Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 FOXN3-209ENST00000555353 1595 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
NPHP3Q7Z494 A1BG-201ENST00000263100 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
NPHP3Q7Z494 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.04■■■□□ 2.24
NPHP3Q7Z494 RNASET2-214ENST00000620173 1391 ntTSL 5 BASIC29.04■■■□□ 2.24
NPHP3Q7Z494 CAPN10-203ENST00000352879 862 ntTSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
NPHP3Q7Z494 METTL5-206ENST00000409965 880 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
NPHP3Q7Z494 PDCD10-202ENST00000461494 934 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.04■■■□□ 2.24
NPHP3Q7Z494 FBXL8-203ENST00000518148 1054 ntTSL 2 BASIC29.04■■■□□ 2.24
NPHP3Q7Z494 PIGH-201ENST00000216452 1420 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
NPHP3Q7Z494 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
NPHP3Q7Z494 RORA-204ENST00000449337 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
NPHP3Q7Z494 PTP4A3-203ENST00000520105 1866 ntTSL 5 BASIC29.04■■■□□ 2.24
NPHP3Q7Z494 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
NPHP3Q7Z494 FAHD1-202ENST00000382668 1845 ntTSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
NPHP3Q7Z494 C6orf132-202ENST00000356542 894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.03■■■□□ 2.24
NPHP3Q7Z494 JOSD2-202ENST00000595669 733 ntTSL 2 BASIC29.03■■■□□ 2.24
NPHP3Q7Z494 R3HCC1-210ENST00000625275 1489 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
NPHP3Q7Z494 PLA2G15-202ENST00000413021 1346 ntTSL 2 BASIC29.03■■■□□ 2.24
NPHP3Q7Z494 SOCS7-202ENST00000613678 1827 ntTSL 5 BASIC29.03■■■□□ 2.24
NPHP3Q7Z494 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
NPHP3Q7Z494 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC29.03■■■□□ 2.24
NPHP3Q7Z494 ARNTL2-209ENST00000546179 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.03■■■□□ 2.24
NPHP3Q7Z494 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
NPHP3Q7Z494 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC29.02■■■□□ 2.24
NPHP3Q7Z494 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
NPHP3Q7Z494 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC29.02■■■□□ 2.24
NPHP3Q7Z494 GCC2-AS1-202ENST00000440975 574 ntTSL 4 BASIC29.02■■■□□ 2.24
NPHP3Q7Z494 AL024498.1-202ENST00000606652 480 ntTSL 2 BASIC29.02■■■□□ 2.24
NPHP3Q7Z494 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
NPHP3Q7Z494 ZNF37BP-201ENST00000435805 1695 ntTSL 5 BASIC29.02■■■□□ 2.24
NPHP3Q7Z494 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC29.02■■■□□ 2.24
NPHP3Q7Z494 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.02■■■□□ 2.24
NPHP3Q7Z494 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
NPHP3Q7Z494 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.02■■■□□ 2.24
NPHP3Q7Z494 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
NPHP3Q7Z494 ALG1-202ENST00000544428 1419 ntTSL 2 BASIC29.01■■■□□ 2.24
NPHP3Q7Z494 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.24
NPHP3Q7Z494 METTL27-201ENST00000297873 941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
NPHP3Q7Z494 PTPMT1-202ENST00000326674 768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
NPHP3Q7Z494 C1QBPP2-201ENST00000528754 825 ntBASIC29.01■■■□□ 2.23
NPHP3Q7Z494 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.01■■■□□ 2.23
NPHP3Q7Z494 GGA2-211ENST00000567468 1713 ntTSL 2 BASIC29.01■■■□□ 2.23
NPHP3Q7Z494 CLDN5-204ENST00000618236 1374 ntAPPRIS P1 BASIC29.01■■■□□ 2.23
NPHP3Q7Z494 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
NPHP3Q7Z494 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
NPHP3Q7Z494 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC29■■■□□ 2.23
NPHP3Q7Z494 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
NPHP3Q7Z494 RHOG-202ENST00000396978 1066 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29■■■□□ 2.23
NPHP3Q7Z494 FAM207A-202ENST00000397826 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
NPHP3Q7Z494 FTCDNL1-202ENST00000420128 1021 ntTSL 5 BASIC29■■■□□ 2.23
