Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZN17

LIN28B, Protein lin-28 homolog B, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 250 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIN28BQ6ZN17 APLP2-204ENST00000345598 1862 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.151e-9■■■■■ 30.6
LIN28BQ6ZN17 APLP2-219ENST00000533616 2041 ntTSL 219.88■□□□□ 0.771e-9■■■■■ 30.6
LIN28BQ6ZN17 APLP2-210ENST00000528499 2530 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.531e-9■■■■■ 30.6
LIN28BQ6ZN17 APLP2-203ENST00000338167 3270 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.311e-9■■■■■ 30.6
LIN28BQ6ZN17 YKT6-201ENST00000223369 2696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.433e-12■■■■■ 30.6
LIN28BQ6ZN17 YKT6-202ENST00000421621 2463 ntTSL 1 (best)15□□□□□ -0.013e-12■■■■■ 30.6
LIN28BQ6ZN17 LINC00240-203ENST00000606878 927 ntTSL 1 (best)18.59■□□□□ 0.575e-13■■■■■ 30.5
LIN28BQ6ZN17 TLN1-201ENST00000314888 8823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.77□□□□□ -0.374e-7■■■■■ 30.5
LIN28BQ6ZN17 HINT2-203ENST00000471774 443 ntTSL 37.33□□□□□ -1.242e-7■■■■■ 30.5
LIN28BQ6ZN17 WDR5-201ENST00000358625 3151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.043e-7■■■■■ 30.5
LIN28BQ6ZN17 GOLGA2-206ENST00000468488 531 ntTSL 313.97□□□□□ -0.171e-12■■■■■ 30.5
LIN28BQ6ZN17 ASH2L-204ENST00000517719 656 ntTSL 321.21■□□□□ 0.998e-8■■■■■ 30.5
LIN28BQ6ZN17 ERCC5-206ENST00000481099 798 ntTSL 26.38□□□□□ -1.392e-9■■■■■ 30.5
LIN28BQ6ZN17 GAS2-202ENST00000454584 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.852e-7■■■■■ 30.5
LIN28BQ6ZN17 GAS2-203ENST00000524701 2241 ntTSL 26.82□□□□□ -1.322e-7■■■■■ 30.5
LIN28BQ6ZN17 GAS2-201ENST00000278187 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.41□□□□□ -1.382e-7■■■■■ 30.5
LIN28BQ6ZN17 SLC39A9-209ENST00000556605 2065 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.286e-10■■■■■ 30.5
LIN28BQ6ZN17 SLC39A9-207ENST00000555840 2377 ntTSL 212.48□□□□□ -0.416e-10■■■■■ 30.5
LIN28BQ6ZN17 SLC39A9-201ENST00000031146 5192 ntTSL 5 BASIC11.05□□□□□ -0.646e-10■■■■■ 30.5
LIN28BQ6ZN17 CMIP-201ENST00000398040 2825 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.324e-8■■■■■ 30.4
LIN28BQ6ZN17 CMIP-207ENST00000565680 556 ntTSL 416.88■□□□□ 0.294e-8■■■■■ 30.4
LIN28BQ6ZN17 CMIP-209ENST00000566513 2288 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.244e-8■■■■■ 30.4
LIN28BQ6ZN17 XYLT2-206ENST00000571021 2174 nt14.03□□□□□ -0.164e-8■■■■■ 30.4
LIN28BQ6ZN17 CMIP-202ENST00000537098 4357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.184e-8■■■■■ 30.4
LIN28BQ6ZN17 GNL3-201ENST00000394799 2041 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.46□□□□□ -0.254e-8■■■■■ 30.4
LIN28BQ6ZN17 GNL3-202ENST00000418458 2040 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.51□□□□□ -0.414e-8■■■■■ 30.4
LIN28BQ6ZN17 CMIP-211ENST00000621537 4000 ntTSL 5 BASIC12.3□□□□□ -0.444e-8■■■■■ 30.4
LIN28BQ6ZN17 DLC1-210ENST00000512044 3758 ntTSL 2 BASIC11.86□□□□□ -0.512e-6■■■■■ 30.4
LIN28BQ6ZN17 CMIP-203ENST00000539778 3937 ntTSL 1 (best) BASIC11.79□□□□□ -0.524e-8■■■■■ 30.4
LIN28BQ6ZN17 DLC1-206ENST00000509922 455 ntTSL 411.36□□□□□ -0.592e-6■■■■■ 30.4
LIN28BQ6ZN17 DLC1-204ENST00000503161 562 ntTSL 411.17□□□□□ -0.622e-6■■■■■ 30.4
LIN28BQ6ZN17 MAN1A2-201ENST00000356554 8576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.24□□□□□ -0.934e-8■■■■■ 30.4
