Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 PPTC7-201ENST00000354300 4996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 SLC26A5-209ENST00000393735 1947 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 KCNMA1-252ENST00000639120 2308 ntTSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 SMPD2-201ENST00000258052 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 C19orf12-201ENST00000323670 2464 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 FBXL14-201ENST00000339235 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 NR2F2-204ENST00000453270 1712 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 BAALC-205ENST00000438105 2662 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 GRB10-201ENST00000335866 5032 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 MFSD3-201ENST00000301327 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 COMMD5-207ENST00000543949 1571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 CPEB1-AS1-201ENST00000560650 2138 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 CDK18-203ENST00000429964 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 FAH-202ENST00000407106 2152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 MAP7D1-201ENST00000316156 3456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 YWHAZ-205ENST00000395956 2974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 IRX4-207ENST00000613726 2403 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 GAS2L1-207ENST00000611648 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 AC025164.2-201ENST00000501008 1898 ntTSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 OSR1-201ENST00000272223 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 SMPD5-201ENST00000528912 1390 ntTSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 LINC01140-202ENST00000467438 2375 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 AC009014.1-201ENST00000607574 1667 ntAPPRIS P1 BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 MAPRE3-203ENST00000405074 1801 ntTSL 3 BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 SOCS7-202ENST00000613678 1827 ntTSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 VRK2-201ENST00000340157 1888 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 WWC1-201ENST00000265293 7130 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 B4GAT1-201ENST00000311181 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 PEX5-204ENST00000412720 2105 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 PCSK6-217ENST00000618548 4269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 GADD45G-202ENST00000375769 977 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 RNF208-201ENST00000391553 1077 ntAPPRIS P1 BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 AP001107.5-202ENST00000533759 948 ntTSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 ACP1-201ENST00000272065 1549 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 AP006587.3-201ENST00000525742 1516 ntBASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 CEBPE-201ENST00000206513 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 HPCAL1-201ENST00000307845 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 TUBA1A-201ENST00000295766 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 MSANTD1-204ENST00000510580 2039 ntTSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 PRICKLE3-206ENST00000599218 2062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 C8orf82-201ENST00000313465 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 DTWD2-203ENST00000510708 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 ADCK2-201ENST00000072869 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 SLC1A6-203ENST00000544886 2420 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 MACROD2-201ENST00000217246 4994 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 EFHD1-201ENST00000264059 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 FARSA-201ENST00000314606 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 MRPL37-202ENST00000360840 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 IGHV3-20-201ENST00000390606 415 ntAPPRIS P1 BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 C10orf91-202ENST00000392630 1846 ntTSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 RAP1B-204ENST00000393436 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 MGAT4D-208ENST00000515354 1806 ntTSL 3 BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 AL121603.2-201ENST00000557373 2117 ntBASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 AC003102.1-202ENST00000563394 1796 ntBASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 HERC2P8-204ENST00000567073 1988 ntTSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 HSD11B1L-218ENST00000581773 1687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 ADCY5-202ENST00000462833 7311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 YY1AP1-214ENST00000407221 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 SLCO3A1-202ENST00000424469 2705 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 OAF-201ENST00000328965 2525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 TNFAIP8L3-202ENST00000637513 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 AC133555.3-201ENST00000549950 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 AC106782.1-201ENST00000550538 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 LINC01089-202ENST00000429892 1521 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 UQCR11-203ENST00000591899 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 CRHR1-201ENST00000293493 2621 ntTSL 5 BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 MGAT5B-207ENST00000565675 872 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 AC233992.3-201ENST00000607491 485 ntBASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 RBKS-201ENST00000302188 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 TPM1-208ENST00000404484 1568 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 AC110285.2-201ENST00000571724 1565 ntTSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 POFUT1-201ENST00000375730 1507 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 LTK-201ENST00000263800 3046 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 CYHR1-201ENST00000306145 1409 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.3 ms