NPHP3Q7Z494 AL356020.1-201ENST00000554235 1076 ntTSL 5 BASIC29■■■□□ 2.23
NPHP3Q7Z494 AL049780.2-201ENST00000556236 367 ntTSL 3 BASIC29■■■□□ 2.23
NPHP3Q7Z494 METTL23-208ENST00000588822 1049 ntTSL 3 BASIC29■■■□□ 2.23
NPHP3Q7Z494 CYP2T3P-201ENST00000601990 817 ntBASIC29■■■□□ 2.23
NPHP3Q7Z494 APOC3-205ENST00000630701 541 ntTSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
NPHP3Q7Z494 REST-211ENST00000640168 1268 ntTSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
NPHP3Q7Z494 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
NPHP3Q7Z494 KCTD13-202ENST00000561540 1773 ntTSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
NPHP3Q7Z494 DUSP28-201ENST00000343217 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.99■■■□□ 2.23
NPHP3Q7Z494 RAC3-201ENST00000306897 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
NPHP3Q7Z494 UNC50-201ENST00000357765 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
NPHP3Q7Z494 NKAIN4-201ENST00000370307 793 ntTSL 5 BASIC28.99■■■□□ 2.23
NPHP3Q7Z494 NDUFA8-201ENST00000373768 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
NPHP3Q7Z494 CSF1-205ENST00000420111 1083 ntTSL 5 BASIC28.99■■■□□ 2.23
NPHP3Q7Z494 AL390719.1-201ENST00000427998 977 ntTSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
NPHP3Q7Z494 AC021087.1-201ENST00000512642 522 ntTSL 2 BASIC28.99■■■□□ 2.23
NPHP3Q7Z494 AL354712.1-201ENST00000563570 477 ntTSL 3 BASIC28.99■■■□□ 2.23
NPHP3Q7Z494 AC010531.6-201ENST00000602282 401 ntTSL 2 BASIC28.99■■■□□ 2.23
NPHP3Q7Z494 Z99916.2-201ENST00000604037 246 ntBASIC28.99■■■□□ 2.23
NPHP3Q7Z494 AC005225.2-202ENST00000617980 408 ntTSL 4 BASIC28.99■■■□□ 2.23
NPHP3Q7Z494 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.99■■■□□ 2.23
NPHP3Q7Z494 TMEM191C-214ENST00000621561 1337 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.99■■■□□ 2.23
NPHP3Q7Z494 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC28.99■■■□□ 2.23
NPHP3Q7Z494 TGIF1-207ENST00000407501 1585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.99■■■□□ 2.23
NPHP3Q7Z494 OGG1-209ENST00000383826 1069 ntTSL 5 BASIC28.98■■■□□ 2.23
NPHP3Q7Z494 ZDHHC20-204ENST00000415724 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.98■■■□□ 2.23
NPHP3Q7Z494 A3GALT2-201ENST00000442999 1023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.98■■■□□ 2.23
NPHP3Q7Z494 SMIM1-201ENST00000444870 546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
NPHP3Q7Z494 AL161908.1-201ENST00000451449 449 ntTSL 2 BASIC28.98■■■□□ 2.23
NPHP3Q7Z494 TNIK-208ENST00000465393 750 ntTSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
NPHP3Q7Z494 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
NPHP3Q7Z494 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC28.98■■■□□ 2.23
NPHP3Q7Z494 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC28.97■■■□□ 2.23
NPHP3Q7Z494 AC211429.1-201ENST00000415277 523 ntBASIC28.97■■■□□ 2.23
NPHP3Q7Z494 AL355472.2-201ENST00000422958 438 ntBASIC28.97■■■□□ 2.23
NPHP3Q7Z494 SNORA78-201ENST00000459373 127 ntBASIC28.97■■■□□ 2.23
NPHP3Q7Z494 GLYCTK-205ENST00000473032 935 ntTSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
NPHP3Q7Z494 GRAMD1B-209ENST00000533341 707 ntTSL 2 BASIC28.97■■■□□ 2.23
NPHP3Q7Z494 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
NPHP3Q7Z494 PAQR6-205ENST00000368270 1765 ntTSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
NPHP3Q7Z494 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC28.97■■■□□ 2.23
NPHP3Q7Z494 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
NPHP3Q7Z494 YWHAZ-209ENST00000419477 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.96■■■□□ 2.23
NPHP3Q7Z494 SFXN1-203ENST00000502393 637 ntTSL 2 BASIC28.96■■■□□ 2.23
NPHP3Q7Z494 AC097641.1-201ENST00000580671 588 ntTSL 4 BASIC28.96■■■□□ 2.23
NPHP3Q7Z494 AC010331.1-201ENST00000611423 582 ntBASIC28.96■■■□□ 2.23
NPHP3Q7Z494 RNASET2-203ENST00000366855 1417 ntTSL 5 BASIC28.96■■■□□ 2.23
NPHP3Q7Z494 AL359710.1-201ENST00000427039 1544 ntTSL 2 BASIC28.96■■■□□ 2.23
NPHP3Q7Z494 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
NPHP3Q7Z494 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.7 ms