LIN28BQ6ZN17 DLC1-201ENST00000276297 7447 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC8.29□□□□□ -1.082e-6■■■■■ 30.4
LIN28BQ6ZN17 GNL3-211ENST00000496254 2118 ntTSL 55.55□□□□□ -1.524e-8■■■■■ 30.4
LIN28BQ6ZN17 MAN1A2-203ENST00000422329 487 ntTSL 24.64□□□□□ -1.674e-8■■■■■ 30.4
LIN28BQ6ZN17 ACTR1B-202ENST00000451664 1151 ntTSL 515.18■□□□□ 0.022e-9■■■■■ 30.4
LIN28BQ6ZN17 AAMP-201ENST00000248450 1886 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.212e-7■■■■■ 30.4
LIN28BQ6ZN17 AAMP-209ENST00000489767 1833 ntTSL 515.89■□□□□ 0.132e-7■■■■■ 30.4
LIN28BQ6ZN17 AAMP-202ENST00000420660 1761 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.132e-7■■■■■ 30.4
LIN28BQ6ZN17 AAMP-205ENST00000447885 671 ntTSL 515.73■□□□□ 0.112e-7■■■■■ 30.4
LIN28BQ6ZN17 AAMP-208ENST00000475678 2270 ntTSL 215.11■□□□□ 0.012e-7■■■■■ 30.4
LIN28BQ6ZN17 AAMP-204ENST00000444053 1804 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.022e-7■■■■■ 30.4
LIN28BQ6ZN17 AC132872.1-201ENST00000566986 1195 ntBASIC12.87□□□□□ -0.353e-9■■■■■ 30.4
LIN28BQ6ZN17 ZNF592-202ENST00000559607 3910 ntTSL 1 (best)10.8□□□□□ -0.681e-14■■■■■ 30.4
LIN28BQ6ZN17 ZNF592-201ENST00000299927 7863 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC9.98□□□□□ -0.811e-14■■■■■ 30.4
LIN28BQ6ZN17 ZNF592-203ENST00000560079 8131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.23□□□□□ -0.931e-14■■■■■ 30.4
LIN28BQ6ZN17 TES-204ENST00000455989 577 ntTSL 324.42■■□□□ 1.55e-19■■■■■ 30.4
LIN28BQ6ZN17 TES-210ENST00000496871 961 ntTSL 1 (best)22.82■■□□□ 1.245e-19■■■■■ 30.4
LIN28BQ6ZN17 TES-208ENST00000492891 1022 ntTSL 220.05■□□□□ 0.85e-19■■■■■ 30.4
LIN28BQ6ZN17 TES-201ENST00000358204 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.365e-19■■■■■ 30.4
LIN28BQ6ZN17 TES-205ENST00000461440 873 ntTSL 217.04■□□□□ 0.325e-19■■■■■ 30.4
LIN28BQ6ZN17 FN1-213ENST00000456923 3720 ntTSL 26.71□□□□□ -1.335e-24■■■■■ 30.4
LIN28BQ6ZN17 FN1-224ENST00000492816 9171 ntTSL 55.17□□□□□ -1.585e-24■■■■■ 30.4
LIN28BQ6ZN17 AL590385.2-201ENST00000537821 553 ntTSL 5 BASIC4.69□□□□□ -1.662e-21■■■■■ 30.4
LIN28BQ6ZN17 IQGAP1-214ENST00000560738 3602 ntTSL 5 BASIC9.04□□□□□ -0.963e-7■■■■■ 30.4
LIN28BQ6ZN17 TLN2-210ENST00000561322 249 ntTSL 527.89■■■□□ 2.066e-8■■■■■ 30.4
LIN28BQ6ZN17 TLN2-208ENST00000561197 306 ntTSL 55.88□□□□□ -1.476e-8■■■■■ 30.4
LIN28BQ6ZN17 PLEC-211ENST00000527303 598 ntTSL 325.03■■□□□ 1.63e-9■■■■■ 30.4
LIN28BQ6ZN17 NCBP2-AS2-201ENST00000602845 918 ntAPPRIS P1 BASIC22.17■■□□□ 1.145e-18■■■■■ 30.4
LIN28BQ6ZN17 COMMD3-BMI1-201ENST00000417470 745 ntTSL 519.38■□□□□ 0.693e-9■■■■■ 30.4
LIN28BQ6ZN17 RPS6KA3-202ENST00000438357 530 ntTSL 517.09■□□□□ 0.335e-29■■■■■ 30.4
LIN28BQ6ZN17 RPS6KA3-201ENST00000379565 7918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.273e-11■■■■■ 30.4
LIN28BQ6ZN17 BMI1-201ENST00000376663 3428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.073e-9■■■■■ 30.4
LIN28BQ6ZN17 YLPM1-207ENST00000552421 4899 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.51□□□□□ -0.411e-9■■■■■ 30.4
LIN28BQ6ZN17 KDM1A-205ENST00000494920 905 ntTSL 312.14□□□□□ -0.474e-10■■■■■ 30.4
LIN28BQ6ZN17 RPS6KA3-206ENST00000492128 553 ntTSL 411.9□□□□□ -0.58e-12■■■■■ 30.4
LIN28BQ6ZN17 YLPM1-201ENST00000325680 7108 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC11.7□□□□□ -0.541e-9■■■■■ 30.4
