RA-206ENST00000397248 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 OBSL1-203ENST00000373876 5503 ntTSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 PRKAA1-202ENST00000354209 1918 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 FBLN5-202ENST00000342058 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 FAM66B-202ENST00000606573 2630 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 CRMP1-201ENST00000324989 3146 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 TPCN2-208ENST00000637342 2856 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 HSD3B7-202ENST00000297679 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 ZNF513-202ENST00000407879 2077 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 SUMF2-208ENST00000434526 2052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 HOXA13-201ENST00000222753 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC16.7■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 KCNQ5-203ENST00000355635 6623 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 RILPL2-201ENST00000280571 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 MEN1-202ENST00000315422 3148 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 RBKS-201ENST00000302188 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 FAM91A1-207ENST00000521166 2706 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 IL1R1-205ENST00000410023 5143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 PLEKHH3-204ENST00000591022 2983 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 CRHR1-203ENST00000339069 2490 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 CYP21A2-222ENST00000435122 1914 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 BCL7A-203ENST00000538010 6247 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 PWWP2A-205ENST00000523662 1819 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC16.69■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 SPOCK3-204ENST00000502330 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 ADARB1-201ENST00000348831 6882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 USP21-202ENST00000368001 2095 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 LTBP4-201ENST00000204005 5032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 WDR86-207ENST00000621812 1542 ntTSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 SULF2-201ENST00000359930 4915 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 FGFR1-203ENST00000341462 6054 ntTSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 WWC3-201ENST00000380861 6647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 ZNF37BP-201ENST00000435805 1695 ntTSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 RABL2B-206ENST00000395598 2169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 RLBP1-201ENST00000268125 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 SDK1-202ENST00000404826 10397 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 ZNF12-204ENST00000405858 5051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 DNAAF3-207ENST00000527223 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC16.68■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 UBXN2A-201ENST00000309033 6066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 RBBP7-202ENST00000380084 2036 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 NYX-202ENST00000378220 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 PCDHAC2-203ENST00000615316 3011 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 Z83844.2-201ENST00000456099 1945 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 FADS6-203ENST00000612771 2154 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 CBLN2-201ENST00000269503 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 PITX2-201ENST00000306732 2320 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 RITA1-201ENST00000548278 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 AIRN-201ENST00000601203 4374 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 TCIRG1-213ENST00000532635 2457 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 IRF7-205ENST00000397574 1968 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 MCC-208ENST00000514701 2855 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 PCDHA13-203ENST00000617769 2427 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 TMC5-203ENST00000396229 4917 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 GXYLT1-202ENST00000398675 7497 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 CORO1B-202ENST00000393893 1931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 RNF32-207ENST00000405335 1938 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC16.67■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 NUDT11-201ENST00000375992 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.8 ms