LIN28BQ6ZN17 PLEC-202ENST00000345136 14803 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.71□□□□□ -0.693e-9■■■■■ 30.4
LIN28BQ6ZN17 TRIP12-203ENST00000389044 6405 ntTSL 1 (best) BASIC10.69□□□□□ -0.73e-9■■■■■ 30.4
LIN28BQ6ZN17 PLEC-208ENST00000436759 14787 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.66□□□□□ -0.73e-9■■■■■ 30.4
LIN28BQ6ZN17 PLEC-210ENST00000527096 13713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.23□□□□□ -0.773e-9■■■■■ 30.4
LIN28BQ6ZN17 PLEC-201ENST00000322810 15249 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC9.91□□□□□ -0.823e-9■■■■■ 30.4
LIN28BQ6ZN17 PLEC-205ENST00000356346 14683 ntTSL 1 (best) BASIC9.85□□□□□ -0.833e-9■■■■■ 30.4
LIN28BQ6ZN17 PLEC-206ENST00000357649 14689 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC9.85□□□□□ -0.833e-9■■■■■ 30.4
LIN28BQ6ZN17 PLEC-204ENST00000354958 14751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC9.71□□□□□ -0.853e-9■■■■■ 30.4
LIN28BQ6ZN17 PLEC-203ENST00000354589 14736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC9.51□□□□□ -0.893e-9■■■■■ 30.4
LIN28BQ6ZN17 PLEC-207ENST00000398774 14646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC9.02□□□□□ -0.963e-9■■■■■ 30.4
LIN28BQ6ZN17 COMMD3-BMI1-205ENST00000602390 1419 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC8.78□□□□□ -13e-9■■■■■ 30.4
LIN28BQ6ZN17 BLMH-206ENST00000578795 2079 nt8.29□□□□□ -1.082e-6■■■■■ 30.4
LIN28BQ6ZN17 YLPM1-205ENST00000549293 5500 ntTSL 1 (best)7.02□□□□□ -1.291e-9■■■■■ 30.4
LIN28BQ6ZN17 TRIP12-201ENST00000283943 9874 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC6.68□□□□□ -1.343e-9■■■■■ 30.4
LIN28BQ6ZN17 TRIP12-204ENST00000389045 5355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC5.78□□□□□ -1.483e-9■■■■■ 30.4
LIN28BQ6ZN17 BMI1-206ENST00000490311 693 ntTSL 35.17□□□□□ -1.583e-9■■■■■ 30.4
LIN28BQ6ZN17 BMI1-208ENST00000602358 943 ntTSL 34.98□□□□□ -1.613e-9■■■■■ 30.4
LIN28BQ6ZN17 YLPM1-203ENST00000547879 2316 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best)4.25□□□□□ -1.731e-9■■■■■ 30.4
LIN28BQ6ZN17 BMI1-204ENST00000443519 552 ntTSL 33.67□□□□□ -1.823e-9■■■■■ 30.4
LIN28BQ6ZN17 EXO1-211ENST00000521202 628 ntTSL 53.6□□□□□ -1.833e-9■■■■■ 30.4
LIN28BQ6ZN17 TRIP12-206ENST00000418123 562 ntTSL 42.85□□□□□ -1.953e-9■■■■■ 30.4
LIN28BQ6ZN17 BMI1-207ENST00000496174 365 ntTSL 22.69□□□□□ -1.983e-9■■■■■ 30.4
LIN28BQ6ZN17 RPS6KA3-203ENST00000457145 804 ntTSL 22.59□□□□□ -1.998e-12■■■■■ 30.4
LIN28BQ6ZN17 PTK2-223ENST00000520828 574 ntTSL 49.54□□□□□ -0.887e-22■■■■■ 30.4
LIN28BQ6ZN17 PTK2-242ENST00000523067 488 ntTSL 48.53□□□□□ -1.047e-22■■■■■ 30.4
LIN28BQ6ZN17 PTK2-222ENST00000520475 570 ntTSL 58.18□□□□□ -1.17e-22■■■■■ 30.4
LIN28BQ6ZN17 PIM1-201ENST00000373509 2650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.511e-20■■■■■ 30.3
LIN28BQ6ZN17 TF-212ENST00000493011 999 ntTSL 220.85■□□□□ 0.934e-33■■■■■ 30.3
LIN28BQ6ZN17 TF-210ENST00000482271 659 ntTSL 420.85■□□□□ 0.934e-33■■■■■ 30.3
LIN28BQ6ZN17 TF-213ENST00000494430 594 ntTSL 420.85■□□□□ 0.934e-33■■■■■ 30.3
LIN28BQ6ZN17 TF-209ENST00000475382 586 ntTSL 410.15□□□□□ -0.784e-33■■■■■ 30.3
LIN28BQ6ZN17 TF-214ENST00000498622 719 ntTSL 29.53□□□□□ -0.884e-33■■■■■ 30.3
LIN28BQ6ZN17 ARPP19-201ENST00000249822 5301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.483e-13■■■■■ 30.3
Retrieved 100 of 21,972 protein–RNA pairs in 278.8 ms